『名探偵コナン』（めいたんていコナン、）は、青山剛昌による日本の推理漫画、およびそれを原作とした一連のメディアミックス作品の総称。1994年刊行開始。
概要 黒ずくめの組織によって幼児化させられた高校生探偵・工藤新一が江戸川コナンと名乗り、組織の行方を追いながら数々の事件を解決していく推理漫画。『週刊少年サンデー』（以下、『サンデー』）にて1994年5号より連載が開始された。2017年37-38合併号で1,000話目を迎え、『サンデー』史上最長の連載期間となっている。2024年5号で連載30周年を迎えた。話数カウントは「FILE.」。掲載時にはエピソードごとの区切りとして、扉絵のページに「シリーズ第何話（解決編の場合は「シリーズ解決編」）」と表記されている。事件の傍らで登場人物たちの恋模様が描かれることも多く、作者は本作のジャンルを「殺人ラブコメ漫画」と定義している『サンデー』2004年50・51合併号とじこみ付録1ページ（SSC第49巻所収）より。。
1996年からテレビアニメ版が放送開始され、1997年から毎年4月に劇場版映画が公開されている。
2001年、第46回（平成12年度）小学館漫画賞少年部門受賞。2015年7月時点で単行本の国内累計発行部数は1億4900万部を、2023年2月時点で単行本の全世界累計発行部数は2億7000万部をそれぞれ突破している。なお、2018年6月の時点で漫画は25の国と地域で翻訳・販売され、アニメは40ヵ国で放送されている。
あらすじ
推理作家の父と元女優の母を持ち、シャーロック・ホームズを敬愛する高校生探偵工藤新一は、大人顔負けの推理力を発揮し、「日本警察の救世主」と評されるまでの活躍をみせていた。
ある日、新一は幼なじみの毛利蘭と遊園地に遊びに行くが、そこで謎の組織の取引現場を目撃する。取引の模様を見るのに夢中になっていた新一は、組織のもう1人の仲間によって背後から殴り倒され、口封じのために毒薬（APTX4869）を飲まされる。結果、組織も知らなかった薬の副作用によって神経組織を除いたすべての組織が幼児期の頃まで後退し、小学1年生の体となってしまう。
新一は自分が生きていることを組織に知られたら再び命を狙われ、周囲の人間にも危害が及んでしまうと隣人の阿笠博士から助言を受ける。そのため、正体を隠して江戸川コナンと名乗り、蘭の父・毛利小五郎が探偵であることから謎の組織の情報が得られると考え、蘭の家に居候する。以後、コナンは周囲で次々に起きる事件を解決しながら、元の身体を取り戻すために謎に包まれた黒ずくめの組織の陰謀を追っていく。
以下、本作の主軸となるコナンと黒ずくめの組織の対決について概説する。便宜上、ここでは各ストーリーの中心となる組織のメンバーを章タイトルとし、物語を区分して解説を行う。
ジン・ウォッカ編（1巻‐23巻） ある日、毛利探偵事務所に広田雅美という女が人探しの依頼を持ち込んだ。人探しは簡単に解決したが、発見された男が後日殺されてしまう。コナンは彼女が同時期に発生した10億円強奪事件の首謀者であると推理するが、事件の黒幕が組織であること、広田の正体は組織の一員・宮野明美であることが明かされる。明美は、10億円強奪の成功と、妹とともに組織を脱退することを交換条件として組織から差し出されていたが、最初から約束を守るつもりがなかった組織は明美を銃撃。コナンが駆けつけると、明美は10億円の隠し場所と自らの正体を明かして死亡した。
その後コナンは、遊園地で出会った2人組と新幹線で再会する。盗聴器を仕掛けた結果、2人のコードネームはジンとウォッカであることが判明した。
新一を訪ねるため、大阪から西の高校生探偵・服部平次が小五郎の探偵事務所を訪れる。平次は風邪を引いていたコナンに中国の酒「白乾児」を飲ませる。その後、小五郎の依頼先で殺人事件に遭遇したコナンは、「白乾児」の影響で元の新一の体へ戻る。新一は事件を解決するが、すぐにコナンの姿へと戻ってしまう。コナンはその場を凌いだものの、平次との再会時には正体を見破られてしまい、真相を明かして平次と協力関係となる。
ある日、コナンは博物館に所蔵されている黒真珠を盗むという予告状が来たことを知る。コナンは予告状の暗号を解き明かし、予告状の主である怪盗1412号、通称怪盗キッドと対面。以後2人は好敵手同士となる。
コナンが小学校に馴染んだ頃、コナンのクラスに灰原哀が転入してくる。帰り道、灰原がコナンにある事実を打ち明ける。それは、自分の正体は新一を幼児化させた薬・APTX4869を開発した組織の科学者・シェリー（本名：宮野志保）で、自身もそれを服用して組織から脱走した、という衝撃的なものだった。APTX4869の解毒薬を作るには薬のデータが入ったフロッピーディスクが必要だと考えた一行は、ディスクを持つ大学教授を訪ねるが、彼は何者かに殺害されていた。事件を解決したコナン達はフロッピーを入手したものの、組織が仕掛けていたコンピュータウイルスによりデータが消失してしまう。
ベルモット編（24巻‐48巻） ある冬の日、コナンと風邪気味の灰原は、ジンの愛車である黒いポルシェ356Aを偶然見つける。盗聴器と発信機を仕掛け、組織のメンバー・ピスコによる暗殺計画を知った2人は、それを阻止するために暗殺が行われる杯戸シティホテルへ向かう。しかし、正体不明のピスコは暗殺を遂行した上、灰原の正体を見破り彼女を拉致してしまう。酒蔵に監禁された灰原はコナンの指示で白乾児を飲んで元の体へ戻り、煙突から脱出したが、外にはジンとウォッカが待ち受けていた。灰原は間一髪で煙突の中へ逃げ込むが、元の幼児化した姿へ戻ってしまう。そこへピスコが現れ、灰原を殺害しようとするが、コナンが駆けつけ脱出に成功。その直後ピスコの前にジンが現れ、組織のボスである「あの方」に見限られたピスコを射殺する。その後、事件現場にいた外国人女優のクリス・ヴィンヤードが組織の幹部・ベルモットであることが判明する。
帝丹高校の学園祭が近付くにつれ、コナンは蘭に正体を見抜かれているのではないかと疑い始めていた。そんな中、コナンは鍾乳洞の中で強盗団と遭遇し、重症を負う。蘭の輸血でコナンは一命を取り留めるが、それがコナン=新一であることに気付いた上での行動であることは明白だった。灰原の助言を受けたコナンは、学園祭当日、新一の姿に戻って蘭達の前に現れ、同時に灰原をコナンに変装させることで、蘭の疑いを晴らすことに成功する。その後、新一は蘭をレストランに誘い告白しようとするが、殺人事件が発生してしまう。事件を解決した新一だったが、蘭に思いを伝える前にコナンの姿に戻ってしまった。
子供としての日常に戻ったコナンは、帝丹高校新人英語教師のジョディ・サンテミリオンと親しくなり、事件の場では赤井秀一、ジェイムズ・ブラックといった怪しげな者達と遭遇する。3人はそれぞれ不審な言動を見せており、中でも赤井とジェイムズは直接合流して何かを話していた。
ある日、事件の調書が全て警視庁から盗まれるも、その後警視庁に送り返されるという事件が発生する。また、コナンは杯戸シティホテルでの一件の際、ピスコの他に仲間がいたと推測し、その正体は休業しているクリスではないかと睨む。
システムエンジニアの板倉卓殺人事件に巻き込まれたコナンは、板倉が組織と関わっていることを知り、組織の手がかりが隠されている板倉の日記が入ったフロッピーを入手する。日記の内容から板倉はあるソフトを開発するよう組織から強要されていたことを知ったコナンは、電話の通話口で板倉になりすまし、板倉の死亡をまだ知らないウォッカと嘘の取引の約束を取り付ける。しかし取引現場にはウォッカに加えてジンが現れ、コナンは取引が罠であることを悟る。コインロッカーの中に追い詰められたコナンだったが、間一髪のところでジンとウォッカは撤退し、九死に一生を得た。
新一と小五郎の元に、船上で行われる「季節外れのハロウィンパーティー」の招待状が届く。新一宛に送られてきた招待状の中身はコナン宛となっていた。差出人の「Vermouth」が「ベルモット」のことであると気付いたコナンは、彼女に正体を知られていると判断する。パーティーの当日、阿笠邸で寝込んでいた灰原の元にジョディが現れ、灰原を車に乗せて連れ出す。車を停めたジョディは、自分達を追跡していた帝丹高校校医・新出智明と対峙する。新出の正体は、シェリーの捜索および抹殺のために潜入していたベルモットだったのだ。一方のジョディの正体はFBI捜査官ジョディ・スターリングであり、ベルモットに父親を殺害された過去を持つ女だった。ベルモットはジョディを追い込むも、灰原がピンチを救い、灰原はマスクを剥がしてコナンとしての正体を露にする。さらに本物の灰原、蘭、FBI捜査官であった赤井が乱入し、二転三転する戦局の果てに、コナンはベルモットに連れ去られてしまう。車内でベルモットを追い詰めるコナンだが、ベルモットは催眠ガスを放ち逃亡する。ジンに連絡を取ったベルモットは、新一について聞かれると知らないと偽った。ベルモットには、1年前のニューヨークで新一と蘭に命を救われた過去があった。
コナンは、ベルモットの車内で聞いた組織のメールアドレスのプッシュ音が気になっていた。小五郎の依頼先で絶対音感を持つ人物と出会ったコナンは、例のプッシュ音が「七つの子」を奏でていることを知り、「＃969＃6261」が「あの方」のメールアドレスであることを突き止める。
キール編（48巻 - 60巻） 小五郎は、アナウンサーの水無怜奈からピンポンダッシュの犯人を捕まえてくれとの依頼を受ける。コナンは事件調査のため、水無のアパートに盗聴器と発信器を仕掛けるが、事件解決後、回収し忘れた盗聴器から水無が組織の一員・キールであることを聞き知ってしまう。さらに組織は何者かの暗殺を企てており、ジン・ウォッカ・ベルモット・キールに加え、組織のスナイパーであるキャンティとコルンが集結したことも判明。コナン達は暗殺を食い止めることに成功するが、キールはバイク事故に遭い昏睡状態に陥る。
入院中の水無を監視していたFBIは、院内に組織が潜入していることを察知する。結果、キールを奪還するために組織が動き出し、水無は組織に連れ去られてしまう。しかしこれは、CIAエージェントである水無を再びスパイとして組織に送り込む、という赤井とコナンの策略であった。万事が上手く運んだと思われた矢先、「あの方」からの命令を受けたキールによって、来葉峠で赤井が殺害されてしまう。
バーボン編（60巻‐85巻） コナンは水無からの報告を受けたジョディからの連絡で、シェリーを狙う組織の幹部・バーボンが動き出したことを知る。そんな中、コナンの前に、沖矢昴、世良真純、安室透という3人の不審な人物が立て続けに現れる。
ある日、蘭と小五郎とコナンはとある富豪によりイギリスに招待される。だが、江戸川コナンなる人物は実在せず、パスポートも作れないため、一時的に新一に戻り渡英する。その後、事件に巻き込まれる中で新一がイギリスに居ることが蘭に知られてしまい、蘭はコナンに迫っていくが、コナンは正体を隠し通すために、帰国用のAPTX4869解毒剤を使用。そして新一は蘭に思いを伝えるのだった。
ベルモットの報告でシェリーの生存を知った組織は、灰原が乗るベルツリー急行を襲撃。元の姿に戻った灰原はバーボンとしての正体を表した安室に追い詰められるが、彼女は怪盗キッドの変装であり、灰原は組織に死亡を誤認させた上で無事に生還することができた。
以降も安室との交流が続く中、コナンは彼の真の正体に勘付く。一方、安室は些細なきっかけから赤井の生存を確信し、工藤邸に住む沖矢の元を尋ね、彼の正体が赤井秀一であると指摘する。しかしその時、来葉峠に赤井が現れたと報告され、安室は動揺。赤井の死は、コナンが計画した偽装工作に過ぎなかった。「沖矢の正体は赤井である」という安室の推理は正しかったものの、この時の沖矢は新一の父である工藤優作が扮していたものであり、安室は赤井に出し抜かれた上に、逆に自分の真の正体を赤井に知られてしまうこととなった。
平穏な日常が戻った頃、組織に潜入中の水無から赤井にメールが届く。その内容は、「あの方」の側近であるラムが動き出したという不吉な知らせだった。
ラム編（85巻‐） ラムの正体を突き止めようとするコナンは、灰原から「ラムは片目が義眼である」という情報を得る。それを機にコナンの周囲には、黒田兵衛、若狭留美、脇田兼則という、片目に異常を持つ者達が次々に出現。さらに世良と暮らす謎の少女・領域外の妹も、さらなる暗躍を見せ始める。
コナンと赤井は、APTX4869の名簿に記されていた羽田浩司という男の死の真相を追い始め、羽田が死亡した17年前の事件のもう一人の被害者であるアマンダ・ヒューズが遺したダイイング・メッセージから、事件にラムが関わっていたことを知る。同時に赤井は、自らがその死を見届けた組織の一員・スコッチのことを思い返していた。
一方のコナンは、10年前に赤井一家と出会っていたことをようやく思い出す。そんな中、帝丹高校の修学旅行が迫っていることを知ったコナンは、解毒剤で新一の姿に戻り、修学旅行に参加。旅行先で起きた事件を解決した上、蘭から告白の返事を聞くことができた新一だったが、新一が事件を解決したことをSNS上で拡散され、その生存が組織の耳にも入ってしまう。だが、この一件を収めるために新一の両親が帰国。さらに優作は、アマンダのダイイング・メッセージを解き明かし、組織のボスの正体が、死亡したとされる伝説の大富豪・烏丸蓮耶であることを突き止める。
それからしばらく経った頃、黒ずくめの組織によるFBI連続殺人事件が発生。事件の陰ではラムも動き出し、黒の組織対FBI・工藤一家の直接対決に発展する。事態が収束した後、ラムは変装を施し、寿司職人・脇田兼則として米花いろは寿司に入っていった。
ある事件でコナンとの共同捜査を行った黒田は、自らが公安警察として関わった17年前の事件の真相をコナンに話す。その中で、羽田とアマンダを殺害したのがラムである事、事件以来姿を消しているアマンダのボディガード・レイチェル・浅香が現在若狭留美として生きている事、そしてラムが特殊な眼の持ち主である事が判明する。同じ頃、若狭の正体を突き止めた黒ずくめの組織は彼女の暗殺を決行するが、若狭の反撃によって失敗した。
その後、ある事件の現場で、キャメル、脇田（ラム）、若狭（浅香）の3人が一堂に会する。キャメルと浅香は脇田の正体に気付くが、それを察知したラムは現場から逃亡し、姿をくらました。その夜、ラム達はFBIの4人をまとめて射殺しようとするが、何者かの妨害に遭い失敗する。狙撃を妨げたのは、脇田=ラムであることを突き止めたコナンだった。
登場人物
主要人物 江戸川 コナン（えどがわ コナン）／工藤 新一（くどう しんいち） 本作の主人公。見た目は小学生だが、その正体は高校生探偵の工藤新一。自分の体をAPTX4869で幼児化させた「黒ずくめの組織」を追う。
毛利 蘭（もうり らん） 本作のヒロイン。新一の幼馴染で彼女。空手部所属で、関東大会優勝の腕前を持つ。
毛利 小五郎（もうり こごろう） 蘭の父親でコナンの保護者。「毛利探偵事務所」を営む探偵で、「眠りの小五郎」として知られるが、本人の推理力は低い。元警視庁捜査一課の刑事で、拳銃と柔道の腕に優れる。
灰原 哀（はいばら あい） 「黒ずくめの組織」の元研究員。本名は「宮野志保」。APTX4869の開発者で、自身もその薬を飲んで幼児化している。コナンの正体を知っている。
阿笠 博士（あがさ ひろし） 工藤家の隣人で発明家。数々の発明品をコナンや少年探偵団に提供している。コナンの正体を知っている。
少年探偵団
吉田 歩美（よしだ あゆみ） コナンを少年探偵団に誘った張本人であり、灰原が入団するまでは探偵団の紅一点であった。 円谷 光彦（つぶらや みつひこ） 両親が教師で、同級生に対しても常に敬語を使う。 小嶋 元太（こじま げんた） 探偵団の切り込み隊長的存在で団長を自称しているが、現在は実質的なリーダーはコナンに取って代わられている。うな重が大好物。
帝丹高校 鈴木 園子（すずき そのこ） 蘭や新一の幼馴染で同級生。鈴木財閥の令嬢。
世良 真純（せら ますみ） 蘭たちのクラスに転校してきた女子高生探偵。ジークンドーの使い手。母親のメアリーの体を元に戻す方法を探している。
大阪
服部 平次（はっとり へいじ） 大阪を中心に活躍する「西の高校生探偵」。コナンのライバルにして親友で、正体を知っている。剣道の達人。
遠山 和葉（とおやま かずは） 平次のガールフレンド（幼馴染）。合気道の腕に優れる。
警視庁 目暮 十三（めぐれ じゅうぞう） 刑事部捜査一課強行犯捜査三係の警部。小五郎の元上司。
高木 渉（たかぎ わたる） 刑事部捜査一課強行犯捜査三係の刑事で巡査部長。佐藤刑事と交際している。
佐藤 美和子（さとう みわこ） 刑事部捜査一課強行犯捜査三係の女性刑事で警部補。拳銃と柔道の腕に優れる。高木刑事と交際している。
白鳥 任三郎（しらとり にんざぶろう） 刑事部捜査一課強行犯捜査三係の警部。キャリア組。コナン達の担任の小林澄子と交際している。 黒田 兵衛（くろだ ひょうえ） 刑事部捜査一課の管理官で、目暮警部たちの上司。17年前は警察庁警備部警備企画課「ゼロ」に所属しており、降谷零とも面識がある。
準主要人物 工藤 優作（くどう ゆうさく） 新一の父親で、世界的に有名な推理小説家。「闇の男爵」シリーズが代表作。新一以上の推理力を持つ。 工藤 有希子（くどう ゆきこ） 新一の母親で、優作の妻。元女優で変装の達人。小五郎や英理とは帝丹高校時代の同級生。
妃 英理（きさき えり） / 毛利 英理（もうり えり） 蘭の母親で、小五郎の別居中の妻。「妃法律事務所」を営む敏腕弁護士で、「法曹界のクイーン」の異名を持つ。
京極 真（きょうごく まこと） 園子の彼氏。杯戸高校3年生で空手部主将。強者を求め、世界中を巡って武者修行中。
怪盗キッド（かいとうキッド） / 黒羽 快斗（くろば かいと） ビッグジュエルを専門に狙う神出鬼没の大怪盗で、コナンの宿敵。『まじっく快斗』の主人公でもある。コナンの正体を知っている。
黒ずくめの組織への潜入者・対抗者
赤井 秀一（あかい しゅういち） / ライ / 沖矢 昴（おきや すばる） FBIの捜査官。黒ずくめの組織に潜入捜査をしていた過去をもつ。 黒ずくめの組織のボスに「銀の弾丸」と恐れられる存在で、高い推理力を持つ。狙撃とジークンドーの達人でもある。 黒ずくめの組織に自身の死を偽装し、大学院生の「沖矢昴」に変装して身を隠している。 ジョディ・スターリング / ジョディ・サンテミリオン FBIの捜査官。20年前に母とFBI捜査官の父をベルモットに殺害され、父の意志を継いでFBIに入局。ベルモットを追って来日した。 アンドレ・キャメル FBIの捜査官。赤井が作戦のために呼び寄せた。卓越した運転技術を持つ。 ジェイムズ・ブラック FBIの捜査官で、赤井ら来日チームのボス。 水無 怜奈（みずなし れな） / キール / 本堂 瑛海（ほんどう ひでみ） CIAの諜報員。本名は「本堂瑛海」で、表の顔はアナウンサーの「水無怜奈」。黒ずくめの組織に潜入しており、時折赤井秀一らに組織の情報をリークする。
安室 透（あむろ とおる） / バーボン / 降谷 零（ふるや れい） 警察庁警備局警備企画課「ゼロ」に所属する公安警察官。本名は「降谷零」で、表の顔は私立探偵の「安室透」。黒ずくめの組織に潜入捜査している。ボクシングの腕に長ける。 メアリー・世良（メアリー・せら） MI6のエージェントで、赤井秀一・羽田秀吉・世良真純の母親。ベルモットにAPTX4869を飲まされて幼児化しており、体を元に戻して黒ずくめの組織に反撃しようとしている。 若狭 留美（わかさ るみ） / レイチェル・浅香（あさか） 17年前にアメリカの資産家アマンダ・ヒューズのボディガードをしていた女性。ラムによって雇い主のアマンダと自分を匿ってくれた羽田浩司を殺害されたため、その報復を目論んでいる。 コナン達のクラスの副担任として潜伏し、アマンダと羽田浩司の仇を探している。
黒ずくめの組織
ジン 組織の実行部隊のリーダーで、コナンにAPTX4869を飲ませ幼児化させた張本人。頭が切れて用心深く、銃火器の扱いに長けている。 ウォッカ ジンと行動を共にしている幹部構成員。
ベルモット / クリス・ヴィンヤード 組織の幹部。表の顔はアメリカの女優「クリス・ヴィンヤード」。「千の顔をもつ魔女」と称される変装の達人。 キャンティ、コルン 組織の腕利きのスナイパー。 ラム / 脇田 兼則（わきた かねのり） 組織のNo.2で、烏丸の側近。左目が義眼で、ジン以上に頭が切れる。板前の「脇田兼則」として、毛利探偵事務所の隣の「米花いろは寿司」に潜伏している。 烏丸 連耶（からすま れんや） 組織のボス。日本でもトップクラスの財力を持つ烏丸家の当主で、「烏丸グループ」の会長。表向きは半世紀前に99歳で死去している。性格はかなり用心深く慎重居士。
世界観
時間の経過 作者が『コナン』の時間経過について「『サザエさん』と同じ」と述べているように、作中の時間軸では年数が経過せず、学生キャラクターの学年が変化することもない。現実で発表から数年が経っているエピソードであっても、作中では「この前」や「数か月前」の事などとして扱われる単行本58巻File.2「赤井の過去」（アニメ497話「赤と黒のクラッシュ（覚醒）」）。劇場版第13作『漆黒の追跡者』。
原作の季節は『サンデー』掲載時のものに準じているが、テレビアニメ版では原作エピソードの季節が放送日に合わせて変更される場合もある。登場人物の日付の言及は初期から月日のみで、その時が何年であるかの発言は現在まで1度もされていない。なお、季節こそループはするものの、季節の行事を題材にしたエピソード（バレンタインデー単行本33巻File.3 - File.6「血の（ブラッディ）バレンタイン」（アニメ266話 - 268話「バレンタインの真実」）。 やホワイトデー単行本69巻File.7「ホワイトデーの殺人」 - File.9「ハッピー・ホワイトデー」（アニメ608話 - 609話「裏切りのホワイトデー」）。、学校における文化祭など）は基本的に1度しか使わないように構成されている。
原作では、第1話における作品内の新聞の年月が、『サンデー』掲載時に合わせて「平成6年1月」と示され、単行本第1巻にもそのまま表記されたが単行本1巻File.1「平成のホームズ」（アニメ1話「ジェットコースター殺人事件」）。、翌年の『サンデー』掲載分からその新聞の「平成6年」の部分は表記されなくなった。第1話のプロローグに位置づけられる第83巻収録の「水色の想い出」については、現在の時間軸の蘭が「あれからまだ1年も経っていない」と回想している単行本83巻File.10「水色の想い出」（アニメ772話「工藤新一水族館事件（前編）」）。。
テレビアニメでは、第400話「疑惑を持った蘭」で新一が失踪（幼児化）してから半年が経過したと語られている。2013年の12月には、蘭役の山崎和佳奈がインタビューで、「新一が幼児化してからまだ約半年ほどという意識を持って臨んでいる」と答えている。劇場版第10作『探偵たちの鎮魂歌』のパンフレットには、声優陣は第1話からまだ半年しか経っていないことを考えながらアフレコを行っていると記載されている。
2016年末に放送された原作者・青山剛昌の全面監修によるテレビスペシャル『名探偵コナン エピソード“ONE” 小さくなった名探偵』では、水族館事件から約2週間後に蘭が空手の都大会で優勝し、その同じ日に第1話冒頭で新一が解決した事件が起き、その2日後に新一と蘭がトロピカルランドに行き、新一がAPTX4869を飲まされ幼児化したと示された。また、ラストで組織在籍中のシェリーが、行方不明になった新一の消息を確認すべく組織の者たちを率いて工藤邸を捜索しているシーンが描かれ、これは既に原作とテレビアニメでも、灰原哀（宮野志保）が「二度の調査があってその間が一ヶ月」と証言していたが、本作では二度目の調査が新一の幼児化から「二ヶ月後」と明かされ、宮野志保が幼児化して灰原哀として登場した時点で、第1話から二ヶ月以上経過していたことも判明した。
作中に登場する道具類は現実の時代に合わせて変化する。新一としての連絡手段は、初期には公衆電話や阿笠が発明したイヤリング型携帯電話などを使用していたが、時代が進むにつれて小学生でも携帯電話を所持するようになったことで、携帯電話の使用がメインになった。連載当初は手帳型であった警察手帳も、現実世界で2002年10月1日から警察手帳が新しくなってバッジ型に変わったことに合わせ、バッジ型手帳に変更されている。法律・技術・世相なども発表時点での現実のものに準拠しており、第1話以前の時系列を描いたエピソードでもこれらが踏襲されている。
コラボレーション 作中には、青山剛昌の他作品のキャラクターが出演することがある。『まじっく快斗』の怪盗キッドはレギュラーといえる存在になっている。同作品からは中森銀三が準レギュラーとして、中森青子と白馬探と黒羽盗一はゲストキャラクターとしての登場経験があり、寺井黄之助は名前は出ないながらもカメオ出演しており、アニメ版ではそれに加え、小泉紅子・桃井恵子といった人物も登場している。
『YAIBA』に関してはYAIBA#名探偵コナンを参照。その他、『4番サード』のキャラクターが、「53,000分の1の悪魔」-「試合終了…!?」に登場した単行本43巻File.10「53,000分の1の悪魔」 - 44巻File.3「試合終了…!?」（アニメ383話「甲子園の奇跡！ 見えない悪魔に負けず嫌い」）。。作者の初期作品『プレイ イット アゲイン』、『夏のサンタクロース』は劇中劇として登場している単行本75巻File.3「小五郎さんはいい人」 - File.5「偽小五郎の名推理」（アニメ661話 - 662話「小五郎さんはいい人」）。。これ以外に『サンデー』や『コロコロコミック』の企画によるOVAでの共演もあるOVA『コナンVSキッドVSヤイバ 宝刀争奪大決戦!!』OVA『えくすかりばあの奇跡』。「紫紅の爪（パープル・ネイル）」では小五郎が同じ『サンデー』原作の『絶対可憐チルドレン』に登場する人物について言及している場面がある単行本61巻File.1「紫紅の爪（パープル・ネイル）」（アニメ515話「怪盗キッドの瞬間移動魔術」）。。
青山剛昌の作品以外でも、「新幹線大爆破事件」（アニメは第5話として1996年2月5日に放送事件ファイル「新幹線大爆破事件」 - 名探偵コナン（読売テレビ） ）では、新幹線の乗務員がドラえもん 単行本4巻File.5「グリーン車の四人」の名を挙げている（原作出版社が両作とも小学館）。ただし、アニメではアンパンマンに置き換えられている。そのほか、2002年7月1日放送の第284話「中華街雨のデジャビュ（前編）」事件ファイル「中華街雨のデジャビュ（前編）」 - 名探偵コナン（読売テレビ）のアニメオリジナルシーンには、同日22時放送開始のテレビドラマ『私立探偵濱マイク』の主人公・濱マイクが、同作主演の永瀬正敏の声で登場した永瀬正敏、「名探偵コナン」にゲスト出演！ - AnimeFan News。作品同士のコラボレーションの例としては、サンデー×マガジン創刊50周年企画の一環である『金田一少年の事件簿』との共同漫画誌とゲーム『名探偵コナン&金田一少年の事件簿 めぐりあう2人の名探偵』、東川篤哉の『謎解きはディナーのあとで』とのコラボレーション短編小説『探偵たちの饗宴』がある。