近畿地方の史跡一覧（きんきちほうのしせきいちらん）は、近畿地方にある史跡を一覧形式でまとめたものである。
三重県 三重県では、特別史跡1件を含む計38件が指定されている（2都道府県以上にまたがる史跡2件を含む）。
国指定 特別史跡 本居宣長旧宅 同 宅跡（もとおりのりながきゅうたく どう たくあと）〔松阪市〕1922年3月8日
史跡 久留倍官衙遺跡（くるべかんがいせき）〔四日市市〕 伊勢国府跡（いせこくふあと）〔鈴鹿市〕2002年3月19日 伊勢国分寺跡（いせこくぶんじあと）〔鈴鹿市〕1922年10月12日 王塚古墳（おうづかこふん）〔鈴鹿市〕 正法寺山荘跡（しょうぼうじさんそうあと）〔亀山市〕 野村一里塚（のむらいちりづか）〔亀山市〕1934年1月22日 明合古墳（あけあいこふん）〔津市〕 多気北畠氏城館跡（たげきたばたけしやかたあと）〔津市〕1936年9月3日 北畠氏館跡（きたばたけしやかたあと） - 北畠神社 霧山城跡（きりやまじょうあと） 谷川士清旧宅（たにがわことすがきゅうたく）〔津市〕1967年6月22日 谷川士清墓（たにがわことすがのはか）〔津市〕 長野氏城跡（ながのししろあと）〔津市〕 長野城跡（ながのじょうあと） 東の城跡（ひがしのじょうあと） 中の城跡（なかのじょうあと） 西の城跡（にしのじょうあと） 阿坂城跡 附 高城跡 枳城跡（あざかじょうあと つけたり たかんじょうあと からたちじょうあと）〔松阪市〕 宝塚古墳（たからづかこふん）〔松阪市〕 天白遺跡（てんぱくいせき）〔松阪市〕1999年5月21日 松坂城跡（まつさかじょうあと）〔松阪市〕 向山古墳（むかいやまこふん）〔松阪市〕 本居宣長墓（山室山）(もとおりのりながのはか（やまむろやま））〔松阪市〕 本居宣長墓（樹敬寺） 附 本居春庭墓（もとおりのりながのはか（じゅきょうじ） つけたり もとおりはるにわのはか）〔松阪市〕 斎宮跡（さいくうあと）〔多気郡明和町〕1979年3月27日 水池土器製作遺跡（みずいけどきせいさくいせき）〔多気郡明和町〕 朝熊山経塚群（あさまやまきょうづかぐん）〔伊勢市〕 旧豊宮崎文庫（きゅうとよみやざきぶんこ）〔伊勢市〕 旧林崎文庫（きゅうはやしざきぶんこ）〔伊勢市〕 離宮院跡（りきゅういんあと）〔伊勢市〕1924年12月9日 赤木城跡及び田平子峠刑場跡（あかぎじょうあとおよびたびらことうげけいじょうあと）〔熊野市〕 熊野参詣道（くまのさんけいみち）〔和歌山県・三重県・奈良県〕 2000年11月2日、2002年12月19日分離・名称変更・追加指定 （世界遺産「紀伊山地の霊場と参詣道」の構成資産） 伊勢路（いせじ）〔和歌山県新宮市・田辺市・三重県熊野市・尾鷲市・度会郡大紀町・北牟婁郡紀北町〕 七里御浜（しちりみはま）〔三重県熊野市・南牟婁郡御浜町・南牟婁郡紀宝町〕 花の窟（はなのいわや）〔三重県熊野市〕 熊野三山（くまのさんざん） 〔和歌山県田辺市・東牟婁郡那智勝浦町・新宮市・三重県南牟婁郡紀宝町〕 2000年11月2日指定、2002年12月19日分離・追加指定・名称変更 （「紀伊山地の霊場と参詣道」の構成資産） - 御船島（熊野速玉大社社地）
伊賀国庁跡（いがこくちょうあと）〔伊賀市〕 伊賀国分寺跡（いがこくぶんじあと）〔伊賀市〕1923年3月7日 上野城跡（うえのじょうあと）〔伊賀市〕1967年12月27日 旧崇広堂（きゅうすうこうどう）〔伊賀市〕 城之越遺跡（じょうのこしいせき）〔伊賀市〕 長楽山廃寺跡（ちょうらくさんはいじあと）〔伊賀市〕 廃補陀落寺町石（はいふだらくじちょうせき）〔伊賀市〕 御墓山古墳（みはかやまこふん）〔伊賀市〕 夏見廃寺跡（なつみはいじあと）〔名張市〕 美旗古墳群（みはたこふんぐん）〔名張市〕
県指定 三重県指定史跡については三重県指定文化財一覧#史跡を参照のこと。
滋賀県 滋賀県では、特別史跡2件を含む計51件が指定されている（2都道府県以上にまたがる史跡4件を含む）。
国指定 特別史跡 安土城跡（あづちじょうあと）〔近江八幡市・東近江市〕 彦根城跡（ひこねじょうあと）〔彦根市〕
史跡 清水山城館跡（しみずやまじょうかんあと）〔高島市〕 藤樹書院跡（とうじゅしょいんあと）〔高島市〕 穴太廃寺跡（あのうはいじあと）〔大津市〕 円満院庭園（えんまんいんていえん）〔大津市〕 延暦寺境内（えんりゃくじけいだい）〔滋賀県大津市・京都府京都市左京区〕（世界遺産「古都京都の文化財」の構成資産） 皇子山古墳（おうじやまこふん）〔大津市〕 近江大津宮錦織遺跡（おうみおおつのみやにしこおりいせき）〔大津市〕 近江国府跡（おうみこくふあと）〔大津市〕 国庁跡（こくちょうあと） 惣山遺跡（そうやまいせき） 青江遺跡（あおえいせき） 中路遺跡（ちゅうろいせき） 春日山古墳群（かすがやまこふんぐん） 〔大津市〕 義仲寺境内（ぎちゅうじけいだい）〔大津市〕 衣川廃寺跡（きぬがわはいじあと）〔大津市〕 光浄院庭園（こうじょういんていえん）〔大津市〕 崇福寺跡（すうふくじあと）〔大津市〕 善法院庭園（ぜんぽういんていえん）〔大津市〕 茶臼山古墳・小茶臼山古墳（ちゃうすやまこふん・こちゃうすやまこふん）〔大津市〕 堂ノ上遺跡（どうのうえいせき）〔大津市〕 日吉神社境内（ひよしじんじゃけいだい）〔大津市〕 琵琶湖疏水（びわこそすい）〔滋賀県大津市・京都府京都市〕 南滋賀町廃寺跡（みなみしがちょうはいじあと）〔大津市〕 芦浦観音寺跡（あしうらかんのんじあと）〔草津市〕 草津宿本陣（くさつじゅくほんじん）〔草津市〕 瀬田丘陵生産遺跡群（せたきゅうりょうせいさんいせきぐん）〔草津市〕 - 野路小野山製鉄遺跡 伊勢遺跡（いせいせき）〔守山市〕 下之郷遺跡（しものごういせき）〔守山市〕 大岩山古墳群（おおいわやまこふんぐん）〔野洲市〕 旧和中散本舗（きゅうわちゅうさんほんぽ）〔栗東市〕 狛坂磨崖仏（こまさかまがいぶつ）〔栗東市〕 廃少菩提寺石多宝塔および石仏（はいしょうぼだいじせきたほうとうおよびせきぶつ）〔湖南市〕 紫香楽宮跡（しがらきのみやあと）〔甲賀市〕 垂水斎王頓宮跡（たるみさいおうとんぐうあと）〔甲賀市〕 甲賀郡中惣遺跡群（こうが（か）ぐんちゅうそういせきぐん）〔甲賀市〕2008年7月28日 水口岡山城跡（みなくちおかやまじょうあと）〔甲賀市〕2017年2月9日 百済寺境内（ひゃくさいじけいだい）〔東近江市〕2008年7月28日 観音寺城跡（かんのんじじょうあと）〔近江八幡市・東近江市〕 老蘇森（おいそのもり）〔近江八幡市〕 大中の湖南遺跡（だいなかのこみなみいせき）〔近江八幡市〕 瓢箪山古墳（ひょうたんやまこふん）〔近江八幡市〕 荒神山古墳（こうじんやまこふん）〔彦根市〕 彦根藩主井伊家墓所（ひこねはんしゅいいけぼしょ）〔滋賀県彦根市・東近江市・東京都世田谷区〕 敏満寺石仏谷墓跡（びんまんじいしぼとけだにはかあと）〔犬上郡多賀町〕 鎌刃城跡（かまはじょうあと）〔米原市〕 北畠具行墓（きたばたけともゆきのはか）〔米原市〕 京極氏遺跡（きょうごくしいせき）〔米原市〕 京極氏城館跡（きょうごくしじょうかんあと） 弥高寺跡（やたかじあと） 清滝寺京極家墓所（きよたきでらきょうごくけぼしょ）〔米原市〕 北近江城館跡群（きたおうみじょうかんあとぐん）〔長浜市〕 下坂氏館跡（しもさかしやかたあと） 三田村氏館跡（みたむらしやかたあと） 竹生島（ちくぶじま）〔長浜市〕 小谷城跡（おだにじょうあと）〔長浜市〕 古保利古墳群（こほりこふんぐん）〔長浜市〕 玄蕃尾城（内中尾山城）跡（げんばおじょう（うちなかおやまじょう）あと）〔福井県敦賀市・滋賀県長浜市〕1999年7月13日
県指定 滋賀県指定史跡については滋賀県指定文化財一覧#史跡名勝天然記念物を参照のこと。
京都府 京都府では、特別史跡4件を含む計99件が指定されている（2都道府県以上にまたがる史跡4件を含む）。
国指定 特別史跡 醍醐寺三宝院庭園（だいごじさんぽういんていえん）〔京都市伏見区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 慈照寺（銀閣寺）庭園（じしょうじ（ぎんかくじ）ていえん）〔京都市左京区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 鹿苑寺（金閣寺）庭園（ろくおんじ（きんかくじ）ていえん）〔京都市北区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 恭仁宮跡（山城国分寺跡）（くにきゅうせき（やましろこくぶんじあと））〔木津川市 加茂町〕
史跡 笠置山（かさぎやま）〔相楽郡笠置町〕 金胎寺境内（こんたいじけいだい）〔相楽郡和束町〕 石のカラト古墳（いしのからとこふん）〔奈良県奈良市・京都府木津川市〕 奈良山瓦窯跡（ならやまかわらがまあと）〔奈良県奈良市・京都府木津川市〕 歌姫瓦窯跡（うたひめかわらがまあと） 音如ヶ谷瓦窯跡（おんじょがだにかわらがまあと） 市坂瓦窯跡（いちさかかわらがまあと） 梅谷瓦窯跡（うめだにかわらがまあと） 鹿背山瓦窯跡（かせやまかわらがまあと） 中山瓦窯跡（なかやまかわらがまあと） 神雄寺跡（かみおでらあと）〔木津川市〕 高麗寺跡（こまでらあと）〔木津川市〕 浄瑠璃寺庭園（じょうるりじていえん）〔木津川市〕 椿井大塚山古墳（つばいおおつかやまこふん）〔木津川市〕2000年5月19日 大住車塚古墳（おおすみくるまづかこふん）〔京田辺市〕 久世廃寺跡（くぜはいじあと）〔城陽市〕 久津川古墳群（くつかわこふんぐん）〔城陽市〕 久津川車塚古墳（くつかわくるまづかこふん） 丸塚古墳（まるづかこふん） 芭蕉塚古墳（ばしょうづかこふん） 久世小学校古墳（くせしょうがっこうこふん） 芝ヶ原古墳（しばがはらこふん）〔城陽市〕 正道官衙遺跡（しょうどうかんがいせき）〔城陽市〕 平川廃寺跡（ひらかわはいじあと）〔城陽市〕 森山遺跡（もりやまいせき）〔城陽市〕 宇治川太閤堤跡（うじがわたいこうづつみあと）〔宇治市〕 隼上り瓦窯跡（はやあがりがようのあと）〔宇治市〕 平等院庭園（びょうどういんていえん）〔宇治市〕 （「古都京都の文化財」の構成資産） 石清水八幡宮境内（いわしみずはちまんぐうけいだい）〔八幡市〕 松花堂およびその跡（しょうかどうおよびそのあと）〔八幡市〕 乙訓古墳群（おとくにこふんぐん）〔乙訓郡大山崎町・向日市・京都市・長岡京市〕 天皇の杜古墳（てんのうのもりこふん） 寺戸大塚古墳（てらどおおつかこふん） 五塚原古墳（いつかはらこふん） 元稲荷古墳（もといなりこふん） 南条古墳（なんじょうこふん） 物集女車塚古墳（もずめくるまづかこふん） 恵解山古墳（いげのやまこふん） 井ノ内車塚古墳（いのうちくるまづかこふん） 井ノ内稲荷塚古墳（いのうちいなりづかこふん） 今里大塚古墳（いまざとおおつかこふん） 鳥居前古墳（とりいまえこふん） 長法寺南原古墳（ちょうほうじみなみばらこふん） 大山崎瓦窯跡（おおやまざきかわらがまあと）〔乙訓郡大山崎町〕 長岡宮跡（ながおかきゅうせき）〔向日市〕 荷田春満旧宅（かだのあずままろきゅうたく）〔京都市伏見区〕 鳥羽殿跡（とばどのあと）〔京都市伏見区〕 醍醐寺境内（だいごじけいだい）〔京都市伏見区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 随心院境内（ずいしんいんけいだい）〔京都市山科区〕 山科本願寺跡及び南殿跡（やましなほんがんじあとおよびなんでんあと）〔京都市山科区〕2002年12月19日、2016年3月1日追加指定・名称変更 琵琶湖疏水（びわこそすい）〔滋賀県大津市・京都府京都市左京区・東山区・山科区〕 高台寺庭園（こうだいじていえん）〔京都市東山区〕 青蓮院旧仮御所（しょうれんいんきゅうかりごしょ）〔京都市東山区〕 方広寺大仏殿跡及び石塁・石塔（ほうこうじだいぶつでんあとおよびせきるい・せきとう）〔京都市東山区〕 - 耳塚 石川丈山墓（いしかわじょうざんのはか）〔京都市左京区〕 岩倉具視幽棲旧宅（いわくらともみゆうせいきゅうたく）〔京都市左京区〕 延暦寺境内（えんりゃくじけいだい）〔滋賀県大津市・京都府京都市左京区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 賀茂御祖神社境内（かもみおやじんじゃけいだい）〔京都市左京区〕 栗栖野瓦窯跡（くるすのがようあと）〔京都市左京区〕 慈照寺（銀閣寺）旧境内（じしょうじ（ぎんかくじ）きゅうけいだい）〔京都市左京区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 詩仙堂（しせんどう）〔京都市左京区〕 聖護院旧仮皇居（しょうごいんきゅうかりこうきょ）〔京都市左京区〕 南禅寺境内（なんぜんじけいだい）〔京都市左京区〕 南禅院庭園（なんぜんいんていえん）〔京都市左京区〕 賀茂別雷神社境内（かもわけいかづちじんじゃけいだい）〔京都市北区〕 （「古都京都の文化財」の構成資産） 御土居（おどい）〔京都市北区・中京区・上京区〕 孤篷庵庭園（こほうあんていえん）〔京都市北区〕 真珠庵庭園（しんじゅあんていえん）〔京都市北区〕 大仙院書院庭園（だいせんいんしょいんていえん）〔京都市北区〕 大徳寺方丈庭園（だいとくじほうじょうていえん）〔京都市北区〕 大徳寺境内（だいとくじけいだい）〔京都市北区〕 船岡山（ふなおかやま）〔京都市北区〕1968年2月15日 伊藤仁斎宅（古義堂）跡ならびに書庫（いとうじんさいたく（こぎどう）あとならびにしょこ）〔京都市上京区〕 平安宮跡（へいあんきゅうせき）〔京都市上京区、中京区〕 内裏跡（だいりあと） 朝堂院跡（ちょうどういんあと） 豊楽院跡（ぶらくいんあと）
頼山陽書斎（山紫水明処）（らいさんようしょさい（さんしすいめいしょ））〔京都市上京区〕 旧二条離宮（二条城）（きゅうにじょうりきゅう（にじょうじょう））〔京都市中京区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 神泉苑（しんせんえん）〔京都市中京区〕 高瀬川一之船入（たかせがわいちのふないり）〔京都市中京区〕 本願寺境内（ほんがんじけいだい）〔京都市下京区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 本願寺大書院庭園（ほんがんじおおしょいんていえん）〔京都市下京区〕 教王護国寺境内（きょうおうごこくじけいだい）〔京都市南区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 西寺跡（さいじあと）〔京都市南区〕 樫原廃寺跡（かたぎはらはいじあと）〔京都市西京区〕 西芳寺庭園（さいほうじていえん）〔京都市西京区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 天塚古墳（あまつかこふん）〔京都市右京区〕 嵐山（あらしやま）〔京都市右京区・西京区〕 玉鳳院庭園（ぎょくほういんていえん）〔京都市右京区〕 - 妙心寺 桂春院庭園（けいしゅんいんていえん）〔京都市右京区〕 高山寺境内（こうざんじけいだい）〔京都市右京区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 大覚寺御所跡（だいかくじごしょあと）〔京都市右京区〕 退蔵院庭園（たいぞういんていえん）〔京都市右京区〕 天龍寺庭園（てんりゅうじていえん）〔京都市右京区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 東海庵書院庭園（とうかいあんしょいんていえん）〔京都市右京区〕 - 妙心寺 仁和寺御所跡（にんなじごしょあと）〔京都市右京区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 蛇塚古墳（へびづかこふん）〔京都市右京区〕 妙心寺境内（みょうしんじけいだい）〔京都市右京区〕 妙心寺庭園（みょうしんじていえん）〔京都市右京区〕 龍安寺方丈庭園（りょうあんじほうじょうていえん）〔京都市右京区〕（「古都京都の文化財」の構成資産） 霊雲院庭園（れいうんいんていえん）〔京都市右京区〕 - 妙心寺 丹波国分寺跡 附 八幡神社跡（たんばこくぶんじあと つけたり はちまんじんじゃあと）〔亀岡市〕 千歳車塚古墳（ちとせくるまづかこふん）〔亀岡市〕 私市円山古墳（きさいちまるやまこふん）〔綾部市〕 聖塚・菖蒲塚古墳（ひじりづか・あやめづかこふん）〔綾部市〕 丹後国分寺跡（たんごこくぶんじあと）〔宮津市〕 成相寺旧境内（なりあいじきゅうけいだい）〔宮津市〕2016年10月3日 蛭子山古墳（えびすやまこふん）〔与謝郡与謝野町〕 白米山古墳（しらげやまこふん）〔与謝郡与謝野町〕1999年11月19日 作山古墳（つくりやまこふん）〔与謝郡与謝野町〕 日吉ヶ丘・明石墳墓群（ひよしがおか・あけしふんぼぐん）〔与謝郡与謝野町〕 赤坂今井墳墓（あかさかいまいふんぼ）〔京丹後市〕 産土山古墳（うぶすなやまこふん）〔京丹後市〕 神明山古墳（しんめいやまこふん）〔京丹後市〕 銚子山古墳 第一古墳、二古墳（ちょうしやまこふん だいいち・にこふん）〔京丹後市〕 函石浜遺物包含地（はこいしやまいぶつほうがんち）〔京丹後市〕
府指定 京都府指定・登録史跡については京都府指定・登録文化財一覧#史跡を参照のこと。
大阪府 大阪府では、特別史跡2件を含む計68件が指定されている（2都道府県以上にまたがる史跡1件を含む）。
国指定 特別史跡 大坂城跡（おおさかじょうあと）〔大阪市〕1953年3月31日 百済寺跡（くだらじあと）〔枚方市〕
史跡 緒方洪庵旧宅および塾（おがたこうあんきゅうたくおよびじゅく）〔大阪市〕 - 適塾 旧造幣寮〔大阪市〕 契沖旧庵（円珠庵）ならびに墓）（けいちゅうきゅうあん（えんじゅあん）ならびにはか）〔大阪市〕 四天王寺旧境内（してんのうじきゅうけいだい）〔大阪市〕 住吉行宮跡（すみよしあんぐうあと）〔大阪市〕 近松門左衛門墓（ちかまつもんざえもんのはか）〔大阪府大阪市中央区・兵庫県尼崎市〕 帝塚山古墳（てづかやまこふん）〔大阪市〕 難波宮跡 附 法円坂遺跡（なにわのみやあと つけたり ほうえんざかいせき）〔大阪市〕 春日大社南郷目代今西氏屋敷（かすがたいしゃなんごうもくだいいまにししやしき）〔豊中市〕 桜塚古墳群（さくらづかこふんぐん）〔豊中市〕 勝尾寺旧境内牓示八天石蔵および町石（かつおじきゅうけいだいぼうじはってんいしぐらおよびちょうせき）〔箕面市〕 吉志部瓦窯跡（きしべがようせき）〔吹田市〕 七尾瓦窯跡（ななおがようせき）〔吹田市〕 郡山宿本陣（こおりやまじゅくほんじん）〔茨木市〕 阿武山古墳（あぶやまこふん）〔高槻市・茨木市〕 安満遺跡（あまいせき）〔高槻市〕 今城塚古墳 附 新池埴輪製作遺跡（いましろづかこふん つけたり しんいけはにわせいさくいせき）〔高槻市〕 嶋上郡衙跡 附 寺跡（しまのかみぐんがあと つけたり てらあと）〔高槻市〕 闘鶏山古墳（つげやまこふん）〔高槻市〕 桜井駅跡（楠木正成伝説地）（さくらいえきあと（くすのきまさしげでんせつち））〔三島郡島本町〕 禁野車塚古墳（きんやくるまづかこふん）〔枚方市〕 楠葉台場跡（くずはだいばあと）〔枚方市〕 牧野車塚古墳（まきのくるまづかこふん）〔枚方市〕 石宝殿古墳（いしのほうでんこふん）〔寝屋川市〕 高宮廃寺跡（たかみやはいじあと）〔寝屋川市〕 河内寺廃寺跡（かわちでらはいじあと）〔東大阪市〕 日下貝塚（くさかかいづか）〔東大阪市〕 鴻池新田会所跡（こうのいけしんでんかいしょあと）〔東大阪市〕 心合寺山古墳（しおんじやまこふん）〔八尾市〕 高安千塚古墳群（たかやすせんづかこふんぐん）〔八尾市〕 高井田横穴（たかいだよこあな）〔柏原市〕 田辺廃寺跡（たなべはいじあと）〔柏原市〕 鳥坂寺跡（とさかでらあと）〔柏原市〕 松岳山古墳（まつおかやまこふん）〔柏原市〕 国府遺跡（こういせき）〔藤井寺市〕1974年6月25日 古市古墳群（ふるいちこふんぐん）〔藤井寺市・羽曳野市〕2001年1月29日 - 十数件の史跡を統合・名称変更 古室山古墳（こむろやまこふん） 赤面山古墳（せきめんやまこふん） 大鳥塚古墳（おおとりづかこふん） 助太山古墳（すけたやまこふん） 鍋塚古墳（なべづかこふん） 城山古墳（しろやまこふん） 峯ヶ塚古墳（みねがづかこふん） 墓山古墳（はかやまこふん） 野中古墳（のなかこふん） 応神天皇陵古墳外濠外提（おうじんてんのうりょうこふんがいごうがいてい） 鉢塚古墳（はちづかこふん） はざみ山古墳（はざみやまこふん） 青山古墳（あおやまこふん） 蕃所山古墳（ばんしょやまこふん） 稲荷塚古墳（いなりづかこふん） 東山古墳（ひがしやまこふん） 割塚古墳（わりづかこふん） 唐櫃山古墳（からとやまこふん） 松川塚古墳（まつかわづかこふん） 浄元寺山古墳（じょうがんじやまこふん） 観音塚古墳（かんのんづかこふん）〔羽曳野市〕 誉田白鳥埴輪製作遺跡（こんだしらとりはにわせいさくいせき）〔羽曳野市〕 通法寺跡（つうほうじあと）〔羽曳野市〕 野中寺旧伽藍跡（やちゅうじきゅうがらんあと）〔羽曳野市〕 新堂廃寺跡 附 オガンジ池瓦窯跡・お亀石古墳（しんどうはいじあと つけたり おがんじいけかわらがまあと・おかめいしこふん）〔富田林市〕 狭山池（さやまいけ）〔大阪狭山市〕 岩屋（いわや）〔南河内郡太子町〕 二子塚古墳（ふたごづかこふん）〔南河内郡太子町〕 鹿谷寺跡（ろくたんじあと）〔南河内郡太子町〕 一須賀古墳群（いちすかこふんぐん）〔南河内郡太子町・河南町〕 金山古墳（かなやまこふん）〔南河内郡河南町〕 赤阪城跡（あかさかじょうあと）〔南河内郡千早赤阪村〕1934年3月13日 楠木城跡（上赤坂城跡）（くすのきじょうあと（かみあかさかじょうあと））〔南河内郡千早赤阪村〕1934年3月13日 千早城跡（ちはやじょうあと）〔南河内郡千早赤阪村〕1934年3月13日 烏帽子形城跡（えぼしがたじょうあと）〔河内長野市〕 観心寺境内（かんしんじけいだい）〔河内長野市〕 金剛寺境内（こんごうじけいだい）〔河内長野市〕 百舌鳥古墳群〔堺市〕 いたすけ古墳（いたすけこふん） 長塚古墳（ながつかこふん） 収塚古墳（おさめづかこふん） 塚廻古墳（つかまわりこふん） 文珠塚古墳（もんじゅづかこふん） 丸保山古墳（まるほやまこふん） 乳岡古墳（ちのおかこふん） 御廟表塚古墳（ごびょうおもてづかこふん） ドンチャ山古墳（どんちゃやまこふん） 正楽寺山古墳（しょうらくじやまこふん） 鏡塚古墳（かがみづかこふん） 善右ヱ門山古墳（ぜんえもんやまこふん） 銭塚古墳（ぜにづかこふん） グワショウ坊古墳（ぐわしょうぼうこふん） 旗塚古墳（はたづかこふん） 寺山南山古墳（てらやまみなみやまこふん） 七観音古墳（しちかんのんこふん） 旧堺燈台（きゅうさかいとうだい）〔堺市〕 黒姫山古墳（くろひめやまこふん）〔堺市〕 土佐十一烈士墓（とさじゅういちれっしのはか）〔堺市〕 土塔（どとう）〔堺市〕 四ツ池遺跡（よついけいせき）〔堺市〕 池上曽根遺跡（いけがみそねいせき）〔和泉市・泉大津市〕 和泉黄金塚古墳（いずみこがねづかこふん ）〔和泉市〕 摩湯山古墳（まゆやまこふん）〔岸和田市〕 丸山古墳（まるやまこふん）〔貝塚市〕 日根荘遺跡（ひねのしょういせき）〔泉佐野市〕 - 慈眼院境内ほか15ヶ所 海会寺跡（かいえじあと）〔泉南市〕 西陵古墳 第一、第二古墳（さいりょうこふん だいいち・だいにこふん）〔泉南郡岬町〕
府指定 大阪府指定史跡については大阪府指定文化財一覧#史跡を参照のこと。
兵庫県 兵庫県では、特別史跡1件を含む計49件が指定されている（2都道府県以上にまたがる史跡1件を含む）。
国指定 特別史跡 姫路城跡（ひめじじょうあと）〔姫路市〕1928年9月20日
史跡 柏原藩陣屋跡（かいばらはんじんやあと）〔丹波市〕1971年1月6日 黒井城跡（くろいじょうあと）〔丹波市〕1988年8月11日 - 興禅寺 三ツ塚廃寺跡（みつづかはいじあと）〔丹波市〕 篠山城跡（ささやまじょうあと）〔丹波篠山市〕1956年12月28日 八上城跡（やがみじょうあと）〔丹波篠山市〕2005年3月2日 加茂遺跡（かもいせき）〔川西市〕1999年11月19日 多田院（ただいん）〔川西市〕1951年6月9日 多田銅銀山遺跡（ただどうぎんざんいせき）（猪名川町）2015年10月7日 伊丹廃寺跡（いたみはいじあと）〔伊丹市〕 有岡城跡（ありおかじょうあと）〔伊丹市〕1979年12月18日 中山荘園古墳（なかやまそうえんこふん）〔宝塚市〕 田能遺跡（たのいせき）〔尼崎市・伊丹市〕 近松門左衛門墓（ちかまつもんざえもんのはか）〔大阪府大阪市・兵庫県尼崎市〕 西宮砲台（にしのみやほうだい）〔西宮市〕1922年3月8日 会下山遺跡（えげのやまいせき）〔芦屋市〕 明石藩舞子台場跡（あかしはんまいこだいばあと）〔神戸市〕 2007年2月26日 処女塚古墳（おとめづかこふん）〔神戸市〕1922年3月8日 楠木正成墓碑（くすのきまさしげぼひ）〔神戸市〕 五色塚（千壺）古墳 小壺古墳（ごしきづか（せんつぼ）こふん・こつぼこふん）〔神戸市〕1921年3月3日 西求女塚古墳（にしもとめづかこふん）〔神戸市〕2005年3月 和田岬砲台（わだみさきほうだい）〔神戸市〕1921年3月3日 明石城跡（あかしじょうあと）〔明石市〕2004年9月30日 大中遺跡（おおなかいせき）〔加古郡播磨町〕 播州葡萄園跡（ばんしゅうぶどうえんあと）〔加古郡稲美町〕 三木城跡及び付城跡・土塁（みきじょうあとおよびつけじろあと・どるい）〔三木市〕 西条古墳群（さいじょうこふんぐん）〔加古川市〕 - 尼塚古墳、行者塚古墳、人塚古墳 石の宝殿及び竜山石採石遺跡（いしのほうでんおよびたつやまいしさいせきいせき）〔高砂市〕2014年10月6日 広渡廃寺跡（こうどはいじあと）〔小野市〕1980年12月5日 玉丘古墳群（たまおかこふんぐん）〔加西市〕 円教寺境内（えんぎょうじけいだい）〔姫路市〕 壇場山古墳 第一、二、三古墳（だんじょうざんこふん だいいち・に・さんこふん）〔姫路市〕 播麿国分寺跡（はりまこくぶんじあと）〔姫路市〕 瓢塚古墳（ひさごづかこふん）〔姫路市〕 新宮宮内遺跡（しんぐうみやうちいせき）〔たつの市〕 吉島古墳（よしまこふん）〔たつの市〕 赤松氏城跡（あかまつししろあと）〔赤穂郡上郡町・相生市・姫路市〕1996年3月28日 白旗城跡（しらはたじょうあと）〔上郡町〕 感状山城跡（かんじょうさんじょうあと）〔相生市〕 置塩城跡（おきしおじょうあと）〔姫路市〕 山陽道野磨駅家跡（さんようどうやまのうまやあと）〔赤穂郡上郡町〕 赤穂城跡（あこうじょうあと）〔赤穂市〕1971年3月31日 大石良雄宅跡（おおいしよしおたくあと）〔赤穂市〕 竹田城跡（たけだじょうせき）〔朝来市〕1943年9月8日 茶すり山古墳（ちゃすりやまこふん）〔朝来市〕 箕谷古墳群（みのだにこふんぐん）〔養父市〕 八木城跡（やぎじょうあと）〔養父市〕1997年3月6日 但馬国分寺跡（たじまこくぶんじあと）〔豊岡市〕 山名氏城跡（やまなししろあと）〔豊岡市〕1996年11月13日 此隅山城跡（このすみやまじょうあと） 有子山城跡（ありこやまじょうあと） 五斗長垣内遺跡（ごっさかいといせき）〔淡路市〕2012年9月19日 徳島藩松帆台場跡（とくしまはんまつほだいばあと）〔淡路市〕 洲本城跡（すもとじょうあと）〔洲本市〕1998年10月16日 淡路国分寺塔跡（あわじこくぶんじとうあと）〔南あわじ市〕
県指定 兵庫県指定史跡については兵庫県指定文化財一覧#史跡を参照のこと。
奈良県 奈良県では、特別史跡10件を含む計121件が指定されている（2都道府県以上にまたがる史跡4件を含む）。
国指定 特別史跡 平城宮跡（へいじょうきゅうせき）〔奈良市〕（世界遺産「古都奈良の文化財」の構成資産） 平城京左京三条二坊宮跡庭園（へいじょうきょうさきょうさんじょうにぼうきゅうせきていえん）〔奈良市〕 巣山古墳（すやまこふん）〔北葛城郡広陵町〕 - 馬見古墳群 藤原宮跡（ふじわらきゅうせき）〔橿原市〕 1952年3月29日 本薬師寺跡（もとやくしじあと）〔橿原市〕 1952年3月29日 キトラ古墳（きとらこふん）〔高市郡明日香村〕 2000年7月31日 高松塚古墳（たかまつづかこふん）〔高市郡明日香村〕 1972年6月17日 石舞台古墳（いしぶたいこふん）〔高市郡明日香村〕 1935年12月24日 文殊院西古墳（もんじゅいんにしこふん）〔桜井市〕 山田寺跡（やまだでらあと）〔桜井市〕
史跡