Japanilaiset miehittivät silloisen Alankomaiden Itä-Intian (nyk. Indonesian) toisen maailmansodan aikana vuonna 1942 ja pitivät sitä miehitettynä vuoteen 1945 saakka. Ensimmäisinä indonesialaisista acehilaiset ja pohjoissumatralaiset liittoutuvat Japanin kanssa jo 1942, mutta pian pettyivät Japanin 25. armeijan ankaraan miehitykseen. Jaavalaispoliitikot Hatta ja Sukarno ryhtyivät yhteistyöhön japanilaisten kanssa vasta myöhemmin, ja Japanin antauduttua julistivat Indonesian Hollannista itsenäiseksi. Alkaneessa Hollannin vastaisessa itsenäisyyssodassa acehilaiset tukivat muita indonesialaisia.
Japanilaisten miehitykseen johtanut kehitys Yhdysvaltain kauppasaarto panee Japanin liikkeelle Japanin Kaakkois-Aasiassa Kiinaa vastaan käymän sodan talous edellytti runsaasti raaka-aineita. Yhdysvaltain presidentti Franklin Delano Rooseveltin hallinto pyrki rajoittamaan japanilaisten etenemistä sekä rajoittamaan muun muassa japanilaisten öljynsaantia, josta 55 % oli Yhdysvaltain ja 25 % Hollannin Itä-Intian varassa. Hollannin armeijan antauduttua Rotterdamin pommitusten jälkeen Saksalle 15. toukokuuta 1940 julistaa Hollannin pakolaishallitus Hollannin Itä-Intian piiritystilaan ja internoi siellä Saksan kansalaiset leireille.
13. toukokuuta 1940 Lontooseen paennut hallitsija ja Hollannin pakolaishallitus, mitkä jatkoivat Hollannin siirtomaiden hallitsemista.
Japani pyrkii turvaamaan polttoainesaannin sotatarkoituksiin 28. kesäkuuta japanilaiset alkoivat vaatia neuvotteluja siitä, että Hollannin Itä-Intian on toimitettava Japanille kiinteät määrät raaka-aineita, myös öljyä. Heinäkuussa Hollannin Itä-Intian vienti Japaniin katkesi. Kiinteiden raaka-ainetoimitusten lisäksi japanilaiset Hollannin pakolaishallitukselta vaativat elokuussa Hollannin Itä-Intian ja Ranskan Indokiinan kauppapoliittista yhdentymistä Japanin sotatalouteen liittymällä vapaaehtoisesti Itä-Aasian vaurauden vyöhykkeeseen.
Van Mook pelaa aikaa Hollannin pakolaishallituksen neuvotteluvoima oli heikko, mutta se yritti pitkittää konfliktin syntymistä. 12. syyskuuta 1940 alkoivat Hollannin Itä-Intian ja Japanin väliset kauppaneuvottelut Kobajashin johtaman valtuuskunnan johdolla. Hollannin Itä-Intian hallinnoija Hubertus van Mook kieltäytyi lentokonebensiiniä koskevasta yhteistyöstä. 26. lokakuuta Japani ja Hollanti ilmoittivat julkilausumalla, ettei Hollannin Itä-Intia liity Itä-Aasian vaurausvyöhykkeeseen.
12. marraskuuta vahvistettiin Japanin saama kiintiö Hollannin Itä-Intian öljystä ja joulukuussa Kobajashi palasi Japaniin. 6. tammikuuta 1941 hollantilaiset ottivat kiinni indonesialaisnationalistit Thamrinin, Douwes Dekkerin ja muita. Thamrin kuoli viiden päivän kuluttua ja Dekker karkotettiin Surinameen.
11. tammikuuta uusi Joshizawan johtama neuvotteluryhmä saapui Bataalle. Helmikuussa 1941 Hollannin Itä-Intian hallinnoija Hubertus van Mook kieltäytyi japanilaisten painostuksesta huolimatta liittämästä Hollannin Itä-Intian Itä-Aasian vaurausvyöhykkeeseen. 14. toukokuuta japanilaiset lähettivät uhkavaatimuksen vaatien vaikutusvaltaa ja läsnäolo-oikeutta Hollannin Itä-Intiassa. 6. kesäkuuta 1941 neuvottelut japanilaisten kanssa epäonnistuvat. Hollannin Itä-Intia ilmoitti, ettei se voi myöntyä Japanin vaatimuksiin strategisten raaka-aineiden ja puolivalmisteiden (muun muassa kumin ja öljyn) toimittamisesta koska se oli sopinut toimituksista myös Britannian ja Yhdysvaltain kanssa. 11. heinäkuuta 1941 Volksraad organisoi miliisin. 25. heinäkuuta Japani julisti Indo-Kiinan protektoraatikseen. Vietnam jäi silti Vichyn Ranskan muodolliseen hallintaan.
Yhdysvallat julistaa Japanin kauppasaartoon Yhdysvallat lujitti otettaan Japanista ja julisti sen 26. heinäkuuta 1941 kauppasaartoon öljyn ja muiden raaka-aineiden suhteen. Lisäksi Yhdysvallat jäädytti japanilaisten varat Yhdysvalloissa estääkseen Japania jatkamasta sotaansa Kiinassa. Japanin vuosittain tarvitseman 5 400 miljoonan litran toimitustaso väheni 800 miljoonaan litraan. Tämä olisi estänyt sodankäynnin jatkamista etelässä ja samanaikaisesti aloittamasta sotaa Neuvostoliiton kanssa pohjoisessa. Myös Hollanti jäädytti japanilaisten varat. 30. heinäkuuta Hollannin pakolaishallitus lupasi pitää sodan jälkeen Indonesiaa koskevan konferenssin.
Neuvostoliiton jouduttua sotaan Japani hyökkää Japani varmistaa selustansa Saksan välittämällä hyökkäämättömyyssopimuksella Jatkaakseen sotaansa Japani alkoi edetä Kaakkois-Aasiassa, muun muassa Ranskan IndoKiinassa heinäkuussa 1941 Neuvostoliiton jouduttua Saksan hyökkäyksen kohteeksi kesäkuussa 1941. Hanoin ympäristö vallattiin 22. syyskuuta 1941, mihin Vichyn Ranska joutui suostumaan. Vietnamissa säilyi muodollisesti Saksalle antautuneen Vichyn Ranskan hallinto vuoteen 1945, mutta taloudellisesti se oli Japanin armeijan miehityksen alaisena kytketty osaksi Japanin sotataloutta.
Varmistaakseen sopimuksellisesti sen ettei Neuvostoliitto ryhdy vastatoimiin, oli Japani solminut 13. huhtikuuta 1941 viisi vuotta kestävän hyökkäämättömyyssopimuksen sen kanssa huolimatta 27. syyskuuta 1940 solmimastaan kolmen vallan sopimuksesta Saksan ja Italian kanssa.
Hollannin pakolaishallitus julistaa sodan Japanille Japanin kiista Yhdysvaltain kanssa jatkui. Prinssi Fumimaro Konojen johtama hallitus pyrki Yhdysvaltain kanssa neuvotteluratkaisuun lokakuussa ja oli valmis tekemään Yhdysvalloille myönnytyksiä Kiinassa. Rooseveltin hallinto puolestaan piti yllä ankaraa linjaa Japania kohtaan uskoen sen turvaavan rauhan parhaiten. Konojen hallitus joutui eroamaan 16. lokakuuta 1941 ja uudeksi pääministeriksi tuli armeijasta vastaava ministeri Hideki Tōjō. Sotavalmistelut Yhdysvaltoja vastaan alkoivat, vaikka Japani edelleen jatkoi neuvotteluja. 30. marraskuuta Hollannin Itä-Intian laivasto pantiin liikekannalle. 5. joulukuuta Hollanti pyysi Australian hallitusta miehittämään Ambon ja Timorin. Australian ilmavoimat henkilöstöineen tulivat 7. joulukuuta.
7. joulukuuta 1941 Japani teki yllätyshyökkäyksen Yhdysvaltain Tyynenmeren laivastotukikohtaan Pearl Harboriin ja julisti myöhästyneesti sodan Yhdysvaltoja vastaan. Lisäksi Japani lähti etenemään Kaakkois-Aasiassa. Vastauksena Britannia, Hollannin pakolaishallitus ja Yhdysvallat julistivat sodan Japania vastaan 8. joulukuuta 1941. Japani valtasi Etelä-Thaimaan ja Malajin sekä hyökkäsi Filippiineille sekä Hollannin Itä-Intiaan. 10. joulukuuta HMS Prince of Wales ja HMS Repulse upotettiin lyhyen ajan kuluessa toisistaan Malaijin edustalla. 16. joulukuuta hollantilaisia vastustavat acehilaiset ottivat Japanin Malaijin miehitysjoukkoon. 1100-luvulta olevan kuningas Jajabajan ennustuksen mukaan paholaismaiset valkoiset miehet hallitsevat Jaavaa vuosia, mutta heidät ajetaan pois pohjoisesta tulevien keltaisten miesten voimin, jotka jäävät saarelle vain yhden sadon ajaksi. Japanilaisia uskottiin luvatuiksi vapauttajiksi.
Australia turvaa Hollannin Itä-Intiaa 17. joulukuuta Australian ilmavoimat laskeutuivat Portugalille kuuluneelle Itä-Timorille. Salazar esitti vastalauseensa. Japanilaiset tekivät ilmahyökkäyksen Ternatea vastaan ja nousivat maihin Sarawakissa.
22. joulukuuta japanilaiset nousivat maihin Yhdysvalloille kuuluvilla Filippiineillä. Hollannin Itä-Intiassa Muhammed Hatta kehotti indonesialaisia vastustamaan Japania. 24. joulukuuta 1941 japanilaiset hyökkäsivät brittijoukkoja vastaan Kuchiningissa Sawarakilla.
10. tammikuuta 1942 Japani aloitti varsinaisen hyökkäyksensä Hollannin Itä-Intiaan Tarakanissa Kalimantanilla ja Manadossa Sulawesilla. Japani julisti sodan Hollannille 11. tammikuuta 1942, eteneminen alkoi ja japanilaiset valtasivat Malesian Kuala Lumpurin sekä Tarakanin ja 13. tammikuuta Manadon. 12. tammikuuta Hubertus van Mook kävi hätävierailulla pyytämässä Yhdysvalloilta tukea. 15. tammikuuta brittiläisestä kenraali Sir Archibald Wavellistä tuli brittien, hollantilaisten, yhdysvaltalaisten yhteisen esikunnan, Jaavalla Lembangin Grand Hotellissa perustetun ABDACOMin, komentaja varakomentajanaan Yhdysvaltain ilmavoimien kenraaliluutnantti George H. Brett. Merivoimia komensi amiraali Thomas C. Hart.
Acehilaiset ja pohjoissumatralaiset liittoutuvat japanilaisten kanssa 16. tammikuuta acehilaiset neuvottelijat palasivat Japanin miehittämältä Malaijilta 23.tammikuuta japanilaisten lupauksin tukea heitä hollantilaisten vastaisessa taistelussa. Japanilaiset valtasivat Balikpapan brittien ja yhdysvaltalaisten vastaiskusta huolimatta. 25. tammikuuta japanilaiset valtasivat Kendarin Sulawesilla. 31. tammikuuta japanilaiset valtasivat australialaisen puolustaman Ambonin yhdessä vuorokaudessa. Australialaisten tappiot nousivat 90 prosenttiin vahvuudesta. Britit evakuoivat Malaijilta joukkonsa Singaporeen.
1. helmikuuta japanilaiset valtasivat Pontianakin. 3.helmikuuta japanilaiset pommittivat Surabajaa sekä aloittivat ilmaiskut Jaavaa vastaan. 4. helmikuuta käydään Kalimantanin ja Sulawesin välisessä Makassarin salmessa meritaistelu, jonka japanilaiset voittivat. Liittoutuneet vetäytyivät Cilacapiin ja japanilaiset valtasivat Sulawesin.
8. helmikuuta japanilaiset aloittivat hyökkäyksen Singaporea vastaan. 9. helmikuuta japanilaiset pommittivat Bataata, Surabajangia ja Malangia. 10. helmikuuta japanilaiset valtasivat Ujung Pandangin Makassarilla. 15. helmikuuta Singapore antautui. Japanilaiset saivat 130 000 vankia. Japanilaiset laskuvarjojoukot ottivat haltuunsa öljynjalostamon Palembangissa.
Australia liittyy sotaan Van Mook pyytää apua 18. helmikuuta Hubertus van Mook vieraili Australiassa pyytämässä hyökkäystä japanilaisia vastaan. Balin ja Lombokin välillä Badungin salmessa käytiin taistelu 19. helmikuuta, jossa japanilaiset voittivat australialaiset ja hollantilaiset. Japanilaiset nousivat maihin Balilla. Japanilaiset tekivät ensimmäisen ilmahyökkäyksensä Australiaa vastaan Darwinissa. 20. helmikuuta japanilaiset nousivat maihin Timorille.
Acehilaiset ja pohjoissumatralaiset liittoutuvat Japanin kanssa 23. helmikuuta acehilaiset ja pohjoissumatralaiset aloittivat japanilaisten tukemina kapinan hollantilaisia vastaan Sumatralla. Hollantilaiset siirsivät Sukarnon Padangiin, joka onnistui pakenemaan. Hollantilaiset evakuoivat Sjahririn ja Muhammed Hatan Bandasta juuri ennen japanilaisten pommituksia. Japanilaiset ilmoittivat vallanneensa Timorin. Australialaisten sissisota saarella jatkui.
27. helmikuuta – 1.maaliskuuta käytiin Jaavanmeren taistelu, missä Surabajan lähellä japanilaiset upottivat Hollannin ja Australian laivaston. Yhdysvaltalaiset hävittäjät vetäytyivät Australiaan. Hollantilainen amiraali Karel Doorman kaatui.
1. maaliskuuta käydään Sundan salmen taistelu. Japanilaiset nousivat maihin Bantenilla ja Surabajan länsipuolella. Medania pommitettiin. 5. maaliskuuta japanilaiset kohdistivat ilmahyökkäyksiä Cilacapiin ja etenivät Bataalle. 7. maaliskuuta Rangoon antautui. Hollannin Itä-Intian hallinnoija van Mook siirtyi lentokoneella Australiaan. Japanilaiset miehittivät Surabajan.
Japanin 25. armeija saapuu Acehiin ja Pohjois-Sumatralle 11. maaliskuuta japanilaisten kanssa liittoutuneet acehilaiset aloittivat vastarinnan vetäytyviä hollantilaisia vastaan. 15. maaliskuuta japanilaiset saapuivat Acehiin. 18. maaliskuuta japanilaiset valtasivat Pandamgin. Sumatran viimeiset hollantilaiset antautuivat japanilaisille Kutatjessa. Japanilaiset kielsivät poliittisen toiminnan ja järjestöt. Volksraad lakkautettiin.
Hollannin Itä-Intia jaetaan kolmeen hallintoalueeseen Hollantilaisten antauduttua Japani järjesti Indonesian hallinnon siten, että Japanin 16. armeija otti vastuulleen Jaavan ja Maduran, 25. armeija Bukittinggissa Sumatran ja Japanin laivasto Ujung Pandangissa Kalimantan sekä Itä-Indonesian saaret.
Yhteisesikunta purkautuu hollantilaisten tappioon