350px|right|thumb|1801年の政教協約（コンコルダ）の寓意画ピエール・ジョセフ・セレスタン・フランソワ画 ヨーロッパにおける政教分離の歴史（ヨーロッパにおけるせいきょうぶんりのれきし）では、ヨーロッパにおける政教分離原則の成立史、すなわちヨーロッパの諸国家・政治社会と宗教（キリスト教）との関係性の歴史について叙述する。
ヨーロッパにおいて、政教分離原則の成立は突発的な歴史事象としてあらわれたのではなく、長い歴史的過程のなかで徐々に進行した結果、成し遂げられたものである日比野（1988）pp.270-271。したがってここでは、その成立史を近代以前の政治社会にもさかのぼり、国制や宗教政策を軸として社会的背景や政治思想史・宗教思想史との関連も含めて記述し、ヨーロッパにおいて統治機構と宗教組織が分離していく過程として説明する。
概要
冒頭に述べたように、政教分離は突発性をもって説明しうる歴史事象ではなく、7世紀・8世紀、地中海を中心とした統一的な世界が消滅し、コンスタンティノープルを中心とする東方の正教世界から離れ、西ヨーロッパがローマを中心としたカトリック世界として成立して以来、長い歴史過程のなかで徐々に進行してきた歴史事象である。
国法学の日比野勤は、政教分離を「国家の非宗教性、宗教的中立性の要請、ないしその制度的現実化」と規定しており、その制度的現実化によって「宗教は公権力の彼岸に位置づけられ、『私事』として主観的内面性を保障される」としている。そして、そのうえで、
中世ヨーロッパにおける叙任権闘争 近世においては宗教改革に端を発して展開した宗教戦争 近代におけるフランス革命
の3つの事象を、政教分離を巨視的にみた際の重要な画期として指摘している。
国家の非宗教性（脱宗教性）については、しばしば「ライシテ」（）の語も用いられる。ライシテは一般に、国家が国教を立てたり特定の宗教を保護したりせず、複数の宗教が国家ないし政治から自立しながら相互に平等な地位を保障されるほか、そこにおける個人や集団も宗教の選択や信教の自由が保障される原理、またはその制度という理解が一般的であるボベロ（2009）pp.7-8 訳注(1) および ボベロ（2014）pp.9-13「キーワードの訳語と解説」。換言すれば、ライシテとは公的領域を脱宗教化することで私的領域における宗教の自由を保障しようとする公私二元論であり、これは宗教的ないし民族的な出自を問わない普遍的市民権の土台をなすものである一方、決して個人の社会的・文化的生活における宗教の役割が小さくなったり後退したりするという意味（それをしばしば「世俗化」という）ではない。このような原理や制度は、もとより一朝一夕で生まれたものではなく、何世紀にもおよぶゆっくりした歩みの結果、徐々に形成されてきたものであるボベロ（2009）pp.15-17。
250px|right|thumb|スペイン異端審問の様子（1495年頃）
中世ヨーロッパにおいては、国家と教会、国権と教権とが分かちがたく結びついてそれが一体となっていたため、信教の自由は認められず、国教ないし公認の宗教・宗派以外は「異端」として刑罰を受け、迫害されてきた（詳細は、「異端審問」を参照山野（1987）p.293）。16世紀・17世紀の宗教戦争以降、ヨーロッパでは宗教的寛容と国家の宗教的中立の制度がしだいに広まり、現代においては世俗的な立憲国家の憲法原則として広く採用されるところとなっている。
「信教の自由」との関連では、日本国憲法を含む多くの近代憲法で、その権利の保障を確実にする手立てとして政教分離原則が採用されている飯坂良明（1973）pp.260-263。他方、政教分離が信教の自由を維持するために必ずしも不可欠の必要条件というわけではない。イギリスなど国教制を採用する国もあれば、スペインなど特定宗教に優越的な地位を認めたりする国もあり、そうした国家でも現代では信教の自由を保障する規定を設けている場合が多い。とはいえ、信教の自由を徹底させようとするならば政教分離の裏づけを与えることは望ましく、政教分離のないところでは相対的に信教の自由が侵害されやすい傾向にある。政教分離は、信教の自由を保障する手段としてヨーロッパにおける国家と宗教の錯綜した関係性のなかで徐々に確立してきたものであり、国家と宗教とがそれぞれ自らに固有の職務と領域に専心することで宗教が国家から不当な干渉や圧力から守られると同時に、国家もまた宗教の側からの不当な影響からまぬがれることをめざすものである。
本項では、ルネサンス・宗教改革および宗教戦争の時期から、絶対王政やフランス革命を経て国民国家が成立するまでの、16世紀初頭から19世紀前葉にかけてのヨーロッパにおける政教分離の歴史について説明する。
なお、叙任権闘争をはじめとする中世の政教関係史の詳細については「中世ヨーロッパにおける教会と国家」および「叙任権闘争」を参照。
ルネサンス
14世紀、イタリア半島では、船体の改良、新型帆船の登場、羅針盤の使用、海図の制作などが進み、地中海から大西洋沿岸を経て北方に連なる航路が開かれ、さらに15世紀末にはイベリア半島から新大陸へ向かう航路が開かれ、各地を結ぶ交易が活発化して商工業がめざましく発展し、その富をもととする都市文化が発展した樺山（1996）pp.76-94, pp.322-324。特に、北部・中部のイタリア都市において市民によって発展させられた学問や芸術は、15世紀にはフィレンツェの町を主な舞台として、その内容や様式をめざましく革新した齊藤寛海（2008）pp.255-259。この革新は、キリスト教成立以前の古典古代文明を意識的に規範としているゆえ、この文化ないし文化運動を「ルネサンス」（「再生」）と呼んでいる。
フィレンツェ生まれの詩人ダンテ・アリギエーリは、13世紀末葉から14世紀初頭にかけて都市国家相互および国家内部の峻烈な抗争を体験したところから、その激しい対立を調停するものとしての皇帝や、平和を実現する基盤としての普遍的帝国を熱望した。ダンテはフィレンツェ市執政官となりながらも亡命を余儀なくされ、その旅中に名作『神曲』を著したが、これは当時の教会用語であったラテン語に対し、感情を直接に表現するものとして「俗語」、すなわち彼らの日常語であるトスカーナ語を用いた点も、大きな特徴であった樺山（1996）pp.38-40。ラテン語を必要とする職業の人々、とりわけ都市国家の書記として外交文書などを作成する公証人は、修辞や語法を学ぶために古典作品を研究し、そのなかで聖職者が説くような人間の悲惨さや罪深さ、あるいは人生のむなしさばかりではなく、市民として現世を生き、高貴さをも有する現実の人間そのものを肯定する古代の思想に共鳴するようになっていった齊藤寛海（2008）pp.259-264。かくして、亡命フィレンツェ人公証人を父にもつペトラルカのように、市民のなかから古典の修辞のみならず思想をも研究する「人文主義者」と呼ばれる一群の人々が出現した。ペトラルカも俗語で著作し、こうしてトスカーナ語は洗練され、やがてイタリア各地でラテン語に代わる標準的な文語の地位を獲得していった。ペトラルカの若き友人ジョヴァンニ・ボッカッチョはその俗語作品『デカメロン（10日物語）』において、キリスト教の僧侶の実態を暴露しつつ彼らを揶揄している。全部で100話ある『デカメロン』収載の「3つの指輪」では、キリスト教、ユダヤ教、イスラームの優劣を語ることは無意味であるとしており、そこには他宗教に対する寛容の精神がみてとれる。
フィレンツェでは、1400年前後の国家存亡の危機を契機に、人文主義者レオナルド・ブルーニが、君主政治に対する共和政治の優越という政治宣伝をおこない、市民の政治への積極的な参加を促した。この危機を脱出したのち、フィレンツェでは古代文化への嗜好が急速に普及し、美術においても古代ローマの様式や題材、すなわち非キリスト教的な題材を取り入れた作品が数多く制作されるようになった。芸術家たちは個人の表情や性格、風景を正確に描くために人体や自然を細かく観察し、幾何学的遠近法や比例原理（黄金分割比）などを盛んに研究したが、ここでも古代ギリシア・古代ローマの建築や彫刻が参考にされた。1439年にはコンスタンティノープルの東方教会とローマの西方教会の合同公会議がフィレンツェで開催され、東方教会の一行には多数のギリシア人古典学者が含まれていたが、彼らの滞在を契機としてギリシア語による古典研究が盛んとなった。フィレンツェのコジモ・デ・メディチはマルシリオ・フィチーノにプラトンをはじめギリシア語文献の翻訳を命じ、その周囲に集まったプラトン・アカデミーのなかにはピーコ・デラ・ミランドラの姿もあった。ピーコによれば、神が創造した宇宙は人間の知性では理解しがたいもので満ちており、人間は信仰と知性に分裂して不安の只中にあるものの、その一方を選択する意志のなかにこそ人間の自由が存在し、この自由によって人間は宇宙の中心に置かれていると説き、フィチーノの人間中心主義を自由意思の哲学に発展させた樺山（1996）pp.148-149。プラトン哲学の神髄にふれて「人間の尊厳」というアイディアを引き出したピーコは、900におよぶ教説集を準備したが、そのなかにはキリスト教教義と正反対のものが13もあるといわれている。 左|サムネイル|248x248ピクセル|ニッコロ・マキャヴェッリ（1469-1527） 1513年、前年までフィレンツェ政府書記官であったニッコロ・マキャヴェッリは『君主論』の執筆に取りかかった樺山（1996）pp.257-263。マキャヴェッリは、イタリアの政治的安定を至上命題に掲げたうえで、理想的な君主とは「獅子」のごとき有無を言わせぬ実力と「狐」のごとき狡知を兼ね備えた人物であると説く。そこでは、キリスト教的道徳から独立した現実主義的な政治論が語られている。一方、マキャヴェッリは古代の道徳とローマの宗教を復権させているボベロ（2014）pp.19-22。マキャヴェッリによれば、市民宗教のおかげで古代ローマの人びとは法に従う習慣を身につけたのであり、そこで肯定される宗教とは、のちにジャン＝ジャック・ルソーが「市民の宗教」と呼称したものに内容として近いものであった。これに対し、ネーデルラントのロッテルダム出身の人文主義者デジデリウス・エラスムスは寛容を称賛している。エラスムスの代表作『痴愚神礼讃』は、彼の名とその才智を全ヨーロッパに知らしめた樺山（1996）pp.297-298。そこでは、人々の無知をよいことに偽善を働く聖職者の腐敗ぶりが徹底的に扱き下ろされている。
自然科学の領域でも教会の権威をゆるがす学説が登場した。ポーランド出身の司祭ニコラウス・コペルニクス（ミコワイ・コペルニク）は世界で初めて地動説を唱え、その著作『天球の回転について』が刊行されたのは1543年のことであった小山哲（1998）pp.131-134。
right|180px|thumb|グーテンベルク印刷の『新約聖書』（1455年頃） 15世紀なかば、ドイツのマインツで、ひとりの職人が金属活字を開発し、ブドウ圧搾機を転用して活版印刷の実用化に成功したといわれている樺山（1996）pp.159-160。これが、「ルネサンスの三大発明」のひとつとされる、世にいう「グーテンベルクの活版印刷」である。活版印刷術はイタリアやフランスへ波及し、各地にいくつかの印刷センターが生まれたが、そのなかでヴェネツィアとリヨンは重要な拠点であった。印刷本は当初はキリスト教関係の書籍が大多数を占めているが、人文主義者による古典のテキストも少なくなかった。いずれにしても、活版印刷の発明は、文献そのものがそれまでの狭いサークルや特権的なギルドのなかで専有されるのではなく、いわば「解釈の市場」が開発されるという意味できわめて大きな影響力をもつ革命的な出来事であり、それは宗教改革・宗教戦争あるいは啓蒙主義・市民革命など、時代が進むにつれてさらに重大な社会的影響をヨーロッパ社会におよぼしていくこととなった。
宗教改革と宗教戦争
西ヨーロッパにおけるキリスト教は、教会の明確な多元性を創出したプロテスタント（「抗議する者」）の宗教改革とともに分解し、政治と宗教の関係はそこから大きく変化していった。
宗教改革は純粋に宗教内部の問題から出発したにもかかわらず、すぐに世俗的問題と結びついてヨーロッパ近代思想の成立にも影響をおよぼした。宗教改革が主権国家を単位として宗教生活を規定する方向に進んだことは、普遍的なキリスト教世界に立脚していた一つの教会という理念を崩壊させ、教権の基盤を脅かした。近代に入ると、すでに教権は各主権国家に対して優位性を主張することができなくなり、今日まで続く国民を単位とした政治社会が形成される端緒となった。一方、思想面においては内面の自由、良心の自由が以後、大いに問題とされることになる。
ドイツの宗教改革 180px|right|thumb|マルティン・ルター（1483年-1546年）
「95か条の論題」を発表し従来説のようにヴィッテンベルク城の聖堂の扉に掲載されたという説は現在疑問視されている。、がもたらす宗教的危機を指摘した。これは当初の予想を超えて教義論争に発展した。
1517年アウグスティノ修道会士であったマルティン・ルターが当時、サン・ピエトロ大聖堂改修資金として販売されていた贖宥状を批判した「95か条の論題」を提示したうえ、行為義認でなく信仰によってのみ義とされると唱える信仰義認や万人祭司を主張してカトリックの教階制（聖職位階制）を否定し、教会は全信徒によって構成されるものとする宗教改革が始まった尾崎秀夫「教会」歴史学事典,弘文堂山内（2001）pp.92-104長谷川（1997）pp.27-36。
「95か条の論題」は活字印刷されて反響を呼び、1518年8月にルターは2か月以内にローマに出頭せよという命令を受けるも拒否し、同年10月の教皇使節カエタヌス枢機卿の審問では自説の撤回を頑強に拒んだうえ、翌年のライプツィヒ討論ではさらに公会議の無謬性を否定し、ローマ教会との断絶を宣告するに至った。1521年、教皇にルターは破門され、彼とその支持者たち（ルター派）はカトリックから分離したが、ザクセン選帝侯のフリードリヒ3世（賢公）はルターを保護した。発表当初は贖宥状をめぐる僧職同士の内輪もめと世間に受け取られていたが、やがて教皇首位権が主要な争点になると、人文主義者も続々とこの論争に関与するようになった森田（2009）pp.234-237。
ルターの思想
ルターの思想は古代（初期キリスト教）のアウグスティヌスの思想から決定的な影響を受けている。その要点を示すと、信仰における個人主義と内面の尊重、自由意志の否定、「」である出村（2001）pp.59-68。
ルターはアウグスティヌスに従って人間の原罪を重視し、人間は本質的に罪人であるうえに神の絶対的支配の下にあるのだから、神の意志を超えた人間の意志による善行があるとすれば、それによって救われるのではないとして自由意志を否定し、ただ神の恩寵（恵み）によってのみ救われることが可能であるとした久米（1993）pp.203-210。これは善行を積むことによって救われると説く当時のカトリック教会に異を唱えるものであり、この神の恩寵に与るためにはひたすら神を信頼して信仰を寄せることにより、救いに至ることができるとした。すなわち、これが上述した「信仰義認」であり、ルターは「塔の体験」を通じて神の義とは神が罪人を罰する「能動的な義」ではなく、罪人が罪あるままで神から無償の賜物として与えられる義、すなわち「受動的な義」であることに目覚めたのである信仰義認説そのものは、決して反カトリック的というわけではなかった。1511年に枢機卿コンタリーニがルターとは無関係にこの結論に達しており、同時代ではイングランドのメアリー女王のもとでカンタベリー大司教であった枢機卿ポール、人文主義者でケルン司教区の改革に従事していたグロッパーなどが個別に信仰義認説に到達している。コンタリーニやグロッパーなどカトリック穏健派は、論争に際してはルターとの和解を模索している。。そして、この神と個人との間に介在するものはなく、ここから万人司祭主義、神の前での信仰における人間の平等、聖職者の特権の否定が説かれる。従来、教義を含めた信仰の根拠は教会に求められていたのに対し、それを聖書にあるとしたルターは、教会の教えであっても聖書に記載のないものは神の言葉ではないと主張する。「聖書のみ」の考え方がそれで、聖書に根拠のないマリア崇拝や煉獄、秘蹟を排除する一方、聖書をドイツ語に訳して一般信徒も読めるようにし、教会が独占していた聖書の解釈も万人が自由におこなってよいと述べた。以上のように、ルターは聖書解釈や信仰における教権の優位性を否定したが、彼は神の言葉への奉仕者としての牧師（教師）職は必要とも考えた。
256x256px|left|thumb|ルター像
ヴォルムスの中央のひときわ高い位置に立つのが、ルター像である。チューリヒのツヴィングリ像が剣を手に武装していたのに対し、この像ではルター自身は剣を持たず、側に控えるフリードリヒ賢公が武装している。 政治社会との関係でいえば、「二王国論」が重要である。ルターは神がこの世界に二種の支配（2つの王国）を作り出したといい、1つは霊的な教会で目に見えないものにしてキリスト教徒のみに許されているという。もう1つは世俗的な剣の支配で、これはキリスト教徒に限られず世界のあらゆる民族を包含している。ルターはキリスト教に反しない限り世俗支配は積極的に受け入れるべきであると説くが、教皇もしくは皇帝が違反した場合にはこれに抵抗できるとしている。すなわち、ルターはキリスト教世界の問題としてこれを考えていたにもかかわらず、宗教権力の優越という考え方には異議を唱え、結果的に政治的なものを利することになったのであり、ある意味では政教分離の強力な推進者となった。とはいえ、ルターはあらゆるキリスト教徒が抵抗の主体となることを認めているわけではなかった。抵抗の主体となりえるのは、自らの領民をキリスト教のもとに保護する責務がある諸侯のみである。しかも、世俗法において皇帝と諸侯は契約によって関係を結んでいるから、同等であるとする。農民などの民衆は皇帝と対等ではないので、抵抗すれば反乱となる。これは結果として信仰における諸侯の絶対的権限および領邦教会制度（後述）を理論的に認めるものであり、ルターの社会的・政治的見解はきわめて保守的なものであった。
福音主義運動としての宗教改革
ルターの宗教改革は福音主義運動という性格を濃厚に有しており、その教義は彼個人の思想を超えてはるかに複雑な様相を呈したスクリブナー&ディクソン（2009）pp.21-31。このことは、一つには聖職者に対する失望と幻滅の長い歴史の産物でもある、一般信徒における根深い反聖職者主義が援用されたことにも由来している。聖職者たちは偽善、暴君的行為、詐欺を働き、あるいは一般信徒の宗教心を食いものにし、不当な報酬請求や不必要な取り立てで人々を困窮させているという理由から攻撃の対象となったうえ、「福音の敵」すなわち悪魔の同盟者として描かれ、その最たるものがローマ教皇とされた。教皇は悪魔の目的のためにドイツの人々を搾取し、地理的にも形而上学的にも「外部の人」とされた長谷川（1997）pp.17-27。逆にいえば、俗人は救いのためにもはや聖職者を必要とせず、キリスト教徒は個人において聖書を通じて神と直接出会い、救いを自由に得られることでもあった。
1520年、ルターは宗教改革の三大文書、『教会のバビロン捕囚』『キリスト者の自由』『ドイツ国民のキリスト教貴族に与える書』によって改革の理論と実践を固めた。とくに『ドイツ国民のキリスト教貴族に与える書』では、ドイツの諸侯に対し、その職務に基づいて改革運動に加わるよう呼びかけたため、結果的に政治への関与を促した。ローマ教皇レオ10世は1520年6月、ルターの教説を批判する勅書を発布したが、ルターはこれを公然と火中に投じ、1521年1月には上述したようにレオ10世から破門された。ルターをかくまったフリードリヒ賢公は神聖ローマ皇帝カール5世（スペイン王としてはカルロス1世）と交渉し、皇帝の保障する安全通交証のもとにヴォルムス帝国議会でルターを査問させることとした。
1521年4月17日、ヴォルムス帝国議会で査問を受けたルターが主張の撤回を拒否して「私はここに立つ」とその決意を述べたことは、よく知られている。皇帝カール5世は1521年5月26日、ヴォルムス勅令を発し、ルターとその教説に従うこと、その著作を印刷または頒布することを禁じ、ルターを異端者として処罰すること、彼の逮捕に協力した者に報酬を与えることなどを伝えた。
thumb|257x257px|right|ドイツ農民戦争を指揮したトマス・ミュンツァー（1489年-1525年） しかし、宗教改革は決してルター個人によって担われたわけではなかったスクリブナー&ディクソン（2009）pp.1-7。上述したエラスムスやジャック・ルフェーヴル・デタープルといった人文主義者は活発に聖書の翻訳や解釈に勤しみ、宗教改革の温床となった。宗教改革が「エラスムスが卵を産み、ルターがそれを孵化した」といわれる所以である。すでに宗教改革を予告するような思想を表明していたエラスムスはローマ教会の外形的な儀式などはどうでもよいものとして退け、当初はルターに対しても好意を示していたが、「自由意思」の問題をめぐって鋭く対立した彼からの反論もあり、1524年には決別した。後述するフルドリッヒ・ツヴィングリ、一時期ルターを支持するがのちにツヴィングリのもとに逃れるウルリヒ・フォン・フッテン、ルターの思想の体系化に尽力したフィリップ・メランヒトンのほか、なども大きな役割を果たした。ルターのもとに集まった人々のもと、メランヒトンはルターとほぼ同じ路線で改革を進めたが、聖職者の独身制を廃止し、より簡素なミサを始めたヴィッテンベルクの教授はルターと対立するまでとなり、さらに「すべての聖職者を殺せ」と主張するツヴィカウ急進派なども出てきた。「ツヴィカウの預言者」と呼ばれる一群のこうした過激な行動を、ルターは抑えようとしている。
1522年、ルター支持の困窮する騎士階級・貴族階級の人々がフッテンらによる指導のもとで蜂起し、ドイツの自由と真の信仰の実現を求めて各地で戦闘したが、1年後には鎮圧された。これが「騎士戦争」である。また、「ツヴィカウの預言者」のひとりであるトマス・ミュンツァーは、大胆な社会変革なしに宗教上の改革は実現不可能だとして立ち上がり、これに共鳴した貧農が大規模な農民一揆を起こし、ミュンツァーに指導されてドイツ農民戦争（1524年-1525年）に発展した。ここでは、農民たちによって牧師を自由に選択する権利、教会税の軽減、農奴制の廃止が要求事項として掲げられた。当初、ルターは農民に同情的だったが、現世の国のことは世俗権力に委ねるべきだとし、戦闘をやめない農民を「狂犬」と呼んでシュヴァーベン同盟軍による農民鎮圧に加勢した。ミュンツァーとルターの対立は決定的となり、ルターはミュンツァーを「アルシュテットの悪魔」と呼び、ミュンツァー側は諸侯に対して妥協的なルターを「うそつき博士」と罵倒した。
シュマルカルデン戦争
左|サムネイル|226x226px|神聖ローマ皇帝 カール5世（1500年-1558年）
父方はハプスブルク家、母方はスペイン王家の出身で、フランドルのヘント生まれ。スペイン王としてはカルロス1世、神聖ローマ皇帝としてはカール5世。ドイツにいることは少なく、ドイツ語を話せなかったといわれる。 1526年、ルターに対してそれまで敵対的であった皇帝カール5世は、スレイマン1世率いるオスマン帝国の脅威が迫るなか、諸侯の協力が不可欠とみてシュパイアー帝国議会（第一次）を開催し、ルター派諸侯の領内での宗教改革を許した。ザクセン選帝侯はルターに領内の教会の組織化を命じ、1528年にはザクセンの各教区を州知事が任命する牧師に任せ、教会巡察制度を設けた。他の改革派諸侯もこれに準じ、ルター派教会が各地に広がっていった。巡礼、贖宥状、聖人崇拝、聖遺物崇敬、兄弟会などの習俗は廃止されたが、実際に領邦教会制度が始動したのはこの当時であった。
1529年、カール5世は再度シュパイアー帝国議会（第二次）を開催したが、カトリック諸侯の巻き返しによって宗教改革の自由は取り消され、ヴォルムス勅令が復活した。この措置に対し、改革派の諸侯と帝国都市が抗議（プロテスト）した。これが、「プロテスタント」の名の起こりである。
1530年、カール5世はアウクスブルク（現：バイエルン州）に帝国議会を招集し、両派の歩み寄りの努力がされたが、結局は決裂した。さらに同議会ではルター派側から穏健ルター派メランヒトンの手になる「アウクスブルク信仰告白」が提出されたが、ツヴィングリやシュトラースブルク（ストラスブール）などの改革派4都市が独自の「信仰」を提出し、プロテスタント内部の宗派分裂も明らかとなった。議会ではカトリックが優勢を占め、最終的決定は翌年の議会に持ち越されたものの、カール5世は1521年のヴォルムス勅令を厳しく執行するよう命じた。
300px|right|thumb|アウクスブルク帝国議会（1530年）
この議会ではプロテスタントとカトリックの歩み寄りが期待されていたが、結局はカトリック側の主張がほぼ一方的に認められた形となった。 これに対し、アウクスブルク帝国議会の直後に（現：テューリンゲン州）に集まったプロテスタントの帝国諸侯・諸都市は皇帝とカトリック諸侯に対抗するための軍事同盟結成を協議し、翌1531年2月にはヘッセン方伯とザクセン選帝侯を盟主とするシュマルカルデン同盟が結成された。宗教戦争が一触即発に迫ったがカール5世は妥協し、1532年にニュルンベルクの宗教平和によって暫定的にプロテスタントの宗教的立場が保障された。この宗教平和を境に、プロテスタントは勢力を一気に拡大した。南ドイツのヴュルテンベルク公領では、プロテスタントであったために追放されていたヴュルテンベルク公ウルリヒが1534年に復位し、北ドイツでも同年ポメルン公、1539年にザクセン公とブランデンブルク選帝侯がプロテスタントに転じた。西南ドイツではルター派以外の改革派信仰が広がっていたが教義上の問題で妥協し、プロテスタントの政治勢力は統一性を持つようになった。カトリック諸侯の側もニュルンベルクで同盟を結成し、プロテスタントに対抗した。
カール5世は対外的な事情から情勢を静観していたが、フランスとの講和が成立すると一転し、ドイツ国内の問題に専心するようになった。1546年にはルターが死去し、ザクセン公が選帝侯の地位を条件に皇帝支持に転じた。それ以前にヘッセン方伯も重婚問題をカール5世につけこまれ、政治的に中立を守らざるをえなくなっていた。自身に有利な条件が整ったと感じたカール5世はシュマルカルデン戦争を起こしてシュマルカルデン同盟を壊滅させ、翌年のアウクスブルク帝国議会ではカトリックに有利な「仮信条協定」が帝国法として発布された。皇帝は西南ドイツの帝国都市のツンフトが宗教改革の温床であると考え、これを解散させるなどの強硬な政策を実施した。カール5世の強硬な政策をみて徐々にカトリック諸侯も反皇帝に転じ、息子フェリペ（のちのスペイン王フェリペ2世）にドイツ・スペインの領土と帝位を継承させようとすると、ますます反発を招いてカール5世は孤立した。
諸侯戦争とアウクスブルクの宗教和議
200px|right|thumb|アウクスブルク宗教平和令
1555年にマインツで印刷された版本の表紙 このような情勢のなか、ザクセン公が再び反皇帝・プロテスタントの側に転じ、1552年に起こった第二次辺境伯戦争ではカール5世の軍を破り、パッサウ条約を結んでアウクスブルク仮信条協定を破棄した。この敗北からカール5世は弟のフェルディナント（のちの神聖ローマ皇帝フェルディナント1世）に宗教問題の解決を任せ、1555年にアウクスブルク帝国議会を開催し、アウクスブルク宗教平和令を決議させた。