Thomas Tøxen er navnet på flere personer:
Thomas Tøxen (Odense) (ca. 1634 – 1660) – en købmand i Odense Thomas Tøxen (Svendborg) (død 1752) – en lærer i Svendborg og sønnesøn af ovennævnte Thomas Tøxen (Køge) (1766 – 1845) – en købmand i Køge og sønnesøn af ovennævnte