法隆寺（ほうりゅうじ、）は、奈良県生駒郡斑鳩町法隆寺山内にある聖徳宗の総本山の寺院。山号はなし。本尊は釈迦如来。創建当時は斑鳩寺（鵤寺 = いかるがでら）と称し、後に法隆寺となった。法隆学問寺とも呼ばれる『国史大辞典』第12巻、p.662（「法隆寺」の項）。
法隆寺は7世紀に創建され、古代寺院の姿を現在に伝える仏教施設であり、厩戸皇子（後の聖徳太子）ゆかりの寺院である。創建は金堂薬師如来像光背銘、『上宮聖徳法王帝説』から推古15年（607年）とされる。金堂、五重塔を中心とする西院伽藍と、夢殿を中心とした東院伽藍に分けられる。境内の広さは約18万7千平方メートル。西院伽藍は、現存する世界最古の木造建築物群である【美の美】聖徳太子のまなざし(上)釈迦三尊像『日本経済新聞』朝刊2016年10月23日（16-17面）。。
法隆寺の建築物群は法起寺と共に、1993年（平成5年）に「法隆寺地域の仏教建造物」としてユネスコの世界遺産（文化遺産）に登録された。建造物以外にも、飛鳥・奈良時代の仏像、仏教工芸品など多数の文化財を有する。
歴史 thumb|金堂と五重塔 thumb|西院回廊と大講堂
thumb|聖霊院 thumb|夢殿
thumb|160px|木造観音菩薩像（救世観世音菩薩、夢殿安置）
創建（飛鳥、白凰、奈良時代） 574年 （敏達3年）聖徳太子が誕生する。 586年 （用明元年）法隆寺および薬師仏の造立を発願。 607年 （推古15年）法隆寺が完成。用明天皇のために金堂薬師如来像を造願。 622年 （推古30年）2月22日、聖徳太子薨去飛鳥時代から、白鳳、奈良、平安、鎌倉、室町、南北朝、江戸時代までの月日は、旧暦で記載。。橘大郎女、聖徳太子のために、天寿国曼荼羅繍帳を作成。 623年 （推古31年）止利仏師により金堂釈迦三尊像が完成。 643年 （皇極2年）11月、蘇我入鹿が、聖徳太子の皇子山背大兄王らを斑鳩宮に襲う。山背大兄王ら一族25人が自害し、聖徳太子の血族である上宮王家が滅亡。 670年 （天智9年）4月30日夜半、法隆寺炎上。「一屋無余」 708年 （和銅元年）詔により法隆寺を再建。 711年 （和銅4年）五重塔内塑像および中門金剛力士像を造る。 737年 （天平9年） 行信、聖徳太子の遺品を集める。 739年 （天平11年） 4月10日、行信、上宮王院（東院）夢殿を造立。 767年 （神護景雲元年）9月5日、行信発願の大般若経など2700巻の写経事業が、法資孝仁によって完成。
法隆寺がある斑鳩の地は、生駒山地の南端近くに位置し、大和川を通じて大和国（現・奈良県）と河内国（現・大阪府南部）とを結ぶ交通の要衝であった。付近には藤ノ木古墳をはじめとする多くの古墳や古墳時代の遺跡が存在し、この地が古くから一つの文化圏を形成していたことをうかがわせる（高田、1987年）p.4。
『日本書紀』によれば、聖徳太子こと厩戸皇子（用明天皇の皇子）は推古9年（601年）、飛鳥からこの地に移ることを決意し、宮室（斑鳩宮）の建造に着手、推古天皇13年（605年）に斑鳩宮に移り住んだという。法隆寺の東院の所在地が斑鳩宮の故地である。この斑鳩宮に接して建立されたのが斑鳩寺、すなわち法隆寺であった。明治時代の半ば（19世紀末頃）まで、法隆寺の西院伽藍の建物は創建以来1度も火災に遭わず、推古朝に聖徳太子の建立したものがそのまま残っていると信じられていた。しかし、『日本書紀』には天智天皇9年（670年）に法隆寺が全焼したという記事のあることから、現存する法隆寺の伽藍は火災で1度失われた後に再建されたものではないかという意見（再建論）が1887年（明治20年）頃から出されるようになった（菅政友、黒川真頼、小杉榲邨ら）。これに対し、『書紀』の記載は信用できず、西院伽藍は推古朝以来焼けていないと主張する学者たちもおり（平子鐸嶺、関野貞ら）、両者の論争（法隆寺再建・非再建論争）はその後数十年間続いた（論争の詳細については後述）（梶谷、2008年）p.42（高田、1987年）pp.26 - 28。
石田茂作らによる1939年（昭和14年）の旧伽藍（いわゆる若草伽藍）の発掘調査以降、現存の法隆寺西院伽藍は聖徳太子在世時の建築ではなく、1度焼亡した後に再建されたものであることが決定的となり、再建・非再建論争には終止符が打たれた。現存の西院伽藍については、持統7年（693年）に法隆寺で仁王会が行われている（『法隆寺資財帳』）ことから、少なくとも伽藍の中心である金堂はこの頃までに完成していたとみられる。同じく『資財帳』によれば、和銅4年（711年）には五重塔初層安置の塑像群や中門安置の金剛力士像が完成しているので、この頃までには五重塔、中門を含む西院伽藍全体が完成していたとみられる（高田、1987年）p.28（鈴木、1994年）pp.256 - 257（鈴木、2008年）pp.37 - 40。
現・西院伽藍の南東に位置する若草伽藍跡が焼失した創建法隆寺の跡であり、この伽藍が推古朝の建立であったことは、発掘調査の結果や出土瓦の年代などから定説となっている（高田、1987年）p.12。また、1939年（昭和14年）、東院の建物修理工事中に地下から掘立柱建物の跡が検出され、これが斑鳩宮の一部であると推定されている『国宝法隆寺展』図録、p. 228。
聖徳太子の実像については、20世紀末頃から再検討がなされており、『書紀』などが伝える聖徳太子の事績はことごとく捏造であるとする主張もある。ただし、こうした聖徳太子非実在論に対しては根強い反論もある。また、聖徳太子非実在論説を唱える大山誠一も、厩戸皇子という皇族の存在と、その人物が斑鳩寺（創建法隆寺）を建立したことまでは否定していない（曾根、2007年）pp.10 - 18。
金堂の「東の間」に安置される銅造薬師如来坐像（国宝）の光背銘には「用明天皇が自らの病気平癒のため伽藍建立を発願したが、用明天皇がほどなく亡くなったため、遺志を継いだ推古天皇と聖徳太子があらためて推古天皇15年（607年）、像と寺を完成した」という趣旨の記述がある。しかし、正史である『日本書紀』には（前述および後述の670年の火災の記事はあるが）法隆寺の創建については何も書かれていない。
前述の金堂薬師如来像については、1933年（昭和8年）、福山敏男により、 像自体の様式や鋳造技法の面から、実際の製作は7世紀後半に下るとみられる。 607年当時、日本における薬師如来信仰の存在が疑問視される。 銘文中の用語に疑問が持たれる。 という疑問が提出された。この説はおおむね支持を得ており、薬師像は文字通り607年まで遡る製作とは見なされていない。また、金堂の中央に安置される本尊は「623年に聖徳太子の冥福のため止利が造った」という内容の光背銘を持つ釈迦三尊像であり、これより古い薬師如来像が「東の間」に安置されて脇仏のような扱いをされている点も不審である。
皇極天皇2年（643年）、蘇我入鹿が山背大兄王を襲った際に斑鳩宮は焼失したが、法隆寺はこの時は無事だったと考えられる。
なお、八角堂の夢殿を中心とする東院伽藍は、天平11年（739年）、行信僧都が斑鳩宮の旧地に太子を偲んで建立したものである。
養老2年（718年）に県犬養橘三千代（橘夫人）が西円堂を建立したとする伝承がある。また、娘の光明皇后が多額の寄進を行い、孫娘の橘古那可智（聖武天皇夫人）の居所が寄進されて伝法院になったのも、彼女たちの法隆寺への信仰も三千代の影響と考えられる木本好信「橘古那可智の入内と藤原氏」『奈良平安時代史の諸問題』、和泉書房、2021年、p. 145。
中世以後（平安、鎌倉、室町、南北朝、江戸時代）
859年 （貞観元年）9月19日、道詮奏上して夢殿を修理。 1023年 （治安３年）10月26日、藤原道長、法隆寺および上宮王院に参詣。 1069年 （治暦5年）2月5日、仏師僧円快、秦到真、聖徳太子像を造る。 1114年 （永久2年） 勝賢、法隆寺一切経写経事業を発願。写経事業は、1118年（元永元年）に完成。 1121年 （保安2年） 東室を新造、南面を改造して聖霊院とし、院内に聖徳太子および侍者像5体を奉安。 1126年 （大治元年）7月19日、源義、開浦三昧堂を改めて三経院を造立。 1261年 （弘長元年）9月4日、後嵯峨太上天皇、行幸。 1574年（天正2年）正月、織田信長が陣取・寄宿、竹木伐採、矢銭・兵粮米の賦課などを禁じる朱印状を発給する。 1600年 （慶長5年）豊臣秀頼、このころから1606年（慶長11年）にかけて、法隆寺全伽藍を修理。 1614年 （慶長19年） 10月16日、徳川家康、大阪冬の陣に赴く途上、法隆寺で太子尊像を拝し、阿弥陀院で一泊する。
その後、聖徳太子の弟来目皇子の子孫と伝えられる登美氏の支配下に置かれていたが、平安時代初頭には登美氏からの自立への動きが強まった。この過程で法隆寺側と登美氏との間で発生したのが、善愷訴訟事件である。
延長3年（925年）には西院伽藍のうち大講堂、鐘楼が焼失し、大講堂が再建されたのは数十年後の正暦元年（990年）のことであった。以後、永享7年（1435年）には学侶と堂衆の武力衝突によって南大門が焼失したとされるなど、何度かの火災に遭ってはいるが、全山を焼失するような大火災には遭っておらず、建築、仏像をはじめ各時代の多くの文化財を今日に伝えている。
学侶・堂衆の相論 法隆寺の寺僧には、学業を主な任務とする学侶と、堂舎の管理や法会の承仕を担う堂衆という二つの身分階層があり、平安時代後期までには両者が成立していたとされる。学侶の子院は主に西院側、堂衆の子院は東院側にあったことから、それぞれ西寺・東寺と称された。身分上は学侶が堂衆の上位にあり、中世後期には両者の子院も学侶坊・堂衆坊として区別されるようになった。
天正2年（1574年）正月に織田信長が発給した朱印状には、陣取・寄宿などを禁じる一般的な禁制に加え、堂衆についても「先規」のままとする条項が含まれていた。それ以前に法隆寺へ発給された11通の禁制には同様の条項がみられず、宛所は「和州法隆寺」であったものの、実質的には西寺側に対して学侶と堂衆の従来の関係を保障する文書であったとみられる。少なくとも西寺側は、学侶による堂衆支配を信長が認めたものと解釈したと考えられている。
東寺が天正7年（1579年）に作成した訴状によれば、天正2年4月以前に西寺側の行為を「非分」として七か条にまとめて信長へ訴え、信長はそのうち1件について筒井順慶に事情を尋ねた。順慶の説明を受けて西寺側が「曲事」とされ、張本人とされた五坊の坊舎を処分する命令が下され、塙直政が上使として派遣されたという。同年6月1日には用水違乱を契機として学侶と堂衆が武力衝突を起こし、『多聞院日記』には堂衆4、5人が殺害されたとの風聞が記録されている。
同年11月10日、信長は東寺に朱印状を発給し、それまで寺領内で混在していた西寺・東寺の諸職を以後「各別」とし、東寺領および散在所領を安堵して、西寺が東寺領へ段銭以下を賦課することを禁じた。この文書は東寺側から「各別之御朱印」と呼ばれ、西寺から独立した立場を主張する根拠となった。正月の朱印状が西寺側の「先規」を保障する一方、11月の朱印状は東寺の「各別」を保障したため、双方がそれぞれ信長の朱印状を根拠として相反する権利を主張する状態となった。
直政は同年12月、井戸良弘を介して西寺側の朱印状を受け取り、東寺側の「各別之御朱印」も回収した。12月12日には双方に対し、翌春に信長が上洛した際に朱印状を披見・糺明し、改めて判断を下すと通知した。また、西寺側の五人衆について信長の意向が良好であり、上洛後に赦免される見込みであることも伝えている。西寺は赦免の実現と相論への対応のため、子院坊舎の売却などで資金を調達し、信長・直政・塙安弘らに礼物を贈って働きかけたとみられ、天正3年（1575年）3月には五人衆が赦免された。
しかし、その後も明確な裁定が下された形跡はない。同年11月には東寺・西寺双方の僧が在洛し、直政を仲介として判断を求めていたことが確認される。両者がその後も天正2年の各朱印状を根拠として権利を主張していることから、信長の上洛後にも両方の朱印状に代わる確定的な裁許は行われなかったとみられる。
天正6年（1578年）12月19日、信長は東寺に黒印状を発給し、先年の「各別之御朱印」に異議がないことを改めて確認した。これに伴い、松井友閑は西寺に対し、信長の朱印状に背いて徴収した反銭・反米を東寺へ返納するよう命じた。西寺は前年分以後の反銭を東寺へ引き渡すことを受け入れたものの、東寺側は反米・召米も受け取るべきであるとして同意せず、返納の範囲をめぐって交渉が続いた。
ところが天正7年2月、信長は再び「和州法隆寺」宛に、堂衆関係を「先規」のままとする天正2年正月の朱印状とほぼ同内容の禁制を発給した。西寺側はこれを「続目之御朱印」と称し、礼銭を調達するため寺辺所領を担保として堺の商人から米を借り入れている。ここでいう「続目」は当主や寺家の代替わりを意味せず、既存の権益保証を更新する趣旨であったと考えられている。翌3月10日には東寺に対しても、従来の朱印状に変更はないため新たな発給には及ばないとする黒印状が出され、信長は再び西寺・東寺双方の権益を認めることとなった。
東寺が後に作成した訴状によれば、同年5月4日、信長の臣である津田利右衛門、咄斎、春波および西寺衆ら約50人が「上意」を称して東寺へ入り、役者らを捕縛し、僧侶を打擲して刀傷を負わせ、坊舎や家財を破却した。また同月8日にも堂衆坊の西東住院へ押し入り、坊舎を占拠・破却したという。ただし、津田利右衛門らの行為が実際に信長の命令によるものであったかは明らかでない。
6月12日、信長は筒井順慶に朱印状を発給し、西寺側で乱妨を行った者を処罰し、東寺が受けた損害を西寺に弁償させ、その後は西寺・東寺を「各別」として双方にそれぞれの所管を行わせるよう命じた。命令の伝達と実施には松井友閑と一雲斎針阿弥が取次として関与し、針阿弥は順慶に西寺側の修理を急がせるよう東寺へ指示した。西寺は破却した西東住院の修理料を負担し、東寺へ返納すべき反銭225石のうち100石を同月中に渡した。この費用は寺辺所領を担保とする借米や、学侶構成員に課された僧別銭によって調達された。
天正8年（1580年）、大和国内の寺社・国人らに所領の指出提出が命じられると、法隆寺では西寺・東寺が別々に指出帳を提出し、所領面でも両者が「各別」として把握・固定された。ただし、西寺側の指出には31町余の所領について「堂衆江近年申掠押領」とする注記があり、この部分と従来の相論との関係は明らかでない。
天正10年（1582年）6月の本能寺の変から1か月余り後の7月23日、学侶と堂衆は和談の起請文を取り交わした。双方は、公儀との折衝にあたる使僧、棟別銭・間別銭賦課時の点検、寺内の検断、反銭の追加徴収禁止、用水の処理について共同で対応することを定めた。堂衆側の起請文には反銭・反米を返す旨も記されており、信長のもとで成立した「諸式各別」を解消し、反銭・反米の収納を西寺側に一元化する合意であったと考えられている。
その後、法隆寺は豊臣秀吉から大和国広瀬郡安辺などに1,000石を与えられ、これが近世を通じた根本寺領となった。学侶と堂衆の対立自体は江戸時代にも続き、堂衆は引き続き信長の「各別之御朱印」を権利主張の根拠とした。18世紀中頃に学侶側がまとめた覚書によれば、慶長15年（1610年）頃に相論が徳川家康へ持ち込まれ、信長の「新儀各別之御朱印」は採用せず、堂衆を従来どおり学侶の支配下に置く旨が申し渡されたという。
近世に入って、慶長年間（17世紀初頭）には豊臣秀頼によって、元禄 - 宝永年間（17世紀末 - 18世紀初頭）には江戸幕府5代将軍徳川綱吉の生母桂昌院によって伽藍の修造が行われた。
近代以降 1868年（明治元年）3月、神仏分離令。廃仏棄釈運動が起こる。 1878年（明治11年） 300件余の宝物を当時の皇室に献納し、金一万円を下賜された。これがいわゆる「法隆寺献納宝物」で、第二次世界大戦後は大部分が東京国立博物館の所蔵となり、ごく一部が皇室御物および宮内庁保管となっている。 1882年（明治15年） 法相宗に転じる。 1884年（明治17年） フェノロサ、岡倉覚三（天心）らにより法隆寺の宝物調査が行われ、夢殿の救世観音像がこの時数百年ぶりに開扉されたという（異説もある）。 1903年（明治36年） 佐伯定胤が管主となり、廃仏毀釈で衰微していた唯識の教えを復興する。 1934年（昭和9年） 「昭和の大修理」が開始。 1939年（昭和14年） 「若草伽藍」発掘。 1944年（昭和19年） 太平洋戦争下の爆撃から守るため、解体していた部材を安堵村（現・安堵町）などに疎開させる。 1947年（昭和22年） 復元中に天井板部材に建築当時の落書きがあることを発見NHK『戦争証言アーカイブス』日本ニュース戦後編 第７３号 1947年（昭和22年）6月3日。 1949年（昭和24年） 1月26日、金堂より失火。壁画を焼損する。 1950年（昭和25年） 法相宗を離脱し、聖徳宗を開く。 1951年（昭和26年）6月9日、法隆寺境内、史跡に指定される。 1967年（昭和42年）10月20日、法隆寺境内、歴史的特別保存地区に指定される。 焼損した金堂壁画再現事業が発願され、安田靫彦、前田青邨、橋本明治、吉岡堅二の4画伯が中心となり執筆される。 1969年（昭和44年）4月、金堂内陣上部小壁天人壁画再現事業を開始。 1971年（昭和46年）3月31日、金堂内陣上部小壁再現事業完成。4月2日 - 4日の3日間、聖徳太子1350年御聖諱法要が厳修される。 1985年（昭和60年） 6月30日、昭和の大修理完成。11月14日、法隆寺昭和大修理完成法要が厳修される。 1993年（平成5年）12月9日 ユネスコの世界遺産に登録。 2013年（平成25年）12月9日、大規模自然災害時には寺を緊急避難場所に開放する協定を斑鳩町と締結した「斑鳩町と災害協定 - 寺内一部を避難所に提供／法隆寺」奈良新聞ニュースサイト（2013年12月11日）2019年6月18日閲覧。。境内の南大門前広場や聖徳会館を避難場所として提供する。 2015年（平成27年）11月11日、1949年の火災で焼失した金堂壁画について、文化庁などと共同で総合的な科学調査を実施すると発表「法隆寺金堂壁画、初の科学調査 66年前に焼損 公開の可能性検討」 朝日新聞デジタル（2015年11月12日）2019年6月18日閲覧。。 2019年（平成31年）1月27日、法隆寺金堂壁画保存活用委員会の大野玄妙管長が、法隆寺金堂壁画を一般公開する方針を発表。 2023年（令和5年）9月7日、斑鳩町教育委員会が、「舟塚古墳」と呼称していた観光バス駐車場にある円形の植え込みで、奈良大学との共同発掘調査によって石室と副葬品を発見したと報じられた。 明治時代になると神仏分離が行われ、鎮守社であった龍田明神（現・龍田神社）と天満宮（現・斑鳩神社）が法隆寺から独立している。1869年（明治2年）には天満宮に法隆寺境内にあった総社明神、五所明神、白山権現が移された。
しかし、廃仏毀釈の影響で寺の維持が困難となると、1878年（明治11年）には管長千早定朝の決断で、聖徳太子画像（唐本御影、いわゆる聖徳太子二王子像）をはじめとする300件余の宝物を当時の皇室に献納し、金一万円を下賜された。これらの宝物は「法隆寺献納宝物」と呼ばれ、その大部分は現在、東京国立博物館の法隆寺宝物館で保管されている。
明治の初め頃には真言宗に所属するようになっていたが、1882年（明治15年）には興福寺と共に法相宗として独立する。
1934年（昭和9年）から「昭和の大修理」が開始され、金堂、五重塔をはじめとする諸堂宇の修理が行われた。この間、1936年（昭和11年）2月21日には、河内大和地震により金堂の基壇に亀裂が入るなどの被害が生じている家屋倒壊が続出、恐怖に包まれた大阪『大阪毎日新聞』昭和11年2月22日夕刊（『昭和ニュース事典第5巻 昭和10年-昭和11年』本編pp. 204–205 昭和ニュース事典編纂委員会 毎日コミュニケーションズ刊 1994年）。
「昭和の大修理」は第二次世界大戦を挿んで半世紀あまり続き、1985年（昭和60年）に至ってようやく完成記念法要が行われた。この間、1949年（昭和24年）には修理解体中の金堂において火災が発生し、金堂初層内部の柱と壁画を焼損した。このことがきっかけとなって、文化財保護法が制定されたことはよく知られる。昭和の大修理の際に裏山に築堤（ちくてい）して貯水池を建設、そこから境内に地下配管して自然水利による消火栓を建設した。1949年（昭和24年）の金堂火災に際して、初期消火に活用された。
1950年（昭和25年）に法相宗から独立し、聖徳宗を設立している。
1981年（昭和56年）からは「昭和資財帳調査」として、寺内の膨大な文化財の再調査が実施され、多くの新発見があった。調査の成果は『法隆寺の至宝－昭和資財帳』として小学館から刊行されている。
法隆寺を巡る論争・研究
再建・非再建論争
明治時代の半ば（19世紀末頃）まで、法隆寺の西院伽藍の建物は創建以来1度も火災に遭っておらず、飛鳥時代に聖徳太子の建立したものがそのまま残っていると信じられていた。しかし、歴史学や建築史学の進歩とともに、現存する法隆寺の伽藍は火災で1度失われた後に再建されたものではないかという意見（再建論）が1887年（明治20年）頃から出されるようになった（石田、1959年）、pp.106 - 107。
焼失と再建が疑われる時代には壬申の乱という大きな内乱が起きており、第38代天智天皇の息子である第39代弘文天皇の朝廷が天智天皇の弟とされる大海人皇子に敗北し、大海人皇子が第40代天皇になっている。その大海人皇子は鮮卑の建てた北魏（帝国）の文化の影響を大きく受けていた人物であるという説もある北魏#日本との関わり。。
非再建論の主張 （様式論）法隆寺の建築様式は他に見られない独特なもので、古風な様式を伝えている。薬師寺、唐招提寺などの建築が唐の建築の影響を受けているのに対し、法隆寺は朝鮮半島三国時代や、隋の建築の影響を受けている（関野貞）。 （尺度論）薬師寺などに使われている基準寸法は（645年の大化の改新で定められた）唐尺であるが、法隆寺に使われているのはそれより古い高麗尺である（関野貞）。 （干支一運錯簡論）『日本書紀』の法隆寺焼失の記事は年代が誤っており、干支が一巡する60年前の火災の記事（『聖徳太子伝補闕記』所収）を誤って伝えたものであろう（平子鐸嶺）。
再建論の主張 『聖徳太子伝補闕記』には荒唐無稽な記述が多く、これをもって『日本書紀』の記述を否定することはできない（喜田貞吉）。 再建時に元の礎石を再使用すれば古い尺度が使われることになるので、高麗尺が使われているといっても建設年代の決定的な証拠にはならない（喜田貞吉）。
論争の歴史 『日本書紀』天智天皇9年（670年）4月30日条には「夜半之後、災法隆寺、一屋無余」（夜半之後（あかつき）、法隆寺に災（ひつ）けり、一屋（ひとつのいえ）も余ること無し）との記述があり、これを信じるならば、法隆寺の伽藍は670年に1度焼失し、現存する西院伽藍はそれ以後の再建ということになる。最初に再建論を唱えたのは旧水戸藩士で歴史家の菅政友とされ、黒川真頼（国学者・東京帝国大学教授）は天智9年（670年）4月に創建法隆寺は焼亡し、現在の西院伽藍は和銅年間（708年 - 715年）に再建したものという説を唱えた『黒川真頼全集』第３美術篇、工芸篇、196 - 218頁「法隆寺建築説」、国書刊行会、1910年（明治43年）。国立国会図書館デジタルコレクション。小杉榲邨（国学者）も明治20年代に再建論を唱えている。一方、『書紀』の当該記述は信用できないとして、現存する西院伽藍は推古朝のもので、焼けてはいないとの主張（非再建論）が関野貞（建築史家）と平子鐸嶺（美術史家）により、1905年（明治38年）に相次いで発表された。建築史の研究者である関野は、建築様式や建築に用いた尺度などの観点から、西院伽藍は推古朝のものであるとした。関野によると、法隆寺西院伽藍の建築には、古い尺度である高麗尺が使用されているが、大化元年（645年）を境として以後は唐尺が使用されるようになった。したがって、西院伽藍は大化以前のものでなければならないとする。平子は「干支一運錯簡説」を唱えた。『書紀』は干支による紀年法を採用しているが、干支は60年で一巡するため、『書紀』の法隆寺火災の記事は実年代から60年ずれているとする説である。『聖徳太子伝補闕記』（ふけつき）という書物に「庚午年四月三十日夜半有災斑鳩寺」という記載があるが、平子はこの「庚午」を西暦670年ではなく聖徳太子在世中の610年のことであるとし、『書紀』の編者は、推古天皇18年（610年）の庚午年に起きた火災の話を誤って60年後の天智9年（670年）の庚午年の条に入れてしまった。また、610年の火災は小規模なもので、現存する西院伽藍は推古朝から焼けていないと主張した（石田、1959年）、pp.107 - 109（大橋、1998年）、pp.16 - 17。
これにただちに反論したのが歴史家の喜田貞吉である。喜田は、焼失した伽藍が元の礎石を用いて再建されたのなら、尺度も古い高麗尺が使われているのは当然だとして関野説を批判した。平子説については、『補闕記』には信用できない記述が多く、これをもって『書紀』の670年法隆寺火災の記事を否定することはできないとして、これをも退けた。こうした再建論者・非再建論者の論争（法隆寺再建非再建論争）は昭和期まで続いた（大橋、1998年）、pp.18 - 19。
昭和期になると、関野貞、足立康らが「二寺説」あるいは「新非再建論」と呼ばれる新説を唱える。関野は従来の自説を改め、「二寺説」を発表した。法隆寺の境内、現・西院伽藍の南東に位置する空地には「若草伽藍跡」あるいは「若草寺跡」と呼ばれる場所があり、塔跡の古い礎石が残されていた。関野は、用明天皇のために造られた薬師如来を本尊とする伽藍（西院伽藍）と、聖徳太子のために造られた釈迦如来を本尊とする伽藍（若草伽藍）とは別の寺であり、670年に焼けたのは後者であるとした。二寺説は、古くは北畠治房（法隆寺村出身の元天誅組志士）という人物が唱えていたが、論文として公刊されたものでなかったため、一般には知られていなかった。足立康の「新非再建論」（1939年）は、用明天皇のために造られた薬師如来を本尊とする仮称「用明寺」と、聖徳太子のために造られた釈迦如来を本尊とする釈迦如来を安置する仮称「太子寺」とがあり、670年に焼けたのは前者であるとする。後に足立は、2つの寺院が対立していたのではなく、一つの法隆寺の中に釈迦像を祀る「釈迦堂」があって、その後身が現・西院伽藍であるとした（石田、1959年）、pp.111 - 112（大橋、1998年）、pp.23 - 28。
1939年（昭和14年）に、石田茂作らによって若草伽藍跡の発掘調査が行われた。その結果、この伽藍は現存する西院伽藍（塔と金堂が東西に並ぶ）とは異なり、南に塔、北に金堂が南北方向に配置される「四天王寺式伽藍配置」であること、堂塔が真南に面しておらず、伽藍配置の中心軸が北西方向へ20度ずれていることがわかった。一方、現存する西院伽藍の堂塔は南を正面とし、伽藍の中心軸はほぼ地図上の南北に一致している（正確には北東方向へ3度ずれている）。したがって、仮に「若草寺」と「法隆寺」の2寺が同時に存在していたとすると、中心軸の方角が大きく異なる伽藍が近接して建っていたことになり、不自然である。また、若草伽藍跡から出土した瓦は、単弁蓮華文の軒丸瓦と手彫り忍冬唐草文の軒平瓦を組み合わせた、古い様式のものであった（鈴木、2008年）、p.37。こうしたことから、若草伽藍跡こそが創建法隆寺であり、これが1度焼失した後にあらためて建てられたものが現存する法隆寺西院伽藍であるということは定説となっている（大橋、1998年）、pp.28 - 30。