豊肥本線（ほうひほんせん）は、大分県大分市の大分駅から熊本県熊本市西区の熊本駅に至る九州旅客鉄道（JR九州）の鉄道路線（地方交通線）である。「阿蘇高原線」（あそこうげんせん）の愛称が付けられている。
国土交通省監修『鉄道要覧』では大分駅を起点としているが、JR線路名称公告では熊本駅が起点で、列車運行上も熊本から大分行きの方向が下りになっている。
概要 世界有数の規模を持つ阿蘇カルデラの中を横切って九州中部を横断し、大分市と熊本市を結ぶ路線である。特急列車も多く運行され、阿蘇山や城下町である大分県竹田市を通る観光路線であるとともに、大分都市圏や熊本都市圏の通勤・通学路線でもある。 JR化後は、大分・熊本都市圏近郊において増発・新駅設置など、輸送力は大きく改善された。国鉄時代は1時間に1本程度であったが、現在では20-30分間隔で運行されており、また観光路線ということもあり、幾分か黒字に近づいた。ただし、大分県内を走るJRの路線（当路線、日豊本線及び久大本線）の中では営業係数が最も高い（2016年度時点）。
2012年12月1日より、大分駅 - 中判田駅間および、肥後大津駅 - 熊本駅間で、IC乗車カード「SUGOCA」が利用可能であるSUGOCAのご利用可能エリアを平成24年12月1日（土）に拡大します - 九州旅客鉄道ニュースリリース 2012年9月19日。なお、中判田駅 - 肥後大津駅間では、SUGOCAで途中駅の入出場はできないが、特例としてSUGOCAでの乗車で通過することはできるSUGOCAは、エリア内のご乗車であれば最も安い運賃で減額します - SUGOCA公式サイト内。
2016年12月22日より、一般向けリアルタイム列車位置情報システム「どれどれ」が運用開始された - 九州旅客鉄道、2016年12月20日。スマートフォンアプリ「JR九州アプリ」を利用することで、リアルタイムの列車位置情報が全線で利用できる。
2016年4月の熊本地震で甚大な損害を受け、肥後大津駅 - 阿蘇駅間で不通となっていたが、2020年8月8日に全線で運転を再開した。
路線データ 管轄（事業種別）：九州旅客鉄道（第一種鉄道事業者） 路線距離（営業キロ）：148.0 km『歴史でめぐる鉄道全路線 国鉄・JR』通巻27号 豊肥本線／久大本線 5頁 軌間：1067mm 駅数：37（起終点駅含む） 豊肥本線所属駅に限定した場合、起終点駅（大分駅は日豊本線、熊本駅は鹿児島本線の所属『停車場変遷大事典 国鉄・JR編』JTB 1998年）が除外され、35駅となる。 複線区間：なし（全線単線） 電化区間（交流20,000V・60Hz）： 大分駅 - 下郡信号場間…営業列車はすべて気動車だが、大分鉄道事業部大分車両センターの回送線を兼ねているため電化されている同様に入出庫用に電化された路線や区間として、ほかにJR北海道の宗谷本線旭川駅 - 北旭川駅間とJR西日本の境線米子駅 - 後藤駅間がある。 肥後大津駅 - 熊本駅間 閉塞方式： 大分駅 - 下郡信号場間：単線自動閉塞式 下郡信号場 - 熊本駅間：特殊自動閉塞式（軌道回路検知式） 保安装置： ATS-SK形：全線 ATS-DK形：大分駅 - 下郡信号場間、肥後大津駅 - 熊本駅間 最高速度：95km/h IC乗車カード対応区間： SUGOCA福岡・佐賀・長崎・大分・熊本エリア：熊本駅 - 肥後大津駅間・大分駅 - 中判田駅間 大分駅 - 滝水駅（構内除く）間が大分支社、滝水駅 - 熊本駅間が熊本支社の管轄である。
沿線概況 説明の都合上、この節では熊本駅から大分駅の方向に説明する。
熊本駅から肥後大津駅までは電化区間で、政令指定都市である熊本市をはじめとする熊本都市圏の通勤・通学路線となっており『歴史でめぐる鉄道全路線 国鉄・JR』通巻27号 豊肥本線／久大本線 7頁、沿線には学校や、光の森を始めとした新興住宅地が多くあるため、鹿児島本線熊本口よりも豊肥本線熊本口の方が運行本数も利用者も多くなっている。朝の通勤時間帯は10分間隔で運行され、4両編成で運転される列車もある。夕方も高校生や通勤客で利用が多いが、朝のように4両編成で運転される列車は少なく、いずれの時間帯も新水前寺駅 - 光の森駅間は特に混雑が激しい。熊本駅は2015年3月に一部高架化され、高架化が完成した2018年3月より、豊肥本線の列車の発着も高架ホームに移動した。鹿児島本線と分かれたあと白川を越えると、住宅地が広がる。熊本市電と連絡し、複数の高校に最寄りの新水前寺駅は利用者が多く、利用者数は1日平均5,000人以上で熊本県内第2位である。再び白川を越えた後、武蔵塚駅付近からは加藤清正が整備した杉並木の街道と併走する。光の森駅を過ぎるとやがて肥後大津駅に到着する。この駅からは、熊本空港への無料乗合連絡タクシーが出ている。
肥後大津駅から先は非電化となり、阿蘇外輪山に向かってゆく『歴史でめぐる鉄道全路線 国鉄・JR』通巻27号 豊肥本線／久大本線 8頁。右下に阿蘇から有明海に流れ下る白川を見下ろすようになると立野駅。ここは外輪山が1か所だけ途切れて低くなった場所で、阿蘇カルデラ内と熊本平野をつなぐ白川も道路も鉄道もここを通ることとなる。ここで鉄道は有名なスイッチバックで標高を稼いでカルデラ内に入る。熊本駅から立野駅に到着した気動車の運転士は、ホームの上を歩いて反対側の運転席に行き逆向きに発車する。しばらく坂を登って停止すると、今度は車内を歩いて元の運転台に戻り、再び初めと同じ進行方向で発車する。2021年に開通した新阿蘇大橋が見えてくると白川の渓流に接近する。2016年4月16日に発生した熊本地震（本震）の際、山の斜面大きく崩れた現場に差し掛かると反対側に崩落したままの旧・阿蘇大橋が車窓から見える。やがて列車は阿蘇カルデラ内の平原（阿蘇谷）に入る。
阿蘇谷を走る間、右には阿蘇の火山群、左には広い田圃の向こうに長大な崖のようにそびえ立つ北側外輪山を見ることができる。宮地駅近くには肥後国一宮の阿蘇神社があるが、このあたりが火山群が最も良く見える。宮地駅を出ると列車は左右に大きくカーブしながら東側外輪山を登ってゆく。いくつかの長めのトンネルを抜けて、一瞬左手に広大な阿蘇谷を見渡せるが、すぐに豊肥本線の最高点である坂の上トンネル（延長2,886m）に入る。ここまでひたすら登り続けてきた豊肥本線は分水嶺を越え、ここから下り始める『歴史でめぐる鉄道全路線 国鉄・JR』通巻27号 豊肥本線／久大本線 9頁。緩やかに波打つ高原を左右に細かくカーブしながら下ってゆくが、この周辺は9万年前に阿蘇山が大噴火した時に火砕流に覆い尽くされた一帯（火砕流台地）である。
滝水駅と豊後荻駅の間に横たわる大分県との県境付近から、豊肥本線は大野川水系上流の幾筋もの川を、ある時は渡り、ある時は川筋に沿って走ってゆく。これらの支流が稲葉川と大野川の2本の川に集約されて盆地に流れ込み、その底になったところが豊後竹田駅。四方を山に囲まれた竹田市は「れんこん町」と呼ばれるほどトンネルが多く、豊肥本線も何本ものトンネルを通り抜けて豊後竹田駅に着く。瀧廉太郎の『荒城の月』で有名な岡城は駅近くにあるが、盆地の底にある駅や市街からは見上げるような高さの台地上に石垣を組んでいる。
竹田市を出ると、豊肥本線はおおまかに大野川に沿って、谷筋を通って段々と平地へ降りてゆく『歴史でめぐる鉄道全路線 国鉄・JR』通巻27号 豊肥本線／久大本線 10頁。竹田市やその東隣の豊後大野市は奥豊後と呼ばれる地域で、沿線には大野川水系の豊かな水資源による湧水や滝等が数多い。豊肥本線は豊後大野市のうちの緒方町、三重町、犬飼町などの長閑な風景の中、川幅を広げながら流れる大野川およびその支流を何度か渡る。
中判田駅からは一転して大分市の郊外住宅地に入り乗客・運行本数共に多くなる。国道10号に並行して東九州の中核都市である大分市の市街地を縦断。下郡信号場からは日豊本線と並走しながら大分川橋梁を渡ったところで高架区間に入り、その後久大本線が合流。駅南側の再開発工事が進む大分駅で終点となる。大分駅ホームは2012年3月17日に完全高架化された豊肥・久大本線のホームのみ2008年夏に先行して高架化された。その間、特急「九州横断特急」は大分川橋梁手前で豊肥本線から仮設線路を経て日豊本線（当時地上ホーム）に入線し、別府駅までの直通運転を継続した。。
運行形態 地域輸送 普通列車はおおむね豊後竹田駅、宮地駅、肥後大津駅で運転系統が分かれている。
大分駅 - 三重町駅間と肥後大津駅 - 熊本駅間で運転されているワンマン運転の普通列車（2両編成）は、2006年3月17日までは無人駅および有人駅での営業時間外の停車時は前の車両のドアのみ開き（中扉は開かず・後ろ乗り前降り）、乗車時には整理券を取って下車時に運賃を整理券とともに運転士に渡す車内収受式であったが、翌3月18日のダイヤ改正後より、駅収受式となり全ての駅で列車のホーム側の全てのドアから乗り降りできるようになった。さらに熊本側は2013年3月16日のダイヤ改正より、全ての列車による全てのドアからの乗り降りできる区間が立野駅 - 熊本駅間に拡大された。2022年9月23日のダイヤ改正より、中判田駅 - 三重町駅間は駅収受式から車内収受式に変更された。
大分駅 - 豊後竹田駅間 キハ200系気動車を中心に運行され、大分駅 - 中判田駅・犬飼駅・三重町駅間の区間運転列車も設定されている。1時間あたり大分駅 - 豊後竹田駅間の直通が1本（ただし、日中は2時間前後開く場合あり）、大分駅 - 中判田駅間は区間運転が入って2 - 3本になる。朝晩には犬飼駅・三重町駅発着の設定があり、当該時間帯は毎時2本程度となる。2008年3月14日までは、夕方に豊後竹田駅発とその折り返し中判田駅行き1往復が日豊本線の別府駅まで乗り入れていた。2014年3月15日のダイヤ改正で最終列車の三重町駅終着時刻が、2019年3月16日には同駅に加え豊後竹田駅終着時刻が0時台となり日付を跨ぐようになった。2015年3月14日のダイヤ改正で中判田駅・三重町駅発で日豊本線亀川駅行きが復活したが、2018年3月17日のダイヤ改正で再び廃止されたJTBパブリッシング『JTB時刻表』2018年3月号、p.441。
豊後竹田駅 - 宮地駅間 山あいの過疎地を走るために駅間距離が他より長く、利用者が少ない。運転本数もこの区間の通し列車が1日5往復、豊後荻駅発豊後竹田駅行きの区間列車下り1本のみで、3 - 5時間ほど運転間隔が開く時間帯がある。この区間はワンマン運転対応のキハ220形・キハ125形気動車などによる単行（1両編成）運転が行われている。
宮地駅 - 肥後大津駅間 この区間のうち阿蘇駅 - 肥後大津駅間は2016年の熊本地震の影響で長らく不通となっていたが、2020年8月8日に復旧した。
概ね1 - 2時間に1本の運転である。大半の列車が宮地駅 - 肥後大津駅間の折り返し運行で、肥後大津駅で熊本駅発着の電車に接続するが、熊本駅発着の列車や、豊後竹田駅発着の列車もある。車両は主にキハ200系（キハ220系200番台も含む）・キハ47形（キハ147形も含む）の2両編成のほか、キハ125形の単行列車も一部運行される。
被災前には宮地駅 - 肥後大津駅間にキハ200系・キハ40系気動車による2両編成列車が、1時間あたり1本程度運転されていた。最終列車の宮地駅終着時刻は日付を跨いで設定されていた。
2023年7月15日から朝に南阿蘇鉄道高森線からの直通列車が立野駅 - 肥後大津駅間で2往復運行されている。
肥後大津駅 - 熊本駅間 この区間は、1999年に熊本国体（くまもと未来国体）に合わせて電化された。2両編成の815系・817系、3両編成の821系電車により昼間は1時間あたり3本程度の普通列車が運転されている。また、早朝と朝の通勤時間帯および深夜には熊本駅 - 光の森駅間の区間運転列車も設定されている。平日の朝ラッシュ時は約10分間隔で運転されるが、それでも混雑するため815系・817系では4両編成での運転も行われる。このほか、鹿児島本線との直通列車も少数ながら設定されており、鳥栖駅・大牟田駅・玉名駅・八代駅 - 光の森駅・肥後大津駅間で運行されている（鹿児島本線上り玉名・大牟田方面への直通列車の設定は休日の2本のみ）。九州新幹線との接続を考慮して、始発は5時台、終電は0時台になっている。0時台の終電は新幹線全線開業後に新設された。
熊本都市圏の人口の多い区間のため、終日にわたって利用が多い。
2011年3月12日の九州新幹線（鹿児島ルート）全面開通後、後述の特急「有明」の豊肥本線内での運行が廃止されるのに伴い新たに快速列車「豊肥ライナー」が熊本駅 - 肥後大津駅間に設定された「熊本－肥後大津間に快速 豊肥線特急廃止でJR」『熊本日日新聞』2010年12月11日（2010年12月18日閲覧）平成23年春ダイヤ改正 - JR九州公式リリース 2010年12月18日閲覧。停車駅は特急「有明」と同じく新水前寺駅・水前寺駅・武蔵塚駅・光の森駅となっていた。肥後大津駅発3本、光の森駅発3本、肥後大津駅行き3本、光の森駅行き4本の計13本が10時台から16時台にかけて運行されていた。しかし、2013年3月16日のダイヤ改正をもって豊肥ライナーの愛称は廃止され、各駅停車の普通列車となった平成25年春ダイヤ改正 - JR九州公式サイト 2012年12月20日。
優等列車 right|thumb|九州横断特急（2008年3月 阿蘇駅）
2020年8月8日の全線運転再開時点のダイヤでは、別府駅 - 熊本駅間に特急として、毎日運転の「九州横断特急」1往復に加え、おおむね金・土・日・祝日や長期休暇期間には「あそぼーい!」、それ以外の期間には同一時刻で「九州横断特急」が1往復運行される。また、全線運転再開にあわせて、宮地駅 - 熊本駅間には特急「あそ」が3往復設定された（うち2往復は土休日など多客期に運転）豊肥本線全線開通に伴う特急列の運行体系について 〜特急 「あそぼーい！」が 熊本〜大分・別府で直通運転〜 - 九州旅客鉄道、2020年6月16日。2022年9月23日から宮地駅 - 熊本駅間で特急「かわせみ やませみ」が1往復設定された（土休日を中心に運転）。「あそぼーい!」は観光特急仕様のキハ183系1000番台で運行される。「九州横断特急」と「あそ」にはキハ185系が、「かわせみ やませみ」には専用のキハ47形が使用され、運転台に「ワンマン」と表示してワンマン運転が行われる。
熊本地震前の優等列車運行状況
沿線に阿蘇を有する豊肥本線は古くから観光路線として位置付けられ、1958年からは準急「ひかり」が運行され、1961年からは循環列車となる準急「ひまわり」が設定された。その後の変遷を経て、豊肥本線内を運転する優等列車は急行「火の山」に統合され、その一部は天草諸島や島原半島へ向かう観光客の利便を考慮して三角線三角駅まで直通運転が行われた。1992年に「火の山」が特急に昇格して「あそ」と改称し、車両もキハ185系気動車に置き換えられた。2004年3月13日には「あそ」と肥薩線の特急「くまがわ」の一部の列車を統合し、運転区間を別府駅 - 大分駅 - 熊本駅 - 人吉駅間に変更したうえで「九州横断特急」と改称した。
1987年から途中の中断を経て九州新幹線（鹿児島ルート）全線開業時まで、鹿児島本線博多駅発着の特急「有明」が豊肥本線内の熊本都市圏部に乗り入れていた。熊本駅は熊本市中心部から離れており、熊本市の中心市街地や住宅地が豊肥本線沿線にあることから、熊本都市圏からの利便性向上を図り運行され、九州自動車道経由で福岡市と熊本市を結ぶ高速バス「ひのくに号」との競合を意識していた。当初は非電化であったためDE10形ディーゼル機関車が485系電車を牽引して豊肥本線を水前寺駅まで走行していたが、1994年に一旦廃止された後、1999年の熊本駅 - 肥後大津駅間の電化開業に伴い再開され、運転区間も熊本駅 - 水前寺駅・武蔵塚駅・光の森駅・肥後大津駅間となった。2007年3月18日改正からは、早朝の博多方面行きの「有明」1本が豊肥本線内（光の森駅→熊本駅間）普通列車として運転されていた。
九州新幹線（鹿児島ルート）全面開業に伴い、2011年3月11日限りで「有明」の豊肥本線内での運行を終了した。「九州横断特急」も一部が熊本駅発着に変更されている。2016年3月26日のダイヤ改正で「九州横断特急」は熊本駅 - 人吉駅間の運転が取り止められ、全て熊本駅発着となった『JTB時刻表』2016年4月号（JTBパブリッシング）p.8。
熊本地震前の観光列車運行状況 熊本地震前は各地から阿蘇への観光客集客を目的として、毎年概ね3月から11月までの土日祝日および小・中・高等学校の長期休暇期間中などには熊本駅 - 宮地駅間に専用車両を使用した臨時列車が運行されていた。
1988年3月からキハ58形・キハ65形を改造したジョイフルトレイン「サルーンエクスプレス」を使用した臨時急行列車「サルーンエクスプレス阿蘇観光号」が運転されたが、同年8月28日からは8620形蒸気機関車がアメリカン風に改造された50系客車を牽引する「SLあそBOY」が運転された。以後「SLあそBOY」は毎年3月から11月に運転されていたが、機関車の老朽化により2005年8月に「SLあそBOY」は運行休止となり、同年内に運転される予定であった「SLあそBOY」はディーゼル機関車が牽引する「ディーゼルあそBOY」として運転されたが、同年限りで終了した。
2006年7月22日からは内装や外観を昭和30年代のイメージに改造したキハ58系2両を使用する臨時快速列車「あそ1962」が運行を開始、車内では昔のCM放映や阿蘇の特産品および駄菓子販売を行った。「あそ1962」は2010年12月26日をもって運行を終了した。
2011年6月4日よりキハ183系1000番台を改造した観光特急「あそぼーい!」が運行開始された観光特急「あそぼーい！」運転開始。 - 鉄道ホビダス「編集長敬白」2011年06月16日。また、これに先立ち2011年3月12日より5月29日までは臨時特急「阿蘇ゆるっと博」が運行されていた。「あそぼーい!」は熊本地震後に他地域で運行されたこともあったが、2017年7月より豊肥本線での運行を再開している。
熊本地震後、全線運転再開までの運行状況 大分駅 - 阿蘇駅間に特急が1往復運行され、おおむね金・土・日・祝日や長期休暇期間には「あそぼーい!」、それ以外の期間には同一時刻で「九州横断特急」が運行された。熊本地震後、全線運転再開まで、肥後大津駅 - 熊本駅間では特急列車は運行されなかった。
使用車両 電車 - 電化区間の普通列車に使用される。全車両ロングシート車。 815系 817系 821系 気動車 - 電化区間を含む全線にわたって使用される。電化区間内のみを走行する気動車列車もある。熊本地震により肥後大津駅 - 阿蘇駅間が不通となっていた期間は、電化区間内のみを運転する気動車列車は下り3本・上り4本の設定となり、キハ125形とキハ185系、キハ183系は阿蘇駅以東でのみ使用されていた。 キハ200・220形 キハ125形 キハ40・キハ47・キハ140・キハ147形 - 特急「かわせみ やませみ」に使用。 キハ183系1000番台 - 特急「あそぼーい!」に使用。 キハ185系 - 特急「九州横断特急」「あそ」に使用。 MT-4000形 - 南阿蘇鉄道の気動車で、高森線からの直通列車に使用。
過去の使用車両 電車 415系 - 平日朝ラッシュ時の八代駅発光の森駅行きと光の森駅発熊本駅行きの1往復に使用された。高架化工事で鹿児島本線と豊肥本線の相互乗り入れが縮小したため、運用終了。 485系 - 一部電化前の特急「有明」に使用された。 783系 - 電化前・電化後の特急「有明」に使用された。 787系 - 電化後の特急「有明」に使用された。ただし豊肥本線内のホーム有効長が6両分しかない関係上、7両の「リレーつばめ」編成は充当されなかった。 気動車 キハ31形 キハ52形 キハ55系 キハ58系・キハ65形 - 急行「火の山」や普通列車で使用された。 客車 50系 スハフ12形 - 485系・783系「有明」の控車兼電源車として使用。 貨車 ヨ8000形貨車 - 485系・783系「有明」の控車兼電源車として使用。 機関車 9600形蒸気機関車 8620形蒸気機関車 C58形蒸気機関車 1973年（昭和48年）3月27日限りで蒸気機関車運転は終了した。 DE10形ディーゼル機関車 - 485系・783系「有明」や「ディーゼルあそBOY」の牽引、「SLあそBOY」の補機に使用。
利用状況 平均通過人員・旅客運輸収入 各年度の平均通過人員（人/日）および旅客運輸収入は以下のとおりである。
+年度平均通過人員（人/日）旅客運輸収入（百万円/年）出典全区間熊本 - 肥後大津肥後大津 - 宮地宮地 - 豊後竹田豊後竹田 - 三重町三重町 - 大分1987年度（昭和62年度）2,9634,9022,7111,0282,3844,203 2016年度（平成28年度）4,94710,655非開示1549544,0181,8372017年度（平成29年度）3,55010,957999473,9431,8692018年度（平成30年度）3,59111,2651019513,8771,9302019年度（令和元年度）3,58411,465969173,7711,9452020年度（令和2年度）2,8318,8051098533,0211,4162021年度（令和3年度）2,5389,9396441297862,9891,6692022年度（令和4年度）2,81411,1677681718063,1941,9142023年度（令和5年度）3,17212,8899351938633,3832,2412024年度（令和6年度）3,40713,7691,1312189043,5742,4022025年度（令和7年度）3,35113,5681,2302158473,4292,854
線区別収支 平均通過人員が2,000人/日未満の線区（肥後大津駅 - 宮地駅間、宮地駅 - 豊後竹田駅間、豊後竹田駅 - 三重町駅間）における各年度の収支（営業収益、営業費、営業損益）は以下のとおりである。▲はマイナスを意味する。
+肥後大津駅 - 宮地駅間年度収支（百万円）出典営業収益営業費営業損益2021年度（令和3年度）116334▲2182022年度（令和4年度）147427▲2802023年度（令和5年度）199416▲2172024年度（令和6年度）225498▲2742025年度（令和7年度）284495▲212 +宮地駅 - 豊後竹田駅間年度収支（百万円）出典営業収益営業費営業損益2018年度（平成30年度）44392▲3482019年度（令和元年度）44333▲2892020年度（令和2年度）38381▲3432021年度（令和3年度）58359▲3012022年度（令和4年度）73434▲3612023年度（令和5年度）89421▲3322024年度（令和6年度）90498▲4072025年度（令和7年度）99523▲424 +豊後竹田駅 - 三重町駅間年度収支（百万円）出典営業収益営業費営業損益2018年度（平成30年度）112318▲2062019年度（令和元年度）108282▲1742020年度（令和2年度）71268▲1962021年度（令和3年度）98239▲1412022年度（令和4年度）104274▲1702023年度（令和5年度）115265▲1502024年度（令和6年度）117309▲1922025年度（令和7年度）126343▲217
歴史
1892年（明治28年）、大分駅 - 犬飼駅の鉄道敷設を目的に南豊鉄道会社が設立されるも事業継続が困難となり、政府の手により事業が続行。大分駅 - 玉来駅間は国鉄の犬飼軽便線（いぬかいけいべんせん。後に犬飼線と改称）として開業した。一方、同年に熊本県側でも熊本駅 - 大津駅間の鉄道敷設を目的に東肥鉄道会社1912年（大正元年）設立の東肥鉄道（後の九州肥筑鉄道）とは別。が創設されたが、こちらも事業継続が困難となり、政府の手により工事が進められ、宮地駅 - 熊本駅間は宮地軽便線（みやじけいべんせん。後に宮地線と改称）として、両線とも1914年（大正3年）に開業した『歴史でめぐる鉄道全路線 国鉄・JR』通巻27号 豊肥本線／久大本線 14頁。なお現在、南阿蘇鉄道となっている立野駅 - 高森駅間も宮地線の支線として開業している大分・熊本両県を結ぶ豊肥線が開通『福岡日日新聞』昭和3年12月2日（『昭和ニュース事典第1巻 昭和元年-昭和3年』本編p25 昭和ニュース事典編纂委員会 毎日コミュニケーションズ刊 1994年）。
最後の区間である玉来駅 - 宮地駅間が開業して大分駅 - 熊本駅間が全通したのは1928年（昭和3年）で、宮地線・犬飼線を合わせて豊肥本線となった。その際、立野駅 - 高森駅間の宮地線の支線は高森線となった。
阿蘇・竹田などの多雨な山間部を通っているため、集中豪雨や土砂災害などに遭いやすく、その度に数か月から災害の規模によっては1年以上も不通となることもある。1990年7月2日の集中豪雨では緒方駅 - 宮地駅間が不通となり、復旧に1年3か月を要した『歴史でめぐる鉄道全路線 国鉄・JR』通巻27号 豊肥本線／久大本線 15頁。1993年9月2日の台風13号では三重町駅 - 豊後清川駅間が不通になり、全線復旧まで8か月を要した。2004年9月に三重町駅 - 豊後清川駅間の百枝トンネルが土砂崩壊により不通となり、12月の復旧までバスによる代行輸送を行った。2012年7月12日の九州北部豪雨では緒方駅 - 肥後大津駅間の各所で土砂流入、築堤崩壊、橋梁流出などの災害が発生した。緒方駅 - 豊後竹田駅間および宮地駅 - 肥後大津駅間は同年9月3日までに順次復旧し、被害の大きかった豊後竹田駅 - 宮地駅間は、同年8月20日より代行輸送（同日から9月2日まではジャンボタクシーによる代行輸送、9月3日より七城観光バス、大野竹田バス、亀の井バス（湯布院営業所）等によるバス代行輸送）を行っていたが、翌2013年8月4日に復旧して運転を再開した豊肥本線運転再開に伴う運転計画およびきっぷの発売について - JR九州お知らせ 2013年8月4日閲覧。復旧にあたって、被害を受けた区間では路盤やトンネルが強化や土石流対策が施され、九州北部豪雨と同程度の雨が降っても耐えられる物となった - JR九州公式サイト 2013年6月19日。
2016年4月には熊本地震が発生。赤水駅 - 立野駅間で大規模な土砂崩れが起きて並走する国道57号もろとも線路が流出し、赤水駅付近では列車が脱線するなどの被害が出た「国土地理院、豊肥線や阿蘇大橋をドローン空撮…土砂崩れで無残な姿に」レスポンス（2016年4月17日）。この影響で阿蘇駅 - 肥後大津駅間は長期間にわたり不通となっていたが、国土交通省と熊本県は2020年4月10日に、同区間を2020年8月に復旧させる見通しを示した。
2020年8月8日に全線の運転が再開され、立野駅では9時50分頃に熊本駅発別府駅行きの観光特急列車「あそぼーい!」を出迎え、地域住民が乗客をもてなした阿蘇と熊本市結ぶ大動脈「復活」 JR豊肥線が全線再開 熊本地震から4年ぶり『熊本日日新聞』2020年8月8日。
年表 犬飼線（大分 - 玉来） 1914年（大正3年）4月1日：犬飼軽便線として大分駅 - 中判田駅間を開業。下郡連絡所（豊州本線との分岐点に設置。豊州本線所属）、滝尾駅、中判田駅を新設。 1916年（大正5年）9月1日：中判田駅 - 竹中駅間を延伸開業。竹中駅を新設。 1917年（大正6年）7月20日：竹中駅 - 犬飼駅間を延伸開業。犬飼駅を新設。 1921年（大正10年）3月27日：犬飼駅 - 三重町駅間を延伸開業。菅尾駅、三重町駅を新設。 1922年（大正11年） 4月1日：下郡連絡所を下郡信号場に改称。