Tämä artikkeli käsittelee Joensuun historiaa ja esihistoriaa kivikaudelta 2000-luvun alkuun.
Esihistoriallinen aika (14 000 eaa.-1323)
Alue muodostuu Viimeinen jääkausi muokkasi paljon nykyisen Joensuun kaupungin aluetta ja sen lähiympäristöä. Jään sulaminen alkoi noin 14 000 eaa. Joensuun seudun harjumuodostumat syntyivät Salpausselän tavoin mannerjään sulamisen pysähdyttyä noin 8000–9000 eaa. ilmastonvaihtelun seurauksena. Kaupungin pohjoispuolella sijaitseva Jaamankangas sai alkunsa harjujen muodostumista seuranneen sulamisvaiheen aikana noin 9 900-10 000 eaa.. Jäätikön alta vapautuneen maan kohoaminen aiheutti alueen vesistöjen kuroutumisen itsenäisiksi järviksi, mikä tapahtui noin 6000–6500 eaa. Nykyisen kaupungin paikalla sijaitsevat alavammatkin alueet alkoivat paljastua veden alta ja ne alkoivat pian soistua.
Jääkautta seuranneella kivikaudella Pielinen laski aluksi pohjoiseen, kunnes maa alkoi kohota pohjoisessa etelää nopeammin, minkä vuoksi vesistön virtaussuunta kääntyi etelään. Pielisjoki syntyi noin 6500 eaa. Pielisen laskuvesien puhkaistua uoman Uimaharjun ja muiden harjujen läpi etelään kohti Pyhäselkää. Pielisjoen tulvavedet toivat mukanaan runsaasti hiekkaa jokisuistoon ja Saimaan altaaseen, johon alkoi laskea muitakin uusia vesistöreittejä maan kohoamisen vuoksi. pienoiskuva|Pataluodon (vanhoissa kartoissa Pataluhta) kivikautinen asuinpaikka on suurimmaksi osaksi tutkimaton
Kivikauden asutus pienoiskuva|Näkymä Pataluodon kivikautisella asuinpaikalla. Osa asuinpaikasta on uimarantana.
Joensuun alueelta on löydetty useita kivikauden asuinpaikkoja. Arkeologisten tutkimusten perusteella asutusta oli ainakin Mutalassa (noin 5210 eaa.) ja Siihtalassa (noin 3860 eaa.), mutta löytöjä on tehty myös Iiksenvaarassa ja Rantakylän Pataluodossa (aiemmin Pataluhta). Mutala on tiettävästi Pohjois-Karjalan vanhin tunnettu asuinpaikka, josta on kaivettu esiin liesi ja kiviesineitä noin metrin syvyydestä.
Saimaan tulvajärven vesi nousi hitaasti tuhansien vuosien ajan. Nouseva vesi toi edelleen hiekkaa Joensuun alueelle ja vähitellen hiekka ja vesi hautasivat kivikauden asuinpaikat allensa. Äärimmillään Saimaan altaan vesi nousi yli 10 metriä sen nykyistä pintaa korkeammalle. Niinpä suuri osa suhteellisen alavasta Joensuun alueesta jäi veden alle ja vain korkeimmat harjut ja mäet – kuten Niinivaara – jäivät pinnan yläpuolelle.
Vesi alkoi laskea vasta noin 3000 eaa., kun siihen saakka Päijänteeseen laskeneet Saimaan vedet puhkaisivat itselleen Imatran kohdalla uuden lasku-uoman Salpausselän läpi synnyttäen Vuoksen. Joensuun seudulla veden alta paljastui laajoja hietikoita, joista syntyi veden ja tuulen vaikutuksesta paikoitellen jopa noin kymmenen metrin korkuisia harjanteita.
Pronssi- ja rautakausi
Saimaan tulvan jälkeisellä ajalla varhaismetallikaudella Joensuussa oli asuinpaikka Varaslammen alueelta, josta on peräisin runsaasti tekstiilikeramiseen kulttuuriin liittyvää esineistöä noilta ajoilta. Tekstiilikeraaminen väestö oli ehkä ensimmäinen ryhmä Suomessa, joka puhui suomensukuista eli uralilaista kieltä. Pauli Rahkosen (2013) paikannimien tutkimuksen mukaan tekstiilikeraamikkojen kieli saattoi olla merjalais-muromalainen tai näiden kaltainen. Alueella tätä aiemmin puhuttujen kielten kielikunnatkin ovat todennäköisesti kadonneet, eikä niillä siis ole eläviä sukulaiskieliä.
Viimeistään rautakauden alkuvaiheessa Suomeen asettuivat tai Suomessa kehittyivät saamelaiskielet, jotka levisivät lähes koko pohjoiseen Fennoskandiaan, ja syrjäyttivät alueen aiemmat kielet. Saamelaiskielten puhujia eli saamelaisia on lähes varmasti elänyt Joensuunkin seudulla, vaikka näistä kertovia arkeologisia jäänteitä ei ole löytynyt juuri lainkaan. Arkeologisten löytöjen vähäisyys ei varmaankaan tarkoita alueen olleen asumaton. Saamelaisten elämäntapa ei ehkä jättänyt nykypäiviin säilyneitä jälkiä, tai sitten niitä ei ole vain löydetty. Saamelaiset elivät pyyntitaloudessa eli metsästyksellä ja kalastuksella, ja asuinpaikkoja saatettiin vaihtaa vuodenajan mukaan. Asumus oli todennäköisesti kevyt kota, jonka saattoi purkaa, kantaa mukanaan ja pystyttää uudelleen toisaalle. Saamelaisiin yhdistettävien hautalöytöjen puuttuminen voi kertoa saamelaisten jättäneen kuolleensa maan pinnalle esimerkiksi ahkiossa tai telineessä, kuten Lapin saamelaisten tiedetään tehneen. Jos poroja oli, niin lähinnä vain vetojuhtina. Suurporonhoito, joka oli pyyntitalouden sijaan paimentolainen elämäntapa, ei levinnyt näin etelään. Saamelaisia muut kutsuivat lappalaisiksi viimeistään keskiajalla, tosin joidenkin tutkijoiden mukaan lappalaisiksi saatettiin kutsua myös ketä hyvänsä pyyntitaloudessa eläviä.
Joensuun alueen asutuksesta ajanlaskumme ensimmäisen vuosituhannen ajalta on ylipäätään varsin vähän tietoa. Mutalasta on kuitenkin löytynyt viikinkiajalta peräisin oleva rautakirves.
Ristiretkiaika
1100-luvun alussa Laatokan luoteis- ja pohjoisrantoja asutti omaleimainen muinaiskarjalainen kulttuuri, jonka vaikutukset kulkeutuivat vähitellen myös nykyisen Pohjois-Karjalan suuntaan. Vesistöt toimivat erämaan kulkureitteinä tuoden mukanaan turkismetsästäjiä ja kaupankäyntiä. Eräs aikakauden kauppatie kulki Novgorodin turkiskeskuksesta Laatokan kautta Saimaan vesistöön jatkuen Pielisjokea pitkin Pieliselle, josta reitti haarautui kohti sekä Oulujoen vesistöä että Vienanmerta. Laatokan Karjala kukoisti taloudellisesti 1100-luvulta 1300-luvun alkuun ja se oli tuolloin verrattain tiheästi asuttu. Tämä väestöpaine aiheutti muuttoliikettä, jonka seurauksena Pohjois-Karjala alkoi saada pysyvää karjalaista asutusta. Myös levottomat olot ja verotuksen kiristyminen aiheuttivat muuttohalukkuutta Laatokan Karjalasta.
Toisen vuosituhannen ensimmäisten vuosisatojen aikana Ruotsi ja Novgorodin ruhtinaskunta pyrkivät molemmat ulottamaan oman valtapiirinsä mahdollisimman laajalle alueelle Suomessa. Tällä ristiretkien aikakaudella idän ja lännen kirkot kävivät taistelua Suomen alueella eläneistä heimoista. Kamppailu kiihtyi 1200-luvun lopulla kun sekä Ruotsi että Novgorod valloittivat vuoron perään toisiltaan samoja alueita muun muassa Laatokan Karjalassa, joka lienee ollut tuolloin lähin merkittävä väestökeskittymä Pielisjoen suiston näkökulmasta.
Historiallinen aika (1323–) Novgorodin, Moskovan ja Venäjän vallan aika (1323–1617) Pähkinäsaaren rauha solmittiin Ruotsin ja Novgorodin kesken vuonna 1323. Rauhan seurauksena Karjala väestöineen jaettiin kahtia. Koko Pohjois-Karjala osana Käkisalmen lääniä jäi Novgorodin ruhtinaskunnan hallintaan. Rauhasta huolimatta Ruotsin valtakunnan joukot jatkoivat ajoittaisia hyökkäyksiään Laatokan Karjalassa. Tämä aiheutti levottomuutta ja sen myötä lisääntynyttä muuttohalukkuutta muun muassa Pohjois-Karjalan suuntaan. Vuonna 1478 Moskovan ruhtinaskunta alisti Novgorodin – ja samalla myös Pohjois-Karjalan – hallintaansa. Tällöin Venäjästä muodostui Moskovan suuriruhtinaan Iivana III:n johdolla yhtenäinen valtakunta.
Laatokankarjalaiset olivat alkaneet asuttaa Pohjois-Karjalan erämaita 1300-luvulta alkaen. Asutus lienee ollut verrattain harvaa vielä 1500-luvullakin käsittäen uudistiloja siellä täällä ympäri Pohjois-Karjalaa. Tuohon aikaan nykyisen Joensuun kaupungin alueella ei liene ollut merkittävää asutusta. Heikki Kirkinen ei ole löytänyt historiallisista lähteistä, kuten verokirjoista, yhtään "lappalaisista" kertovaa merkintää Pohjois-Karjalasta. Tämän ei tarvitse tarkoittaa, ettei saamelaisia enää ollut. Saamelaisia ei ehkä merkitty "lappalaisiksi", tai nämä ovat voineet jäädä verottajien tavoittamatta. Tietoja on myös voinut tuhotua tai jäädä löytymättä. thumb|200px|Tämä kalliokaiverrus Joensuun Kuhasalossa liittyy tutkija Jukka Korpelan mukaan ilmeisesti lähellä sijainneeseen luostariin. thumb|200px|Kalliokaiverrus sijaitsee erikoisissa rantakallioissa
Novgorodin ja Moskovan vallan aikana ortodoksinen uskonto levisi myös Pohjois-Karjalaan, ilmeisesti osittain ainakin Laatokan Karjalaan suuntautuneen venäläisen siirtolaisuuden vaikutuksesta. Siellä Valamon luostari toimi käännytystyön tukikohtana. Pohjois-Karjalassa käännytystyötä tehnyt ja kirkollisia oloja järjestellyt karjalainen munkki Ilja perusti 1530-luvulla sivuluostarin Joensuun alueella sijaitsevaan Kuhasaloon.
Erämaaluostarin perustamisesta kerrotaan myös kansanrunossa: Vieras tuli Viron takoa, Pyhä Ilja Inkeristä, Alkoi kirkkoa kohota, Säässynätä saaren päähän...Kansanruno löytyy opastetaulusta luostarin muistomerkin luota. Säässynä merkitsee tsasounaa.
Ruotsi jatkoi 1400- ja 1500-luvuilla hyökkäyksiään Laatokan Karjalaan. Venäjän tsaari Iivana Julma vastasi aloittamalla sodan Ruotsia vastaan vuonna 1570. Tämän 25 vuotta kestäneen sodan (pitkä viha) aikana ruotsalaiset hävittivät Käkisalmen lääniä ja myös Kuhasalon luostari tuhoutui. Sodan aikana ortodoksista karjalaisväestöä vainottiin ja se pakeni suurelta osin Venäjälle ainakin Käkisalmen läänin eteläosista. Ruotsi joutui luopumaan Käkisalmen läänistä Täyssinän rauhassa vuonna 1595. Alue palautui rajan määrittelyn jälkeen Venäjälle vasta vuonna 1597, jolloin useimmat ortodoksipakolaiset palasivat kotiseudulleen. Kuhasalon luostarikin mahdollisesti rakennettiin uudelleen- ja myöhemmin tuhottiin uudelleen tai hylättiin. Läheistä hautausmaata Kalmoniemessä paikalliset ortodoksit kuitenkin käyttivät 1700-luvulle asti.
Venäjä ajautui sekasorron aikaan vuosina 1598-1613. Ruotsi kasvatti jälleen vaikutusvaltaansa Käkisalmen läänin alueella, mistä karjalainen ortodoksiväestö ei pitänyt. Vuonna 1612 Ruotsi oli taas valloittanut Käkisalmen läänin eteläosat. Venäjällä olot rauhoittuivat Romanovien noustua valtaan seuraavana vuonna. Lopulta vuonna 1617 Ruotsi ja Venäjä solmivat Stolbovan rauhan, jolloin Venäjä hyväksyi Ruotsin vallan Käkisalmen läänissä, ja siten myös nykyisen Joensuun alueella.
Joensuun nykyiset kaupunginosat Rantakylä ja Utra olivat viimeistään Venäjän vallan loppupuolella pieniä karjalaiskyliä, tai muodostivat yhdessä löyhän kylän.
Ruotsin vallan aika (1617–1809) Vallan vaihduttua Käkisalmen läänissä sen ortodokseista muutti valtaosa, yli kaksi kolmasosaa Venäjän puolelle, muun muassa Laatokan Karjalaan 1600-luvun aikana. Joensuun seutu oli edelleen melko harvaan asuttua, eikä siten lähtijöitäkään ollut paljon. Ortodoksiväestön joukkomuuton syynä olivat enimmäkseen raskas verotus ja ankarat katovuodet, mutta myös kulttuuriset ja uskonnolliset syyt. Laatokan Karjalan hyvinvointi saattoi myös houkutella.
Ruotsin ankara verotus, taloudellinen kurjuus ja sotaväenotot ajoivat vastaavasti luterilaisia pakoon muualta Suomesta Käkisalmen lääniin. Käkisalmen lääni oli vapautettu sotaväenotoista, eikä verottaja ehtinyt heti kaikkialle. Lisäksi tilattomat saattoivat saada ortodoksien jättämän autiotilan haltuunsa. Tilan jo muualla Suomessa omistavien talonpoikien muutto oli kielletty, mutta heitäkin karkasi runsaasti.
Ruotsin vallan aikaan pääosin savolaisperäinen, luterilainen asutus vakiintui Pielisjoen suulle. Joensuu-niminen kylä sijaitsi molemmin puolin Pielisjokea, nykyisen Joensuun keskustan, Sirkkalan ja Mutalan kaupunginosien paikkeilla. Talot olivat levittäytyneet pitkänomaiseksi ketjuksi joen molemmille rannoille. 1720-luvulla Joensuussa oli noin kymmenen taloa (tässä talolla tarkoitetaan lähinnä useasta rakennuksesta koostuvaa maatilaa). Talojen määrä kasvoi 1700-luvun mittaan, erityisesti Niinivaaralla ja Hukanhaudalla.Käytetyt lähteet eivät kerro Joensuun kylän syntymän ajankohtaa. Tämä tieto olisi hyvä lisätä artikkeliin.