thumb|400px|right|alt=Et kort over Italien med Giro d'Italias rute i 2009 indtegnet med røde og grønne linjer|Overblik over etaperne, røde linjer angiver etaperuter, mens de grønne angiver afstande mellem etaperne
12. til 21. etape af Giro d'Italia 2009 fandt sted mellem 21. og 31 maj. Løbet var startet 9. maj med 1. etape. 21. etape markerede samtidig løbets afslutning. Giroens anden halvdel begyndte med en lang og udfordrende enkeltstart i Cinque Terre. Det var på denne enkeltstart Denis Mensjov tog den samlede føring i løbet. Enkeltstarten efterfulgtes af en flad etape, hvorefter de fleste sprintere trak sig, da de ikke var inde i billedet til flere etapesejre i de efterfølgende bjergrige etaper.
Den sekstende etape blev anset for at være en af to kongeetaper – løbets sværeste – i denne udgave af Giroen, da den indeholdt mange høje bjergstigninger samt Giroens sværeste bjergafslutning. Efter den anden hviledag fulgte en usædvanlig etape, der var relativt kort, men lige så svær som tidligere bjergetaper. Disse etaper blev vundet af henholdsvis Carlos Sastre og Franco Pellizotti, der kæmpede for en podieplads efter Mensjov og løbets tidligere førende rytter, Danilo Di Luca. Selvom Sastre vandt en anden etape, til Vesuv, var det Pelizotti, der sluttede som samlet treer.
Giroen sluttede, som i 2008, med endnu en enkeltstart, denne gang i Rom. På trods af et dramatisk styrt på etapens sidste kilometer beholdt Mensjov sin samlede føring, og han kunne derfor kalde sig for Giro-mester – hans tredje sejr i en Grand Tour.
TegnforklaringDe trøjer, der vises i tabellen til venstre på siden, viser hvem der kørte med trøjen på den specifikke etape, mens de, der vises til højre, viser hvem der vandt trøjerne efter etapen. 20px|alt=En lyserød trøje Angiver den førende rytter i det samlede klassement 20px|alt=En grøn trøje Angiver den førende rytter i bjergkonkurrencen 20px|alt=En lilla trøje Angiver den førende rytter i pointkonkurrencen 20px|alt=En hvid trøje Angiver den førende rytter i ungdomskonkurrencen s.t. angiver, at rytteren sluttede i samme gruppe som rytteren over ham, og blev derfor givet samme tid som ham.
12. etape 21. maj 2009 – Sestri Levante til Riomaggiore, 60,6 kilometer (enkeltstart)
Den første enkeltstart i 2009-udgaven af Giroen var en svær en af slagsen – lang, med en del stigninger undervejs. Der var to kategoriserede stigninger på ruten, en hurtig, intens nedkørsel mellem dem og slet ingen flade stykker. Lance Armstrong, der kørte Giroen for første gang i 2009, beskrev enkeltstarten som "sindssygt hård". Den regerende olympiske mester Fabian Cancellara kaldte den "skør" og grinte, da han blev spurgt, om han ville gå efter sejren. Cancellara var faktisk den eneste rytter, der stadig var i løbet på dette tidspunkt, der ikke forsøgte sig på enkeltstarten. I stedet forlod han Giroen.
left|thumb|alt=En cykelrytter i en blå og hvid trøje med gult finish uden nogen skrift på. Han står op i pedalerne op af et bjerg, mens en tilskuer betragter ham bag en barrikade.|Lance Armstrong under Cinque Terre-enkeltstarten. Han bærer den "afblegede" Astana-trøje.
Mange ryttere brugte normale vejcykler til denne etape, da ruten var højst atypisk for en enkeltstart med veje, der ikke var flade og lige. De fleste af disse ryttere ændrede deres normale cykler, så de kunne køre med aerodynamisk styr, mens enkelte andre, blandt andet den førende rytter Danilo Di Luca, undlod at ændre cyklen. Stigningerne på etapen øgede chancerne for de ryttere, der var stærke i bjergene, men relativt dårlige enkeltstartsryttere, som for eksempel Damiano Cunego og Gilberto Simoni.
Acqua & Sapone-rytteren Dario Andriotto satte tidligt en god tid. Efter et stykke tid slog Jurij Krivtsov hans tid. Flere ryttere i træk satte derefter bedste tid, selvom marginen ofte var lille. Alessandro Bertolini, David Millar, Marco Pinotti, Giovanni Visconti, Bradley Wiggins og Stefano Garzelli var alle i kort tid førende på etapen. Bertolini var i front på etapen i næsten tre minutter, da Millar startede lige efter ham og slog hans tid med lille margin.
Den fjerde- og næstsidste rytter på ruten, Levi Leipheimer og Denis Mensjov, satte dagens bedste tider; Mensjov var mellem 30 sekunder og et minut bedre end Leipheimer på alle mellemtider og 20 sekunder bedre på mållinjen. Mensjovs sejr sendte ham i den lyserøde førertrøje, mens Leipheimer ikke tog nok tid på Di Luca til at rykke forbi ham i den samlede stilling. Di Luca blev nummer seks på etapen.
Michael Rogers, den trefoldige tidligere verdensmester på enkelstart, tabte overraskende næsten tre minutter i forhold til Mensjov, og han faldt fra tredje- til sjettepladsen i klassementet. Den regerende Tour de France-mester Carlos Sastre imponerede heller ikke, idet han kom ind 2 minutter og 18 sekunder efter Mensjov. Han tog dog fordel af Rogers' endnu dårligere kørsel og rykkede op som nummer fem samlet.
12. etapes resultat RytterHoldTid 1 1h 34' 29" 2 + 20" 3 20px|Grøn trøje + 1' 03" 4 + 1' 14" 5 + 1' 27" 6 Di Luca blev testet positiv for EPO under Giroen, og blev efterfølgende frataget sine resultater. 20px|Lyserød trøje + 1' 54" 7 + 1' 59" 8 + 2' 04" 9 + 2' 13" 10 + 2' 17"Samlet stilling efter 12. etape RytterHoldTid 1 20px|Lyserød trøje 50h 27' 17" 2 20px|Lilla trøje + 34" 3 + 40" 4 + 2' 00" 5 + 2' 52" 6 + 2' 59" 7 + 3' 00" 8 + 4' 38" 9 + 5' 26" 10 20px|Hvid trøje + 5' 53"
13. etape 22. maj 2009 – Lido di Camaiore til Firenze, 176 kilometer
Rytterne fik næsten en pause på denne korte, flade etape. Der var et par små bakker på de første 60 kilometer af etapen samt en enkelt kategoriseret stigning, men efter 60-kilometermærket blev ruten helt flad. Det resulterede i en massespurt.
Tre ryttere stak af fra feltet efter 12 kilometer – Mikhail Ignatjev, Leonardo Scarselli og Björn Schröder. Deres største forspring var på 5 minutter og 20 sekunder, men feltet havde ingen problemer med at indhente dem. Ignatiev og Scarselli blev indhentet med 32 kilometer til mål, mens Schröder fortsatte kampen alene. Han blev fanget med omkring seks kilometer til mål. Selvom Mark Cavendish sad i syvende position i feltet med under én kilometer tilbage, blev han sendt godt af sted af Edvald Boasson Hagen og Mark Renshaw og kunne tage sin tredje etapesejr i Giroen. Hans leadout-ryttere kørte så hurtigt, at kun 21 ryttere fik samme tid som vinderen – 89 andre, blandt dem samtlige top-10-ryttere i klassementet, kom ind otte sekunder efter.
13. etapes resultat RytterHoldTid 1 3h 48' 36" 2 s.t. 3 s.t. 4 s.t. 5 s.t. 6 s.t. 7 s.t. 8 s.t. 9 s.t. 10 s.t.13. etapes resultat RytterHoldTid 1 20px|Lyserød trøje 54h 16' 01" 2 20px|Lilla trøje + 34" 3 + 40" 4 + 2' 00" 5 + 2' 52" 6 + 2' 59" 7 + 3' 00" 8 + 4' 38" 9 + 5' 26" 10 20px|Hvid trøje + 5' 53"
14. etape 23. maj 2009 – Campi Bisenzio til Bologna, 172 kilometer
Dette var en bjergrig etape med fire kategoriserede stigninger på ruten og en afslutning på en kort, men kategoriseret stigning. Analyser før løbet gav en forventning om uafbrudte angreb fra dagens første stigning efter 24 kilometer.
Fjorten ryttere fra tolv hold slap af sted fra feltet efter 12 kilometer. De holdt sig samlet i front over de første fire stigninger på ruten, før de svageste begyndte at falde fra gruppen. Danilo Di Lucas LPR-hold sad forrest i feltet det meste af dagen, da afslutningen så ud til at ligge bedre til Di Luca end løbets førende rytter, Denis Mensjov, og rytteren på tredjepladsen, Levi Leipheimer. Det ene hold i feltets spids viste sig dog ikke at være nogen udfordring for et velfungerende 14 mand stort udbrud, og da feltet nåede fjerde stignings nedkørsel, stod det klart, at udbruddet ikke ville blive hentet. Tolv mand sad stadig tilbage i udbruddet, da de påbegyndte dagens sidste stigning. Andrij Hryvko angreb først, men blev hentet et godt stykke fra toppen, og han endte med at afslutte etapen i gruppen med rytteren i den lyserøde trøje. Det afgørende angreb kom fra Simon Gerrans, og da ingen kunne matche ham, tog Cervélo-rytteren etapesejren. Leipheimer og Ivan Basso kunne ikke sidde med i favoritgruppen lige før stigningens top, og de endte med at tabe tre potentielt meget værdifulde sekunder til de andre højt rangerede ryttere i klassementet. Michael Rogers kom ind yderligere tre sekunder efter Leipheimer og Basso, hvilket resulterede i, at han faldt fra sjette- til syvendepladsen i klassementet.
14. etapes resultat RytterHoldTid 1 4h 16' 48" 2 + 12" 3 + 18" 4 + 24" 5 + 27" 6 + 36" 7 + 41" 8 + 1' 01" 9 + 1' 04" 10 s.t.Samlet stilling efter 14. etape RytterHoldTid 1 20px|Lyserød trøje 58h 33' 53" 2 20px|Lilla trøje + 34" 3 + 43" 4 + 2' 00" 5 + 2' 52" 6 + 3' 03" 7 + 3' 05" 8 + 5' 17" 9 + 5' 26" 10 + 6' 01"
15. etape 24. maj 2009 – Forlì til Faenza, 161 kilometer
Feltet stod over for fire kategoriserede stigninger på denne etape, selvom ingen af dem blev anset for at være svære nok til, at nogle ryttere kunne stikke af fra favoritfeltet. På etapen var der ligeledes tre andre ukategoriserede stigninger, der ikke var lige så stejle. Med en 10 kilometer lang flad sektion før afslutningen, var det sandsynligt, at et udbrud kunne holde hjem.
Dagen begyndte med et udbrud efter 18 kilometer bestående af 16 ryttere fra 14 hold. De opnåede et forspring på omkring seks minutter, og den førende rytter Denis Mensjovs hold så ud til at ville lade dem køre, da der ikke var nogen trusler i klassementet her: José Serpa var den bedst placerede rytter i udbruddet, 10 minutter efter Mensjov. Det så ud, som om etapen skulle ende med en sejr til udbruddet, da feltet ikke kørte hurtigt nok til at indhente dem.
Tingene ændrede sig, da Ivan Bassos hold satte sig frem på dagens tredje stigning for at øge farten i feltet. Basso angreb, og kun Stefano Garzelli kunne holde hans hjul. De nåede op til nogle medlemmer af udbruddet, da dette også gik i opløsning, men blev til sidst indhentet. Danilo Di Luca angreb på den fjerde stigning, og i et stykke tid var han og Mensjov sluppet fri fra de andre klassementfavoritter, men også de blev indhentet – klassementets top-syv var uændret efter etapen.
Efter at 16-mandsudbruddet begyndte at gå i opløsning, var der kun to mand tilbage i front – Leonardo Bertagnolli og Serge Pauwels. Af uklare årsager valgte Pauwels at forlade udbruddet på de sidste kilometer af etapen, og han lod Bertagnolli vinde etapen uden kamp. Pauwels sluttede sig til to forfølgere, der havde fået lov til at stikke af fra Mensjovs gruppe på etapens sidste stykke, da de ikke var nogen trusler i klassementet. Gruppen med rytteren i den lyserøde trøje sluttede 1 minut og 56 sekunder efter etapevinderen, mens 13 andre ryttere sluttede omkring syv minutter efter, og størstedelen af de resterende ryttere sluttede mellem 18 og 26 minutter efter. Feltet havde ellers været samlet i tæt på to tredjedele af etapen.
15. etapes resultat RytterHoldTid 1 4h 18' 34" 2 + 54" 3 s.t. 4 s.t. 5 + 56" 6 + 1' 27" 7 + 1' 49" 8 + 1' 51" 9 s.t. 10 + 1' 56"Samlet stilling efter 15. etape RytterHoldTid 1 20px|Lyserød trøje 62h 54' 23" 2 20px|Lilla trøje + 34" 3 + 43" 4 + 2' 00" 5 + 2' 52" 6 + 3' 03" 7 + 3' 05" 8 + 5' 26" 9 + 6' 01" 10 20px|Hvid trøje + 6' 26"
16. etape 25. maj 2009 – Pergola til Monte Petrano, 237 kilometer
Denne etape var ekstremt bjergrig med tre kategoriserede høje stigninger og med afslutning på en bjergtop med en høj stigningsprocent på Monte Petrano og en mindre stigning efter omkring en tredjedel af etapen. Derudover var der fem korte ukategoriserede stigninger. Efter ændringerne på 10. etape blev denne etape også kaldt Giroens kongeetape.