長宗我部 元親（ちょうそかべ/ちょうすがめ もとちか）は、戦国時代から安土桃山時代にかけての 大名・武将。長宗我部氏第21代当主。長宗我部国親の長男。
国司家である土佐一条氏を追い出し、土佐国を統一。その後、阿波国や讃岐国、伊予国の土豪らを倒して、四国の統一を果たした。
しかし、豊臣秀吉の四国征伐によって降伏し、土佐一国の領有を許された。その後、秀吉の九州征伐、小田原征伐、文禄・慶長の役に従軍した。
内政面では、検地を行ったほか、分国法である「長宗我部元親百箇条」を定めた。
生涯 家督相続 天文8年（1539年）、長宗我部国親の嫡子として、土佐国長岡郡の岡豊城で生まれる。母は本山氏の娘・祥鳳玄陽。土佐守護・細川晴元の偏諱を受け、元親と名乗る。
永禄3年（1560年）5月、元親は父の国親が土佐郡朝倉城主の本山氏を攻めた長浜の戦いにおいて、実弟の親貞と共に初陣を果たした。数え年23歳という遅い初陣であったが、元親は長浜表において本山勢を襲撃した長宗我部勢に加わり、自ら槍を持って突撃するという勇猛さを見せたといわれる。この一戦で元親の武名は高まり、長浜戦に続く潮江城（現筆山公園）の戦いでも戦果を挙げた。
6月、父の国親が急死すると、元親は家督を相続した。
土佐中部・東部の平定 元親は剽悍な一領具足を動員して、土佐国内で勢力拡大を行う。長浜戦で敗れた本山茂辰が元親の攻勢に押されるようになった一方で、元親は永禄3年末の段階で現在の高知市における南西部の一部を除いてほぼ支配下に置いた。
永禄4年（1561年）3月、元親は本山方の神田城・石立城を落として、茂辰を朝倉城と吉良城を残すまでに追い込む。
永禄5年（1562年）9月16日、元親は朝倉城攻めを行った。だが、このときは茂辰の嫡子で元親の甥にあたる本山貞茂（親茂）の奮戦によって、撃退された。
9月18日、両軍が鴨部の宮前で決戦を行うが、決着はつかなかった。そのため、元親は岡豊に帰還した。
だが、本山氏は勢力圏の縮小から茂辰を見限って元親に寝返る家臣が相次ぎ、永禄6年（1563年）1月に茂辰が朝倉城を放棄して、本山城に籠もった。なお、元親はこのとき、土佐国司で幡多郡の中村城を中心に影響力を持ち「中村御所」と呼ばれていた土佐一条氏と連携していた。茂辰が朝倉城を放棄したのは、一条氏が本山氏から高岡郡の蓮池城を奪ったからとされ、東西からの挟撃を避けるためだったとみられる。
5月、本山方が頽勢挽回を図り、岡豊城の攻撃を企て、長宗我部領に侵入した。本山勢に土佐神社を焼かれる被害にあうも、長宗我部方が反撃したため、本山勢は総崩れになって退却した。
この年、元親は美濃斎藤氏の縁者から正室である元親夫人（石谷光政の娘）を迎えたほか、長弟の親貞に吉良氏を継がせている。また、次弟の親泰は国親の生前に、香宗我部氏を継いでいる。
永禄7年（1564年）4月7日、茂辰は本山城を放棄し、瓜生野城に籠もって徹底抗戦する。だが、この最中に茂辰が病死した。茂辰の死後、貞茂が跡を継ぎ、元親に抗戦を続けた。
永禄10年（1567年）9月、元親は土佐一条氏家臣の源康政より、伊予国との国境地域に出兵を要請された。元親はこれに応じ、重臣の江村親家を派遣した。だが、重要な戦力を伊予に派遣したことで、元親の本山攻めが停滞したとみられる。
永禄11年（1568年）、元親は瓜生野を攻め、本山貞茂を降伏に追い込んだ（『元親記』、『土佐国蠹簡集』）。元親は貞茂やその母（本山夫人、元親の姉）らを岡豊に送り、岡豊城下に居住させた。こうして、元親は本山氏の旧領を支配下に入れ、土佐中部を完全に平定した。
永禄12年（1569年）7月、元親は土佐東部の安芸郡を支配する安芸国虎を八流の戦いで破り、8月に自害にさせた。元親はその旧領において、弟の香宗我部親泰を安芸城主にするなどし、土佐東部を平定するにいたった。
国虎の死により、長宗我部氏と土佐一条氏の対立は避けがたいものとなった。『長元記』には、安芸氏が土佐一条氏と姻戚関係にあったことが記されているほか、安芸氏に一条氏の援軍が加わっていたとも記されている。
土佐統一 thumb|200px|一条兼定 元親は土佐中部・東部を制圧すると、土佐一条氏が領する幡多郡・高岡郡といった土佐西部への進出を開始した。すでに、一条氏は永禄10年から翌11年にかけての毛利氏の伊予出兵によって、その勢力を減退させていた。
長宗我部勢は安芸城を落としてから間もなく、土佐一条氏が高岡郡内に領する蓮池城を攻め、永禄12年11月頃までに落城させた。長宗我部氏の側から断交したのか、あるいは土佐一条氏の側から断交したのかは不明であるが、長宗我部氏が本山氏を下し、安芸氏を滅ぼしたことが断交に繋がったとみられる。
元亀2年（1571年）、元親は土佐一条氏配下の津野氏を傘下に入れ、高岡郡内の諸領主も次々に長宗我部氏に下った。その後、元親は三男の親忠を津野氏に養子として送り込んだ。
天正元年（1573年）、土佐一条氏当主の一条兼定が老臣の土居宗珊を手討ちしたことにより、一条氏の家中に混乱が発生した。『土佐物語』には兼定が宗珊の諫言に激怒したことが発端として記されているが、『土佐軍記』では兼定が宗珊の裏切りを偽装した元親の策略に嵌められたからだとしており、詳細は不明である。
7月、一条家当主の一条内基が分家である土佐一条氏の家臣の求めに応じ、混乱の収拾のため、京都から土佐に下向した。内基が京都から幡多郡に下向するためには長宗我部領の港を経由するはずであることから、元親は内基の下向を知っており、内基が呼ばれる段階から元親と土佐一条氏との間で協議があったとみられる。
9月、兼定が出家・隠居に追いこまれ、兼定の嫡子・内政が新たな土佐一条氏の当主となった。この家督交代は、土佐一条氏の家臣らの合議によるものとされているが、元親も絡んでいたとみられる。
天正2年（1574年）2月、兼定が家臣らによって、豊後国に追放された。この兼定の追放は、元親が土佐一条氏への介入を進めるべく、内基と交渉したうえで、一条氏の家臣に行わせたとみられる。
だが、兼定の追放は土佐一条氏の家臣らに混乱を引き起こし、抗争を招いた。そのため、元親は「危険な場所に内政を置くことはできない」とこの内訌に介入して、内政を幡多郡の中村城から長岡郡の大津城に移し、自身の娘を嫁がせ、「大津御所」という傀儡にした（大津御所体制）。元親は中村城に弟の吉良親貞を入れたことで、幡多郡を手中に収め、土佐をほぼ制圧した。
天正3年（1575年）5月、内基が土佐を離れ、京都に戻った。その際、元親は内基から内政の庇護や養育を依頼されたという。
7月、兼定が再起を図って、大友氏や伊予南部の諸将の支援を得て、土佐に攻め込んできた。大津御所体制に反発する土佐一条氏の家臣らが兼定を当主に戻そうと協力したことで、8月に兼定は中村城とその城下町以外の幡多郡を回復するに至った。そのため、元親は一時窮地に追い込まれたが、吉良親貞の尽力のもと、9月中旬に四万十川の戦いで兼定を撃破した。こうして、元親は幡多郡を取り戻し、土佐を完全に統一した。
元親は土佐統一後、中央で天下統一事業を進めていた織田信長との関係を構築し、『元親記』には信長から「四国の儀は元親手柄次第に切取候へ」との朱印状を与えられたと記されている。また、元親は天正6年（1578年）10月に嫡男の弥三郎に信長の偏諱を得て、信親と名乗らせている。元親と信長の交渉は、明智光秀と元親の縁者である斎藤利三が関与していた。
阿波・讃岐・伊予への進攻 元親は土佐を統一すると、阿波国や讃岐国、伊予国にも侵攻していった。
阿波・讃岐方面では、畿内に大勢力を誇っていた三好氏が織田信長に敗れて衰退していたが、十河存保や三好康長ら三好氏の生き残りは健在であり、天正4年（1576年）に白地城の大西覚用を服属させるなどしたものの、同年に弟の吉良親貞が早世したこともあって、当初は思うように攻略が進まなかった。しかし、天正4年（1577年）12月に三好長治が自害するなど、三好氏の凋落が顕著になる。
天正5年（1577年）8月、元親は平島公方の足利義助に対し、阿波への出兵と所領の安堵を伝えた。元親が平島公方を尊重する意思を示したのは、阿波はもとより四国では依然として、足利将軍家の家格による効力があったからである。
天正6年（1578年）2月、元親は阿波の白地城を攻め、大西覚用を讃岐に追い払った。これは、覚用が長宗我部氏から離反し、安芸の毛利輝元に従ったためであった。その後、元親は谷忠澄（忠兵衛）を白地城に入れ、阿波・讃岐・伊予各地への攻撃拠点とした。
同年、元親は次男の親和を讃岐の有力豪族・香川之景の養子として送り込み、同盟を結んだ。香川氏との同盟により、西讃岐の領主らは長宗我部氏と結びつこうとする者が多くなった。
阿波では、三好長治の実弟・十河存保と三好康長の嫡子・三好康俊が激しく抵抗するが、元親は天正7年（1579年）夏に重清城を奪って十河軍に大勝した。康俊に対しても、岩倉城に追い詰め、実子を人質にとって降伏させた。
天正8年（1580年）、長宗我部氏は讃岐の十河城や羽床城を包囲するなど、讃岐に勢力を拡大した。羽床氏は香川氏の斡旋で降伏し、人質を差し出した。
伊予方面においては、元親は東予地方に圧力と誘いをかけて、金子元宅や妻鳥友春・石川勝重らを味方につけた。中予地方を支配していた伊予守護の河野氏は、毛利氏の支援を得て、元親に抵抗した。南予地方でも、伊予西園寺氏との攻防が続いた。そのため、元親の伊予平定は長期化することになった。
織田信長との対立 thumb|200px|織田信長 天正8年（1580年）6月、元親は香宗我部親泰を近江の安土に派遣し、阿波岩倉城の三好康俊を服属させたことを信長に報告した。なお、この時のことを記した『信長公記』天正8年6月22日条において、元親のことを「土佐国捕佐せしめ候長宗我部土佐守」と表現していることが注目される。この「捕佐（＝輔佐）」の意味については不詳とされてきたが、この当時の土佐は長宗我部氏によって統一されていたものの、土佐一条氏の当主である一条内政が未だに元親の庇護下に置かれており、信長は内政＝国主・元親＝輔佐すなわち陪臣と位置づけたと解する説が浮上した。つまり、信長は長宗我部氏の土佐支配そのものを暗に否認し、元親の行動に一条氏の家臣として織田政権の秩序に従属するように求めたというのである秋澤繁「織豊期長宗我部氏の一側面-土佐一条氏との関係（御所体制）をめぐって-」（初出:『土佐史談』215号、2000年）/所収:平井上総 編『シリーズ・織豊大名の研究 第一巻 長宗我部元親』（戎光祥出版、2014年） ISBN 978-4-86403-125-7））。
9月頃、三好勢が雑賀衆と共に、長宗我部氏から阿波の勝端城を奪還した。その際、雑賀衆は「信長から朱印状をもらっている」と言っていたとされる。この頃より、元親は信長に対して疑念を持つようになったとみられる。
11月、元親は織田方の羽柴秀吉に対し、緊迫する四国情勢を伝えた。その中では、讃岐の十河や羽床を攻めたことや、阿波南部の国人が離反したことなどを伝えているが、一方で阿波・讃岐を平定した後には秀吉の毛利攻めに参加する意向を示している。
天正9年（1581年）2月、元親は土佐国司の一条内政を追放し、土佐一条氏を頂点とする「大津御所体制」が崩壊した。これは単なる土佐国内の問題ではなく、天正8年6月以後の状況の変化によって、元親の織田政権政策が強硬寄りに変更され、「信長―内政―元親」の秩序を拒否した結果とされている。大津御所体制の解体を契機として、信長は元親に対する警戒を強め、対応を厳しくした。
3月、元親は信長の助力を得た三好康長・十河存保らの反攻を受けた。康長は息子の康俊を寝返らせ、十河存保は中国で毛利氏と交戦している羽柴秀吉と通じて、元親に圧迫を加えた。
5月、南予地方の軍代である久武親信が宇和郡の岡本城攻めで、伊予西園寺氏配下の土居清良との戦いで討死した（岡本城の戦い）。なお、この戦いでは、織田政権の奉行が西園寺氏の肩を持ち、「御上使」も派遣されていた。このことから、長宗我部氏と織田氏の友好関係が崩れていたことがうかがえる。
6月20日、信長は長宗我部氏に阿波三好氏との停戦令を出し、阿波を南北で折半するように命じた。そのため、元親は四国における領土を、土佐と阿波南半国のみの領有に制限されてしまった。
さらに、信長は羽柴秀吉の配下である生駒氏らを派兵し、11月までに淡路から阿波半国、東讃岐に至るまでを実効支配した。同月、信長は淡路平定を受けて、三好康長に阿波と讃岐の領有を認める朱印状を与えた。
ここに、信長は阿波と讃岐に対する新たな方針を示し、長宗我部氏ではなく、三好康長に両国を領有させようとした。元親としては、阿波三好氏と戦って得た阿波や讃岐の所領を失いかねない事態となった。
天正10年（1582年）1月、明智光秀が信長の意向を伝えられた元親の無念を察し、石谷頼辰（元親の義理の兄にあたる）を土佐に派遣して、元親を慰留するとともに、信長の朱印状を渡した。だが、元親は光秀に返事すら寄越さなかった。信長の朱印状の内容は不明だが、「織田方に阿波と讃岐を差し出せ」という内容だった可能性が高く、これが事実ならば元親には到底受け入れられるものではなかった。
またこの頃、毛利輝元に庇護されていた足利義昭より、元親に対する調略が行われるようになった。2月23日付で、義昭の側近・真木島昭光から土佐に逗留していた石谷光政（頼辰の父、元親の義父）に対して、元親に伊予の河野氏との和睦（予土和睦）を促し、自身の帰洛に尽力するように御内書が下されたことを記す書状が送られている。光政は義昭の兄・足利義輝に仕えた奉公衆でもあった。
3月、輝元の使者が土佐の元親のもとに訪れると、元親は使者から「毛利氏が織田方と直接対決するにあたり、伊予に侵攻しないでほしい」と依頼された。輝元が使者を送った背景には、信長との直接対決に備えて、河野氏や伊予西園寺氏から兵を借りる必要があり、その実現のために、彼らと敵対していた長宗我部氏との同盟が不可避になったからと考えられる。
元親は依頼を受け、信長と義昭が不和であることや、信長が三好康長に阿波と讃岐の両国を宛がう朱印状を出したことを理由に前向きな姿勢をみせ、伊予勢が毛利氏に加勢した際の留守を狙わないことを約束し、予土和睦が成立した。同時に、長宗我部氏と毛利氏との間で、芸土同盟も成立した。
5月7日、信長は四国国分案を出し、讃岐を三男の織田信孝に、阿波を三好康長に与え、土佐と伊予は自身が淡路に赴いた際に決めるとした。この国分案には、元親や十河存保、伊予の河野氏は入っておらず、信長は元親の阿波や讃岐における権益を認めていなかった。
そして、同月に信長は信孝を総大将として、四国攻撃軍を編成させた。三好康長がその先鋒として、同月上旬に阿波に攻め入り、一宮城と夷山城を落としたため、守将の池内氏・野中氏は土佐に撤退した。また、服属していた岩倉城の三好康俊もこれに呼応し、長宗我部氏から離反した。
5月21日、元親は明智光秀の家臣・斎藤利三に書状を送り、阿波の大西城と海部城以外から撤兵し、信長の四国国分案を受け入れる意向を示した。だが、元親は利三に書状を送る3日前、織田方に渡すはずの讃岐において家臣に土地を与えており、元親が信長の四国国分案にどこまで本気だったかは疑問が残る。
また、同21日に義昭の側近・真木島昭光が元親のもとにいた石谷光政に対して、輝元の仲介による長宗我部氏と河野氏の和睦を指示し、義昭の帰京に尽力するよう書状を送っている。このことから、元親は義昭や輝元とも通じ、信長に対して和戦両様の構えを取っていたようである。
6月2日、織田方の四国攻撃軍が渡海する予定であったが、その日に明智光秀による本能寺の変が起こり、信長は横死した。信長の死により、信孝の軍勢は四散し、四国への渡海は中止となった。また、三好康長も変報を聞くと、阿波から撤退した。
本能寺の変から数日後、淡路水軍の菅達長が淡路の洲本城を織田方から奪っているが、これは元親が裏で手を引いていた可能性がある。元親が織田方と交渉しつつも戦闘態勢を整え、渡海してきた織田勢の退路を断ち、撃破する計画を立てていたという見方もできる。
阿波の攻略・秀吉との対立
信長の死後、元親は近畿の政治空白に乗じて、再び勢力拡大を図るようになった。元親は岡豊城内において、家老や一両具足らと阿波攻略について話し合った。
8月、元親は宿敵であった十河存保を中富川の戦いで破って、阿波の大半を支配下に置いた。存保は一宮城と夷山城を放棄し、勝端城に退いた。
中富川の戦いののち、一宮城主の一宮成相が牛岐城主の新開道善と結び、反長宗我部勢力を結集しようとした。元親はこの動きを察知し、9月3日に成相を夷山城で、16日に道善を丈六寺でそれぞれ殺害した。
元親は後方の憂いを断つと、勝端城に籠もった存保を攻めた。これに対して、9月初旬に羽柴秀吉が十河存保を救うべく、配下の仙石秀久らを淡路から渡海させた。秀吉は阿波と讃岐の攻略する信長の方針を受け継ぎ、長宗我部氏と対立した。信長の死によって、元親と織田方との和解が事実上不可能となり、その織田方の路線を引き継いだ秀吉とは、当初から不協和音が生じることになった（公財）高知県文化財団 高知県立歴史民俗資料館・編集発行『岡豊風日 第127号』令和8年1月25日発行、p.4.。
9月21日、元親は勝端城を落城させ、阿波を完全に平定した。存保は阿波を離れ、讃岐の虎丸城に逃れた。
10月8日、阿波守護の細川真之が自害した（『三好記』）。真之の死の詳細については不明な点が多いが、一宮成相らの殺害に関連して、阿波を制圧した元親ら長宗我部氏による旧勢力の粛清が行われた可能性がある。
讃岐の攻略・柴田勝家らとの連携
阿波から讃岐に逃れた十河存保であったが、長宗我部氏に対抗すべく、秀吉に援軍を求めた。秀吉は仙石秀久を救援に向かわせ、屋島城・高松城など讃岐の長宗我部方の城を攻めさせるも、敗退した。さらに、小西行長の水軍に香西浦を攻めさせるも、これも敗退した。
10月、元親は讃岐に入り、十河城を攻めた（第一次十河城の戦い）。だが、冬が近づき、兵糧の運搬が困難になったため、元親は帰国した。
天正10年末から天正11年（1583年）にかけて、織田政権内で羽柴秀吉と柴田勝家の争いが本格化すると、元親は遅くとも天正11年正月までに、織田信孝を擁する勝家と手を結んだ。
この時期、伊予方面では、休戦状態にあった長宗我部氏と河野氏の対立が再燃し、河野氏が喜多郡に軍勢を出す事態にまで発展した。長宗我部氏は河野氏との関係悪化によって、河野氏と姻戚関係にあった毛利氏との関係まで悪化しかねない事態に陥った。
4月21日、元親は讃岐の引田で、仙石秀久の軍勢を破った（引田の戦い）。だが、同日に勝家は賤ヶ岳の戦いで秀吉に敗れ、越前に敗走した。その後、勝家は北ノ庄城で自害した。
5月、秀吉は元親を討つべく、軍勢を準備させている。5月13日付の秀吉の仙石秀久宛ての書状では、播磨・備前の軍を四国に向けるとしている。また、5月20日付の秀吉の石井与次兵衛尉宛ての書状では、水軍を大坂に集結させるよう命令している（『石井文書』）。
天正12年（1584年）3月から開始された小牧・長久手の戦いでは、 織田信雄や徳川家康による広範囲による作戦計画から、元親は信雄や家康と結んで秀吉に対抗した。また、信雄は元親に対し、輝元との仲介も依頼している。信雄や家康との連携は、輝元との関係が微妙になりつつあった元親にとって、現状を打破するために有用なものであった。そして、元親は四国を統一すべく、讃岐に兵を進めた。
6月11日、長宗我部勢が十河城を落とし、讃岐を平定した（第二次十河城の戦い）。この勝利の報は信雄や家康にも伝えられ、信雄が香宗我部親泰に十河落城の喜びを伝えている。
8月、元親は家康から淡路・摂津・播磨に出兵するよう促されたが、四国の統一を優先したため、これに応じなかった。とはいえ、元親の存在は信雄や家康にとって、秀吉の背後を脅かす存在として有用なものであった。
伊予の攻略・四国統一
元親は伊予国において、新居郡の金子元宅と同盟していたほか、南予の伊予西園寺氏の領土に勢力を拡大しようとした。他方、喜多郡を巡っては、長宗我部方の国人と河野氏との間で争いが起きており、河野氏が毛利氏に救援を求めていた。だが、毛利氏は芸土同盟の破綻を恐れて、この争いに介入しなかった。
9月11日、長宗我部勢は宇和郡の深田城を攻撃し、南予攻略を本格化させた。
10月、長宗我部勢は伊予西園寺氏の本拠・黒瀬城を攻撃し、陥落させた。輝元はこの黒瀬城の陥落を警戒して、河野氏に対し、児玉元良や井上春忠らを使者として送っている。
11月、長宗我部勢は喜多郡延尾などを次々に攻略し、南予に勢力を拡大した。これに対し、毛利氏も河野氏に援軍を派遣したため、長宗我部氏と毛利氏は交戦状態に入り、芸土同盟が完全に破綻した。
元親が輝元との同盟を破棄した背景には、喜多郡の長宗我部側の国人の存在があった。河野氏の圧迫を受けた長宗我部側の国人は元親に助力を求め、元親も他国の国人勢力を味方にして領土を拡大してきた背景から支援せざるを得なかった。他方、河野氏も長宗我部氏と直接争いたかったわけではなく、その軍事行動は以前から対立していた喜多郡への国人へのものであったが、結果として喜多郡を巡る争いが長宗我部氏と毛利氏の争いに繋がった。
同月、小牧・長久手の戦いが秀吉と信雄が和睦するという形で終結した。これにより、元親は外交的に孤立状態となった。 だが、元親は伊予の攻略を継続し、四国の統一を目指した。
天正13年（1585年）2月4日、長宗我部勢が喜多郡横松方面において、毛利勢に敗れた。
同年春、河野氏の当主・河野通直が降伏を申し入れ、伊予の諸領主も抵抗をやめたことにより、元親は四国を統一したとされる。だが、河野氏が降伏したという話は『土佐物語』にしか記されておらず、一次史料からは河野氏が抵抗を続けていたとみられることから、「元親は四国を統一できておらず、その目前に迫った」とする見解が示されている。
秀吉の四国攻め・元親の降伏 天正13年1月、秀吉と毛利輝元が和睦を結び、国境を策定した（京芸和睦）。その際、毛利氏配下の備中・美作の国人らが秀吉との国境策定によって所領を失っており、彼らの給地のためにも新たな領土を手に入れる必要があったことから、輝元は長宗我部氏の領土に目をつけていた。
同月、秀吉の配下である蜂須賀正勝と黒田孝高が小早川家臣の井上春忠に対し、夏に四国を攻めることや、伊予・土佐の両国を毛利氏に渡すこと、元親がそれについていろいろ願ってきているが受け入れないことを伝えている。また、輝元も家臣の児玉元良に対し、「土佐と伊予を渡すと秀吉が言ってきた」と伝えている。
3月、秀吉が紀州征伐により、根来寺などを壊滅させ、紀伊を平定した。このとき、元親は秀吉の鋭鋒をかわそうと使者を派遣して、進物を贈呈した。
4月、秀吉は輝元の叔父・小早川隆景に対し、近いうちに四国出兵を行う旨を伝えたという（『小早川文書』）。だが、5月上旬に秀吉は「6月3日」に変更し、5月下旬には「6月16日」に変更している。四国出兵の度重なる延期は、秀吉が体調を崩したというのが表向きの理由であったが、実際は元親と秀吉との間で交渉が続いていたからである。
両者の交渉において、元親は長男の信親を秀吉に「奉公」させ（事実上の人質である）、三男の津野親忠も人質として差し出した。そのうえで、元親は秀吉に対し、阿波・讃岐を割譲する代わりに、自身に土佐・伊予二国を秀吉から安堵されるよう申し出た。秀吉もこの案に乗りかけたが、伊予を巡って元親と対立関係に転じていた毛利氏が同国の領有を目指して強硬な態度を示したため、毛利側の意向を重視してまとまらなかったという（公財）高知県文化財団 高知県立歴史民俗資料館・編集発行『岡豊風日 第127号』令和8年1月25日発行、p.4.。間もなく、人質に出していた信親と親忠が大坂から送り返され、交渉は完全に決裂した（公財）高知県文化財団 高知県立歴史民俗資料館・編集発行『岡豊風日 第127号』令和8年1月25日発行、p.4.。
6月末、秀吉は元親討伐を決断（公財）高知県文化財団 高知県立歴史民俗資料館・編集発行『岡豊風日 第127号』令和8年1月25日発行、p.4.。弟の羽柴秀長を総大将とする軍を四国に派遣することを決定し、7月3日には秀吉自らも出陣することにしたが（四国攻め）、元親との和議を想定していた秀長から、「外聞」のため「遠慮」するよう押し留められ、実際に四国へ出向くことはなかった（公財）高知県文化財団 高知県立歴史民俗資料館・編集発行『岡豊風日 第127号』令和8年1月25日発行、p.4.。毛利氏は秀吉の決定を受け、小早川隆景が毛利氏の主力を率い、伊予に渡海することになった。
元親は秀吉方の攻撃に対し、阿波白地城を本拠に阿波・讃岐・伊予の海岸線沿いに防備を固め、抗戦した。元親は出陣前に亡父・国親の墓前に詣でて、その覚悟を表明している。
秀吉は、宇喜多秀家に検使・指図の役人として蜂須賀正勝・ 黒田孝高をつけて讃岐へ、小早川隆景・吉川元長率いる毛利勢を伊予へ、羽柴秀長・秀次の兵を阿波へと同時に派遣し、長宗我部方の城を相次いで攻略した。これに対し、元親は軍勢の各個撃破を狙い、植田城に宇喜多ら讃岐方面軍を引きつけ、その背後を自らの軍勢より挟撃する策を立てる。しかし、植田城の守りの堅さを見てとった孝高は、これを放置して阿波攻撃を優先することを主張したため、他の諸将も同意して阿波に入り、秀長軍と合流した。『図説 高知県の歴史』P134この転身により元親の策は水泡に帰し、大勢と化した秀長・宇喜多軍に対し打つ手立てを失うことになった。
秀長はさらに、元親方となっていた一宮城を守備していた谷忠澄と江村親俊宛てに、5日間の休戦を提案した上で、土佐一国を安堵させるよう秀長自ら秀吉に掛け合うことを約束する起請文を、元親へ敢えて遜った姿勢の文体で送り、その後、一宮城を開城させた（公財）高知県文化財団 高知県立歴史民俗資料館・編集発行『岡豊風日 第127号』令和8年1月25日発行、p.4.。阿波の戦線が崩壊して白地城までの道が裸に晒されると、元親は反戦派の家臣である谷忠澄の言を容れて、7月25日に降伏した。
その結果、元親は四国において、阿波・讃岐・伊予の三国を没収され、土佐一国のみを安堵された（四国国分）。かくして、秀吉が四国に出兵してからわずか一ヶ月で、元親が降伏する形によって戦いは決着した。
豊臣政権下
天正13年閏8月、元親は阿波の新領主となった蜂須賀正勝に対し、「秀吉から許しを得られたのは正勝のおかげだ」と記した書状を出している。このことから、元親が蜂須賀氏との関係を構築しようとしたことがうかがえる。
9月末（または10月初頭）、元親は土佐を出発し、上洛の途に就いた。そして、元親は京都において、羽柴秀長の付き添いの元、彼の家来である幕下として秀吉に謁見した（公財）高知県文化財団 高知県立歴史民俗資料館・編集発行『岡豊風日 第127号』令和8年1月25日発行、p.4.。秀吉は元親とその家臣に座敷能を見せて饗応し、金子100枚を下賜している。この面会は、元親の秀吉に対する服属儀礼の意味を有しており、恭順がより明確なものになった。
天正14年（1586年）正月、元親は大坂に赴き、秀吉に年頭の御礼を行った。秀吉は元親を饗応したほか、自ら大坂城の天守に案内し、筒服・刀・脇差などを下賜している。
7月、元親は秀吉から九州出兵を命じられた。元親は島津氏の圧迫に苦しむ大友氏の救援のため、嫡男の信親とともに出陣し、9月下旬に九州に上陸した（九州征伐）。
12月、長宗我部勢や大友勢、仙石勢は戸次川の戦いで島津方の策にはまって大敗し、この戦いで信親が討死した。元親は信親の死を知ると、自身も戦って討死しようとしたが、家臣の諌めにより、伊予の日振島に落ち延びた。
天正15年（1587年）9月下旬、元親は領内において、土佐郡から検地を開始した。元親は複数のグループによる土佐全土の調査を行い、何度か休止を挟みながらも、およそ四年間かけてこれを実行した。