Indonesian historia ulottuu tuhansien vuosien taakse. Maan nykyiset asukkaat ovat Kaakkois-Aasian mantereelta saapuneiden kansojen jälkeläisiä, jotka muuttivat nykyisen Indonesian alueelle 4 000 vuotta sitten. Alueella oli ihmisiä jo paljon aiemminkin, sillä varhaisimmat todisteet ihmisistä on 1,5 miljoonaa vuotta vanhoja.
Kiinan ja Intian suunnalta tulleet merenkävijät kävivät Indonesian alueella 200-luvulta lähtien. He toivat mukanaan vaikutteita hindulaisuudesta ja buddhalaisuudesta. Ensimmäinen saariston yhdistänyt kuningaskunta oli 600-luvulla syntynyt Srivijaya, joka hallitsi aluetta 1300-luvulle asti. Arabialaisten kauppiaiden mukana alkoi islam 1300-luvulla levitä alueelle, ja syntyi useita keskenään kilpailevia sulttaanien hallitsemia kuningaskuntia.
Maan rikkaiden luonnonvarojen houkuttelemina alueelle tuli 1500-luvulla myös eurooppalaisia. Ensin saapuivat portugalilaiset, mutta he saivat 1600-luvulla väistyä hollantilaisten tieltä, jotka hallitsivat Indonesian aluetta 1600-luvulta lähtien. Siirtomaavaltaa ei kuitenkaan kaikkialla hyväksytty, ja Hollannin Itä-Intiassa puhkesi aika ajoin kapinoita eurooppalaisten valtaa vastaan.
Indonesia pysyi Alankomaiden siirtomaana aina toiseen maailmansotaan asti, jolloin Japani miehitti sen. Sodan päätyttyä Indonesia itsenäistyi Sukarnon johdolla. Itsenäinen Indonesian tasavalta syntyi virallisesti vuonna 1949, kun Alankomaat tunnusti maan itsenäisyyden. Sukarno syrjäytettiin vuonna 1967 presidentin paikalta Suharton johtamassa sotilasvallankaappauksessa. Suharto hallitsi maata 1990-luvun lopulle saakka itsevaltaisin ottein. Maan itsenäisyyden aikaa ovat leimanneet Indonesian eri kansallisuuksien väliset kahakat.
Esihistoria pienoiskuva|Indonesialaiset alukset tekivät kauppamatkoja Afrikkaan asti jo ensimmäisellä vuosisadalla. Borobuduriin kaiverrettu laiva noin vuodelta 800.
Ensimmäisen kerran Homo erectus -ihmislajin jäänteitä löydettiin Jaavan saarelta vuonna 1891. Löytö tunnetaan yleisesti jaavanihmisenä. Fossiilijäänteistä on päätelty, että Malaijien saaristossa on ollut asutusta ainakin 500 000 vuotta sitten. Ei tiedetä varmasti, miten Homo erectus ja myöhemmin Homo sapiens saapuivat Malaijien saaristoon, mutta todennäköisesti Sumatra, Borneo ja Jaava olivat yhteydessä mantereeseen, sillä pleistoseenikaudella merenpinta oli alempana kuin nykyään. Jaavanihmiset saattoivat saapua Jaavalle kävellen 1,7 miljoonaa vuotta sitten. Homo erectuksen elintavoista ei ole tarkkaa tietoa, ja homo sapiens myöhempänä saapujana syrjäytti H. erectuksen. On kuitenkin myös esitetty, että H. sapiens ei täysin syrjäyttänyt H. erectusta, vaan H. erectus sopeutui elämään H. sapiensin rinnalla ja lajit saattoivat risteytyä keskenään. H. erectus -lajin edustajat saattavat olla näin nykyisten kaakkoisaasialaisten hyvin kaukaisia esivanhempia.
Varmaa tietoa ihmisten kehityksestä alueella on pystytty tutkimaan 40 000 vuoden taakse: tuolta ajalta löytyneet ihmisjäänteet ja alkeelliset kivityökalut on voitu ajoittaa. Aluetta 40 000–7 000 vuotta sitten asuttaneita ihmisiä on kutsuttu australo-melanesialaisiksi. He olivat metsästäjä-keräilijöitä ja ensimmäisiä, jotka saapuivat nykyiseen Itä-Indonesiaan. Varhaisimpia todisteita heistä on löytynyt Borneolta 40 000–20 000 vuoden takaa.
Malaijien saaristoon saapui 3 000–500 vuotta ennen ajanlaskun alkua austronesialaisia. He olivat todennäköisesti lähtöisin Etelä-Kiinasta, josta he Taiwanin kautta saapuivat Filippiineille noin 3 000 eaa., Itä-Indonesian saarille ja Borneoon noin 2 000 eaa. sekä Uuteen-Guineaan, Jaavalle ja Sumatralle noin 1 500–1 000 eaa. Tuon ajan ihmiset olivat jo taitavia merenkävijöitä ja harjoittivat maataloutta. Villiriisiä viljeltiin Sulawesin saarella jo noin vuonna 3 000 eaa. Varhaisimmat todisteet riisin märkäviljelystä ovat 700-luvulta jaa. Pronssin ja raudan valmistuksesta varhaisimmat todisteet ovat vuosilta 500–200 eaa. Tuona aikana alueelle saapui lisää ihmisiä Vietnamin suunnalta. He kehittivät edelleen kaupankäyntiä ja merenkulkua.
Varhaisimmat arkeologiset todisteet Kiinaan ja Intiaan suuntautuneesta kaupankäynnistä ovat kahdelta viimeiseltä vuosisadalta ennen ajanlaskun alkua, sillä Balilta on löydetty ensimmäiseltä vuosisadalta peräisin olevista haudoista intialaisia esineitä ja Intian kaakkoisrannikolta on löydetty 100-luvulta eaa. peräisin olevia indonesialaisten veneiden hylkyjä. Todennäköisesti tuon ajanjakson malaijit olivat ensimmäisiä Kaakkois-Aasian merillä kauppaa käyneitä ihmisiä, jotka ylläpitivät kansainvälisiä yhteyksiä.
Intiassa, Kiinassa ja Indokiinassa alkoi muodostua varhaisia kuningaskuntia jo ennen ajanlaskun alkua, mutta malaijialueilla todisteita vanhimmista valtion kaltaisista yhteisöistä on vasta vuoden 500 jaa. jälkeen. Kehitys kohti monimutkaisempaa ja jakautuneempaa yhteiskuntarakennetta levisi nykyisen Indonesiaan Intiasta. Indonesiasta on löytynyt kivikirjoituksia, vanhoja piirustuksia ylhäisemmin pukeutuneista ihmisistä ja hautakammioita, joiden perusteella on tehty päätelmiä luokkayhteiskunnan syntymisestä Sumatralla, Jaavalla ja Balilla.
Luokkayhteiskunnan syntyä edesauttoi myös tehokkaampien viljelymenetelmien kehittyminen. Riisin viljely veden peittämillä pelloilla ja vesipuhvelien käyttö tehostivat ravinnontuotantoa. Ruokaa kasvoi jo yli oman tarpeen, jolloin sillä saatettiin ruokkia kauppiaita ja yhteisön eliittiä, joka ei viljellyt maata. Vastineeksi kauppiaat tarjosivat omia tuotteitaan ja yhteisön ylimystö järjestyksen ja paikkoja uskonnon harjoittamiseen. Ajanlaskun alun vuosisatoina harjoitettujen kansanuskontojen tavoista ja rituaaleista tiedetään vähän. Silloisten ihmisten käsitykset maailmasta olivat todennäköisesti animistisia, kuten suuressa osassa Kaakkois-Aasiaa.
Hindulais-buddhalaiset kuningaskunnat
500-luvulla jaa. Malaijien saaristoon levisi intialaisen kulttuurin piirteitä, ja Sumatran ja Jaavan asukkaat joutuivat kosketuksiin hindulaisuuden ja buddhalaisuuden kanssa, kun Intian suunnalta tulleet kauppiaat kävivät nykyisen Indonesian alueella. Historiantutkijoiden keskuudessa on kuitenkin erimielisyyttä siitä, milloin intialainen kulttuuri tarkalleen levisi Indonesian alueelle. Kulttuurin leviäminen edisti kuitenkin valtiomuotoisten hallintorakenteiden syntymistä.
Srivijaya
Malaijien saariston ensimmäinen nimeltä tunnettu poliittinen yksikkö oli Kantoli, josta ei nimen lisäksi tiedetä kovinkaan paljon. Se oli kuitenkin sumatralaisen Srivijayan valtakunnan edeltäjä. Srivijayan kuningaskunnan on päätelty syntyneen 500-luvulla, sillä kiinalaisten tullessa sinne 600-luvun lopulla yhteiskunta oli pitkälle kehittynyt. Srivijayan keskus oli Sumatran eteläosassa sijainnut Palembang. Palembang ja pohjoisempana Sumatralla sijainnut Jambi saivat alkunsa pieninä satamakaupunkeina, joihin intialaiset kauppiaat poikkesivat. Kauppiaiden mukana levisi buddhalaisuuden lisäksi myös käsitys monarkiasta. Palembang nousi todennäköisesti merkittävimmäksi hedelmällisen maaston ja menestyvän maatalouden ansiosta, sillä ylimääräistä ruokaa saatettiin tarjota muualta tulleille kauppiaille.
Srivijaya alkoi 600-luvun lopulla laajeta, ja 1100-luvun lopulla sen alueet käsittivät Sumatran, Malakan niemimaan sekä osia Jaavan ja Borneon saarista. Srivijaya oli talassokratia eli merivalta. Sen hallussa olivat alueen tärkeimmät merireitit Malakansalmi ja Sundansalmi, joiden kautta kulkivat Kiinan ja Intian väliset kauppareitit sekä Malaijien saariston koko kaupankäynti. Srivijayan kuninkaan välitön hallinto ylsi kuitenkin vain Palembangin lähialueille. Srivijayan laivasto käytti voimaansa alistaakseen mahdolliset kilpailevat kuningaskunnat. Voimankäyttö ei kuitenkaan taannut Srivijayan ylivaltaa Malaijien saaristossa, vaan maa solmi liittoja Malakan niemimaan, Jaavan ja Sumatran pienempien satamakaupunkien kanssa, sillä vapaa kulku Malakan- ja Sundansalmien läpi oli kaikkien kannalta tärkeää. Srivijaya oli malaijivaltioiden poliittinen ja taloudellinen keskus 600-luvulta 1200-luvulle asti.
Srivijayan valtakuntaan alkoi 1000-luvulla kohdistua yhä enemmän ulkoisia uhkia, kun muut kuningaskunnat yrittivät horjuttaa sen valta-asemaa. Intian nykyisen Tamil Nadun suunnasta tullut Chola-valtakunta hyökkäsi 1025 Palembangiin ja tuhosi sen. Chola ei kuitenkaan saanut kukistettua Srivijayaa, mutta se sai hallintaansa Srivijayalle kuuluneita Länsi-Malesian alueen pohjoisosia. Srivijayan rappiota edistivät Jaavan ja Intian suunnasta tulleet toistuvat hyökkäykset ja kauppavallan siirtyminen alueen muille satamakaupungeille. Srivijayan heikkeneminen myös edisti pienempien kuningaskuntien syntymistä.
Srivijayan voimakas vaikutus alueella alkoi lopullisesti hiipua 1200-luvulla. Valtakunnalla oli toistuvia konflikteja jaavalaisten kuningaskuntien kanssa, joille se jäi alakynteen. Pääsyynä valtakunnan murenemiseen oli kauppavallan heikkeneminen. Valta jakautui tasaisemmin alueen pienemmille keskuksille, kuten Shrivijayasta irtautuneelle Jambille ja Kedahin satamalle. Singhasarin kuningaskunta valloitti Srivijayan lopullisesti 1280-luvulla, ja kuningaskunnan alueiden rippeitä havitteli myös pohjoisesta tullut Ayutthayan kuningaskunta.
Jaavalaiset kuningaskunnat pienoiskuva|Borobudurin buddhalainen pyhäkkö Yogyakartan lähellä on jäänne Sailendra-kuninkaiden dynastiasta. pienoiskuva|Prambananin hindulainen temppelialue on jäänne Mataramin kuningaskunnan kukoistuksesta. Jaavalla syntyi 700-luvulla kuningas Sanjayan johtama Mataramin kuningaskunta. Sen kukoistusaika oli 700-luvulta 1000-luvulle asti. Mataram jäi kuitenkin 800-luvulla Sailendran buddhalaisen kuningaskunnan varjoon. Sailendrakuninkaat rakennuttivat Jaavalle, nykyisen Yogyakartan kaupungin lähelle, Borobudurin temppelin. Sanjayan jälkeläinen Pikatan kukisti Sailendran dynastian 800-luvun puolivälin jälkeen. Pikatanin seuraajat rakensivat toisen kuuluisan temppelialueen, Prambananin, joka oli hindulainen vastine buddhalaiselle Borobudurille.
Mataramin kuningaskunnan valtakeskus siirtyi Jaavan itäosiin vuonna 929. Syyksi on arveltu Merapin tulivuorenpurkausta. Mataram harjoitti myös kauppaa, minkä takia se ajautui törmäyskurssille Srivijayan kanssa. Srivijaya teki sotaretken Mataramiin vuonna 1016, tuhosi Mataramin pääkaupungin ja surmasi maan kuninkaan Dharmavamsan. Dharmavamsan perillinen, hänen sisaruksensa jälkeläinen Airlangga, onnistui kuitenkin pakenemaan.
Airlangga palasi 1019 ja perusti valtakunnan uudelleen Kahuripanin kuningaskunnan nimellä. Sen vaikutusalueeseen kuuluivat aluksi entisen Mataramin kuningaskunnan jäänteet Jaavan itäosissa ja Balilla. Airlangga käytti hyväkseen Srivijayan kuningaskunnan heikkoutta Cholan tekemän sotaretken jälkeen, ja Kahuripanin valta laajeni koko Jaavan alueelle. Kahuripanin historia jäi kuitenkin lyhyeksi, sillä Airlangga luopui vallasta vuonna 1045 ja jakoi maan kahtia kahden poikansa hyväksi. Itään muodostui Janggala ja länteen Kediri. Kediri oli niistä hallitsevampi, ja Janggala jäi sen varjoon. Janggala hävisi vähitellen olemattomiin. Kediri hallitsi 1100-luvulla Malaijien saariston itäosia, Srivijaya länsiosia ja Malakan niemimaata.
Singhasari ja Majapahit pienoiskuva|Wringin Lawang edustaa Majapahitien arkkitehtuuria. Itä-Jaava yhdistyi vuonna 1221 Singhasarin kuningaskunnaksi, kun Ken Angrok päihitti Kedirin kuninkaan armeijan. Singhasarin pääkaupunkina toimi Janggala. Ken Angrok kuoli vuonna 1227 pian Singhasarin perustamisen jälkeen, ja hänen jälkeensä valtaan nousi Vishnuvardhana, jonka kaudella Kedirin kuningaskunta alistettiin Singhasarin alaisuuteen. Singhasarin merkittävin kuningas oli Kertanagara, joka hallitsi vuosina 1268–1292. Hänen kaudellaan Singhasari valloitti Shrivijayalta Malakan niemimaan itä- ja eteläosat sekä Sumatralla sijainneita alueita.