大分県の二級水系一覧では、大分県を流れる水系のうち、大分県が管理する二級水系を記述する。1995年4月30日現在、93水系、211河川ある。
リストの順序は、河口の位置を基準に、福岡県境から宮崎県境まで、北から南に向かって並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
水系名流路延長(km)流域面積(km2)本流のみの面積。河川数河口のある自治体備考 （山国川） 56.00 540.0 39 中津市一級水系 蛎瀬川 3.00 13.4 2 中津市 自見川 2.20 3.7 2 中津市 大江川 0.72 2.1 1 中津市 舞手川 4.35 10.3 1 中津市 天貝川 2.03 3.0 2 中津市あまがいがわ 犬丸川 23.81 27.8 13 中津市 伊呂波川 18.51 43.7 3 宇佐市 山城川 1.30 9.4 1 宇佐市 黒川 3.70 16.7 1 宇佐市 駅館川 14.10 15.0 23 宇佐市やっかんがわ 寄藻川 17.12 33.1 6 宇佐市、豊後高田市 桂川 29.46 63.6 10 豊後高田市 石部川 4.50 3.4 1 豊後高田市 広瀬川 4.80 6.9 2 豊後高田市 赤坂川 2.00 11.9 1 豊後高田市 真玉川 11.89 20.9 2 豊後高田市 臼野川 3.15 5.8 1 豊後高田市 北川 1.80 1.7 1 豊後高田市 堅来川 5.00 4.7 1 豊後高田市 羽根川 4.50 3.9 1 豊後高田市 竹田川 13.53 15.8 2 豊後高田市 見目川 5.00 4.9 1 豊後高田市 竹田津川 9.50 11.5 1 国東市 伊美川 13.64 22.3 1 国東市 櫛木川 3.50 5.5 2 国東市 岐部川 4.00 8.5 1 国東市 向田川 0.48 2.6 1 国東市 来浦川 9.06 14.5 1 国東市 深江川 2.60 2.7 1 国東市 堅来川 3.50 5.4 2 国東市 富来川 16.85 12.3 2 国東市 北江川 1.50 5.8 1 国東市 田深川 14.07 20.1 2 国東市 清流川 5.00 6.7 2 国東市 次郎丸川 4.70 3.9 1 国東市 重綱川 3.00 4.2 2 国東市 内田川 3.70 2.8 1 国東市 武蔵川 12.00 16.8 5 国東市 小城川 2.40 2.6 1 国東市おしろがわ 大海田川 1.90 2.0 1 国東市おおみだがわ 安岐川 21.17 31.8 7 国東市あきがわ 古町川 1.15 2.6 1 杵築市 住吉川 0.62 4.9 1 杵築市 天村川 3.59 2 杵築市 江頭川 3.00 7.0 1 杵築市 高山川 9.16 16.8 4 杵築市 八坂川 29.78 87.6 8 杵築市 丸尾川 3.00 5.1 2 日出町 金井田川 1.50 11.2 1 日出町 三川 2.10 14.6 1 日出町 江上川 0.73 1.6 1 日出町 新川 1.78 7.5 1 別府市 春木川 6.27 8.6 1 別府市 境川 6.90 12.2 2 別府市 朝見川 5.03 10.9 4 別府市 祓川 4.47 7.5 1 大分市はらいがわ 住吉川 6.65 7.6 1 大分市 （大分川） 55.00 650.0 48 大分市一級水系 （大野川） 107.00 1465.0 138 大分市一級水系 日美天川 2.60 2 大分市ひみてんがわ 旧日美天川 5.00 4.7 1 大分市 江川 2.40 1 大分市 丹生川 9.13 17.3 7 大分市にゅうがわ 本田川 5.80 5.0 1 大分市 小猫川 4.47 3.8 3 大分市 湊川 2.50 2.3 1 大分市 志生木川 3.80 8.3 1 大分市しゆうきがわ 有屋川 2.28 2.5 1 臼杵市 佐志生川 2.50 5.9 1 臼杵市さしうがわ 下の江川 2.01 3.9 1 臼杵市 熊崎川 4.80 12.9 2 臼杵市 末広川 12.00 21.1 2 臼杵市 臼杵川 18.21 105.3 9 臼杵市 海添川 2.50 4.2 2 臼杵市かいぞえがわ 堅浦川 0.59 1.4 1 津久見市 徳浦川 1.13 3.2 1 津久見市 青江川 7.12 14.7 4 津久見市 津久見川 1.50 9.0 3 津久見市 千怒川 2.30 2.5 3 津久見市ちぬがわ 暁嵐川 2.00 3.9 1 佐伯市ぎょうらんがわ 狩生川 2.60 3.9 1 佐伯市かりゅうがわ 戸穴川 2.50 4.9 1 佐伯市ひあながわ （番匠川） 38.00 464.0 52 佐伯市一級水系 吹浦川 2.80 2.9 1 佐伯市 色利川 2.00 6.4 1 佐伯市いろりがわ 畑の浦川 3.00 6.6 2 佐伯市 楠本川 1.90 5.7 1 佐伯市 正金川 1.90 3.0 1 佐伯市 河内川 3.20 5.8 2 佐伯市 猪串川 0.65 0.8 1 佐伯市 森崎川 2.70 2.3 3 佐伯市 芹川 3.50 4.8 1 佐伯市 江川 1.95 3.4 1 佐伯市 大内川 3.65 5.0 1 佐伯市 波当津川 2.45 4.5 1 佐伯市はとつがわ
関連項目 川 二級水系 日本の川一覧
出典・参考文献 日外アソシエーツ編集 『河川大事典』 日外アソシエーツ、1991年。 大分県土木建築部河川課編集発行 『平成7年度 河川海岸表』 大分県、1995年。