『風の谷のナウシカ』（かぜのたにのナウシカ）は、宮崎駿による日本の漫画。アニメ監督・アニメーターでもある宮崎が、1982年に徳間書店のアニメ雑誌『アニメージュ』誌上にて発表したSF・ファンタジー作品。
戦争による科学文明の崩壊後、異形の生態系に覆われた終末世界を舞台に、人と自然の歩むべき道を求める少女ナウシカの姿を描く。1984年に宮崎自身の監督による劇場アニメ『風の谷のナウシカ』が公開された。2019年、歌舞伎化された。
漫画版は『アニメージュ』1982年2月号より連載を開始し、長編アニメ映画の制作などを理由に4度の中断期間 （） を挟みながら、1994年3月号にて完結した。1994年に第23回日本漫画家協会賞大賞、1995年に第26回星雲賞コミック部門を受賞。2023年7月時点での累計発行部数は1780万部を突破している。海外でも8か国語で翻訳・出版されている。2007年の文化庁メディア芸術祭「日本のメディア芸術100選」マンガ部門で第8位に選出された。
あらすじ
高度産業文明を崩壊させた「火の7日間」という最終戦争から1,000年後の地球。汚染された大地には異形の生態系である菌類の森「腐海」が徐々に拡がり、腐海には昆虫に似た蟲（むし）と呼ばれる巨大生物達が生息する。 菌類は一欠片でも村に侵入を許せば、たちどころに汚染が広がり、菌類が放出する瘴気（しょうき）は、多量に吸い込めば一時も持たず死に至る。衰退した人類たちは瘴気と蟲に怯えながら、錆とセラミック片に覆われた荒廃した世界での暮らしを営んでいた。 トルメキア、土鬼（ドルク）という敵対する二大列強国が覇権を争っている中、腐海の辺境にあるトルメキアと盟約を結ぶ小国風の谷から、物語は始まる。風の谷の族長ジルは、腐海の毒に侵されて病床にあり、ジルの娘ナウシカが代理で国を治めていた。
ある日、ペジテ市を滅ぼしたトルメキアの第四皇女クシャナ及び親衛隊から逃れるため、ペジテの避難民を乗せたブリッグが、腐海に隠れ蟲を殺した為、蟲に襲われ風の谷に近い腐海の縁に墜落する。ブリッグに搭乗していた瀕死の王女ラステルは、救助に駆け付けたナウシカにとある石を託し、兄に渡して欲しいと懇願して事切れる。その石は、最終戦争で世界を滅ぼした巨神兵を蘇らせる鍵となる秘石であった。 巨神兵を得ようとしたクシャナ達が、秘石の捜索の為に風の谷に飛来。検疫を受けないままの強行着陸をとがめたナウシカは、クシャナの部下と一騎討ちを演じる。ナウシカの師匠でもある旅の剣士ユパの仲裁で停戦し、クシャナ達は谷を去る。やがてトルメキアは土鬼との戦争の為、盟約を盾に辺境諸国に出征を強いる。夜明けと共にナウシカは父ジルに代わり、風の谷のガンシップに乗り、城オジと呼ばれる数名の老従者と共にクシャナ支隊へ合流する。
土鬼の地へ向けて腐海を南進するクシャナ支隊の空中艦隊を、ラステルの兄アスベルが操るペジテのガンシップが単機で奇襲し、多大な損害を与えるも装甲コルベットに撃墜される。乱戦の中で風の谷のバージのワイヤーが切れ、不時着水する。バージを回収する為に降下したナウシカは、地蟲（じむし）と翅蟲（はむし）に襲われるアスベルを、腐海下層部でメーヴェで救出するが、翅蟲達に追われ腐海の奥に逃げる途中、彼がメーヴェから落ち着地する。直後にナウシカは翅蟲達に襲われ、メーヴェから落ち瘴気マスクを失い、気絶し着地する。その後目覚めたナウシカは、腐海下層部の大気が清浄である事を発見する。そして、その地の砂とナウシカが以前ユパに見せられた腐海下層部の無毒の砂との共通点を見出し、腐海が汚染された大地を浄化している真実に気づく。
劣勢の土鬼軍は、腐海の植物を品種改良し、特殊な瘴気を出す生物兵器を、土鬼の町に駐留するトルメキア軍に対し使用した。この人工の森の瘴気は蟲を死に至らせる物であり、マスクを持たない軍を撃退する事に成功した。しかし、トルメキアに輸送中の菌類の苗が土鬼各所で一斉に突然変異を起こし生じた、重マスクでも浄化できない程の強毒の瘴気を出し、増殖力の大きな粘菌が暴走し始め、事態は収拾不能になる。かねてからこの粘菌の発生を予知していた蟲は、暴走する粘菌に向かって大量に集結した。蟲達が粘菌に自らを吸収させる事で粘菌はやがて通常の瘴気並に弱毒化し、暴走は収束していく。大量の蟲（特に王蟲（オーム））が移動する現象は物語中で「」と呼ばれており、移動する蟲の体に付着した胞子が蟲の死骸を介して拡がり、腐海をより拡大してしまう。結果、土鬼の主要な国土はほとんど滅亡するに至った。 ナウシカが大海嘯を止めようと土鬼の地を1人で探索する内に、大海嘯が収束し、「森の人」と呼ばれる種族の1人、幽体離脱をしたセルムに導かれ、彼女は幽体離脱をし、腐海の植物群が浄化し、蟲達が守る、「青き清浄の地」を見る。その後、土鬼軍がペジテに駐留するクシャナ支隊の蟲使いから奪取し、土鬼で復活させ、トルメキアに輸送中の眠る巨神兵の胎児と土鬼で会ったナウシカは、覚醒した胎児の前でアスベルに託された秘石を掲げ、巨神兵の母となる。土鬼の聖都シュワにある「墓所」と呼ばれる施設は、内部に旧世界の科学技術を保存しており、皇帝達に技術を与える事で世界を動かしていた。墓所の技術で戦争利用の為、腐海植物を品種改良した他、巨神兵を復活させた事を知ったナウシカは、今起きている瘴気を使う戦争を止め、巨神兵の戦争利用を防ぐ為、「墓所」を永久に封印しようと巨神兵と共にシュワに向かう。
旅の途中ナウシカは、エフタル語で「無垢」を意味する「オーマ」と巨神兵に名づける。生まれたばかりの赤子のような幼児性と残虐性を持ち合わせていた巨神兵は、名を得るや急速に知能レベルを発達させ、旧世界におけるあらゆる利害を調停する為に人工的に作られた神、「裁定者」としての役割に目覚める、、、、。 その後ナウシカは、古代の動植物や文化を保存している「庭園」の中に入り、オーマと別れ、「庭園の主」と会話した際、セルムに助けられ、腐海生物が旧世界の技術による人工生命体であること、自身を含む現生人類及び腐海外の現生動植物は、旧世界の人々が、汚染された環境に適合するよう人類及び旧世界の動植物を改造した人工種であり、浄化完了後の清浄な世界では腐海生物同様に生存できないという事実を知る。旧世界の人々は腐海を作り出して世界の浄化完了後、火の7日間によって絶滅に瀕した科学文明勃興以前の動植物や文化を復活させると共に、清浄な世界で生きられる体を持つ、穏やかな新人類をこの世に生み出し、世界を再建する事を目的としていたのだ。 「墓所」はそれ自体が意識と旧世界の科学知識を持つ人工生命体でもあり、墓所とシュワに到着したオーマが互いに攻撃し合った結果、街は墓所以外跡形もなく壊滅する。
遅れて到着したナウシカは墓所の中に入る。墓所の中枢にあり、表面に1,000年前の古代文字が現れる肉塊は、「墓所の主」と呼ばれ、ナウシカに浄化完了後の戦争のない理想郷を作る為に協力して欲しいと言い、汚染に適応した現生人類を元に戻す技術も表面に記されてあるとも言う。しかしナウシカは、清浄のみを追求し一切の汚濁を認めない旧世界の計画に反発して協力を拒否し、「墓所の主」をオーマに握り潰させる。 その後「墓所」は、旧世界を研究し「墓所の主」と共にいる事を望む科学者達と、ヒドラ達、そして新人類の卵を内部に収めたまま倒壊した。「苦しみや悲しみ、そして死も人間の一部である事を受け入れ、汚濁と共に生きてゆく事」。それがナウシカの選択であった。
オーマはナウシカに看取られながら役目を終え、生き延びたナウシカは全ての真実を胸の奥に秘めたまま帰還する。そして、土鬼の地に留まり土鬼の民と共に生き、土鬼で会った少年チククの成人後に風の谷に帰ったとも、やがて森の人の元へ去ったとも言い伝えられたという。
登場人物
ナウシカ 主人公。風の谷の族長ジルの末娘で16歳。「風使い」として大気の流れを読む能力を持ち、動力付き小型グライダーのメーヴェを乗りこなす。腐海を含めた全ての生き物を愛し、それらと心を通わす力を持つ。父に代わって参戦したトルメキア戦役で見出した異変について調べるべく、クシャナと共に土鬼の地へ赴く。
アスベル ペジテ市長の息子で16歳。勇猛果敢な少年。故郷を滅ぼしたトルメキア軍の空中艦隊を奇襲するも撃墜され、墜ちた先の腐海でナウシカに助けられる。ナウシカと共に土鬼の船に捕縛されるが彼女を逃す代わりに自身は残り、後に土鬼の人々を皇帝から離反させる原動力になる。ラステルという妹がいたが、避難民と共に乗っていた貨物船が墜落し亡くしている。
ミト 風の谷の城で働く城オジのリーダー格で40歳。左目に眼帯をつけたいかつい風貌だが根は心配性で、常にナウシカのことを案じている。ナウシカと共にトルメキア軍に従軍した後一度は谷へ帰らされるものの、ナウシカの力になるべくガンシップで土鬼の地に向かう。
ユパ ジルの旧友でナウシカの師。45歳。腐海一の剣士と呼ばれている。トリウマ2頭と共に腐海の謎を解くための旅を続けており、時折谷へ帰ってくる。ナウシカには誕生日のお祝いとしてキツネリス（ナウシカにテトと名付けられる）をナウシカに贈ったり、ナウシカの出陣の際はトリウマの内1頭を贈った。潜り込んだ腐海の蟲使いの村でアスベルと土鬼の少女ケチャに出会い、以後行動を共にする。終盤、復讐に駆られた土鬼兵の刃からクシャナを身を挺して庇い、両者の和解を成した。
クシャナ トルメキア王国の第4皇女で25歳。王家で唯一先王の血を引き、容姿・武才共に優れ、トルメキア第3軍最高指揮官として兵から絶大な信頼と忠誠を得ている。そのために父や兄から疎まれ、トルメキア戦役では主力を召し上げられた上で使い潰され、また自身の進軍経路も敵軍に密告されており率いていた部隊は潰滅した。ナウシカと共に行動する中で、憎しみに依らない生き方を知る。
クロトワ クシャナ付きの参謀。平民出の軍大学院卒で27歳。軍目付としてヴ王から送り込まれたが生き延びるためにクシャナに寝返り、戦乱を潜り抜ける中でお互いに信頼しあう仲となる。
ミラルパ 土鬼神聖皇帝（皇弟）。超常の力を持ち兄を差し置いて実権を握っていた。墓所の技術によって100年以上生きており、かつては慈悲深い名君だったが愚かなままの民に失望し暴君に成り果てた。古い伝承の「青き衣の者」と重なるナウシカを抹殺しようと何度も襲うがその度に撃退され、最終的に兄によって誅殺された。
ナムリス 土鬼神聖皇帝（皇兄）。超常の力がなく組み敷かれていたが、弟を殺し実権を握る。墓所の技術によってヒドラと同じ体に改造されている。トルメキアに逆侵攻しクシャナと共に土鬼＝トルメキア二重帝国を建てるという「血をたぎらせ」るための計画を立てるが、ナウシカと対決した際に目覚めた巨神兵によって重傷を負い、後に頭だけになった挙句腐海へと落ちていった。
チクク 土鬼先王朝・土王のクルバルカ家末裔の幼い少年。ナウシカが旅の途中で立ち寄ったオアシスで出会い、以後行動を共にする。強力な超常の力を持ち、その力でナウシカやユパの手助けをする。
セルム 森の人と呼ばれる腐海に住まう一族の少年。森に墜落したユパたちや意識が自閉したナウシカを助け、導きを与える。
蟲使いたち
腐海に住み、蟲を使って金目の物を漁る一族。金のためにはトルメキア・土鬼どちらにも利する。終盤、ナウシカのために各部族から若者が一人ずつ選びだされ、共にシュワへ向かった。
設定 英語名（※漫画の英訳版、および、映画の吹替版として2003年にウォルト・ディズニー・ピクチャーズから発売された北米再吹替版〈en〉における名称）は特定できるものに限って表記する（○○と表示する）。英語名は日本語名の対訳名ではなく、あくまで英語版における当該キャラクター名や事象名を示している。映画の最初の英語吹替版である "Warriors of the Wind "（en. 1985年発売）における名前は、ニューワールド・ピクチャーズ製ということで記号「」の後に表記する。こちらは現在は通用していないので、表記も太字で強調しない（※太字で強調しているのは現在の通用名）。
世界観 産業革命から1,000年を経て極限まで科学技術の発展した人類社会が、「火の7日間」と呼ばれる最終戦争によって滅びてからさらに1,000年余りが経過した未来の地球が舞台。作中ではセラミック時代終末期と記述されている。
火の7日間によって地球全体に有毒の汚染物質がばらまかれており、更に陸地の大部分は菌類の森「腐海」に覆われ、人類は腐海の毒が及ばない地域で生活している。しかし腐海は少しずつ広がり続けており、わずかに届く毒で子は育たず、石化の病が流行り、人口は減り続けている。また海は「この星の汚染物質が最後にたどり着く所」とされ、人類は海からの恩恵も得られなくなっている。火の7日間以前の産業文明は旧世界と呼ばれ、かつての高度な科学技術は失われて地下の古代都市から発掘された遺物を利用するに留まり、人々の生活様式は現代からすら大きく後退している。それでも人類同士の勢力抗争は続いており、作中ではトルメキア王国と土鬼諸侯国連合の間で勃発したトルメキア戦役の模様が描かれる。また王国内では王位継承権を巡り権力闘争が続いている。
終盤では、文明を衰退に追いやった諸々の事象が世界を再建する為の遠大な計画であったという真実が語られる。火の7日間は兵器としての巨神兵が世界を焼き尽くした戦争と伝えられてきたが、巨神兵の真の役目である裁定により世界破壊が選択された事が示唆されている。腐海も序盤では汚染された世界を浄化するために生まれたという仮説が述べられるが、これも旧世界によって人工的に作り出されたことが示されている。人類や腐海外の動植物はかつての生命工学によって毒へ耐性を持つよう作り変えられており、逆に清浄な世界では生きていけなくなっている。そして旧世界の知識と技術は、墓所の主や庭園の主といったかつて作られた人工神により守られていた。
国家 辺境諸国 トルメキアの北西に広がるエフタル砂漠に点在する小国群。風の谷のような農耕国や、ペジテ市のような工房都市など様々な国からなる。表向きは辺境自治国だが、実際はトルメキアを宗主とする事実上の属領である。自治権の保証と引き替えに、トルメキア王の召集に応じて各国の族長が参戦するという盟約を結んでいる。 これらの辺境諸族はかつて存在した「エフタル」という王国の末裔である。エフタルでは火の7日間で失われたはずの技術が守り伝えられていたが、物語から300年前の王位継承をめぐる内戦とそれが引き金になって発生した3度目の大海嘯により滅亡し、技術は失われ国土の大半は腐海に没した。わずかに生き延びた人々が腐海のほとりに住み続け、トルメキアの属領になったという。 作中ではトルメキア戦役勃発に伴って各族長が招集されクシャナの指揮下に置かれるが、クシャナ部隊壊滅後は解散。土鬼の脅威に備えて、トルメキアとの盟約を破棄し再びエフタルの旗の下に連合を組む。
風の谷（Valley of the Wind） 主人公ナウシカの故郷である辺境の小国。人口は500人未満。辺境の中でもトルメキアに近く、腐海が特に海に接近している地域にある。海岸から続く谷に立地し、海風によって腐海の瘴気から守られているが、それでもわずかに届く毒が死産や石化の病を起こし人口は少しずつ減っている。谷には風車が多数建っており、人々は主に農耕に従事している。 立地上風が非常に重要視されており、「風の神さま」に祈るシーンが複数回あるほか、大気の流れを読み取って人々を瘴気や流砂から守る「風使い」という職がある。 ナウシカの言葉が「エフタルの言葉」といわれたり、風の谷の使者の作法が「エフタルの民の作法」といわれるなど、文化の面では旧エフタルから多くを引き継いでいるようである。 なお、映画終盤で風の谷の人々が籠城した酸の湖岸の旧世界の宇宙船の残骸は、原作では風の谷の東北東200リーグ（約360 km）にあり、風の谷ではなく工房都市セム市に属する鉱山になっている。また酸の湖も、映画では谷と腐海の間の砂漠にあるが、原作では辺境諸国と土鬼諸侯連合のほぼ中間に位置する腐海のただ中で位置が異なっている。
ペジテ市（Pejite、Placeda） 辺境の工房都市国家で、風の谷の隣国。エフタル砂漠の中にあり、腐海からは100リーグ（約180 km）ほど離れている。市中には500年に渡って古代都市からエンジンなどを発掘し続けた地下坑道がある。 物語前年の暮れに巨神兵を発掘し、手違いから復活させてしまう。そのためトルメキアによって都市は破壊しつくされ、人々は皆殺しにされた。唯一脱出したブリッグは腐海に隠れた際に蟲に襲われ墜落、乗っていた避難民は全滅した。 映画でも同様にトルメキア軍に占拠されるが、王族と共に脱出したブリッグは逃げ延びており、彼らの手引きによってペジテ市は蟲の大群に襲われ占拠するトルメキア軍ごと壊滅した。
トルメキア（Torumekia、Temecula） 正式名称はトルメキア王国。風の谷の東にある大きな半島に広がる大国。王都トラスはかつての巨大都市に寄生しており、数多くの超高層ビルが立ち並ぶが、いずれも廃墟である。現王はヴ王で、子は3人の皇子と末娘の皇女クシャナ。やはり人口が減少し続けており、土鬼からの奴隷で減少分を賄おうとしていた。 王族による過酷な王位継承争いが古くから続いており、ヴ王は「我が血は最も古く、しかして常に新しい」と称している。クシャナのみが先王の血を引いているが兄たちとは「血を分け」ており、3皇子は異母兄弟・ヴ王の連れ子と言える。トルメキア戦役ではクシャナの育て上げた軍団は召し上げられた上で敵地に置き去りにされ、クシャナ自身も僅かな手勢と辺境の雑戦力で進撃を命じられた挙句進撃経路は土鬼側に内通されていた。トルメキア王家の紋章である「互いに争う双頭の蛇」は、これらの王家代々の骨肉の争いを象徴していると皮肉られている。 最終盤、王位はヴ王からクシャナに譲られたがクシャナは即位せず生涯「代王」を名乗り、以後トルメキアは王を持たぬ国になったとされる。 映画ではトルメキア帝国に国号が変わっており、西方の強大な軍事帝国ということになっている。発掘された巨神兵を狙って突如侵攻してきた敵国として描かれる。
土鬼諸侯国連合（Dorok） トルメキアとは内海、辺境とは腐海を隔てた先にある部族国家の連合体。はるか内陸の聖都シュワを中心とした皇帝領、7つの大侯国、20余の小侯国と多数の小部族国家のあわせて51の国から成り立つ。流通硬貨はトルメキアの硬貨より質が良く、戦役の影響で国外でも使用されるようになっている。 神聖皇帝と、その下の官僚機構である僧会が国政を担っている。政教一致が強く、各侯国の族長が僧侶であったり、僧会が独自の軍事力である僧兵を保有したり、国政を儀式化している部分もある。現神聖皇帝は皇兄ナムリスと皇弟ミラルパの兄弟だが、超常の力を持つミラルパが実権を握っている。中盤、ナムリスが弟を謀殺して実権を掌握し、僧会の権力を剥奪しその構成員の粛清を行った。国内でも部族間の揉め事が絶えず、内紛の火種を抱えた状態にある。その為、国の統治は僧会と神聖皇帝家に対する畏怖と崇拝、力への恐怖と尊崇による恐怖政治に依存していた。 かつては「土王」と呼ばれるクルバルカ家が土鬼の地を治めていたが、時代が下るごとに圧政と狂気に満ちた政治になり、先代の神聖皇帝により簒奪された。土鬼諸国の庶民の間には、いまだにクルバルカ家に対する崇敬や、先代神聖皇帝と僧会によって禁止されたはずの土着宗教の信仰が密かに残っており、僧会の布教と土着信仰が混同されている所もある。 歴代の王が聖都シュワにある墓所の中にいる墓所の主と契約を結び、墓所に保存された旧世界の技術を利用している。戦争でも墓所の技術を利用し、腐海瘴気の兵器化や巨神兵の蘇生などで戦争を有利に導くはずだったが、最終的に大海嘯を引き起こしてしまい、国土のうち広大な内陸部が腐海となり失われ沿岸部だけが残った。 映画では登場しない。
サパタ土侯国 土鬼諸侯国連合を構成する部族国家のひとつ。内陸部で腐海から100リーグほど離れており、穀倉地帯がある。トルメキア戦役においてその都城にトルメキア第3軍第1連隊が籠城し包囲されるが、クシャナ主導による攻勢で全滅を免れ、後に1個中隊を残して脱出した。その後の大海嘯でサパタを含む土鬼内陸部は腐海に飲まれた。サパタ族はサジュ族と仇敵であるらしい。
墓所（The Crypt） 聖都シュワの中心部にある旧世界が遺した建物。真っ黒な四角錐台で、様々な形状のブロックを組み合わせたような見た目をしている。周囲は深さ300メルテ以上の空堀に囲まれており、連絡は正面の橋を渡るしかない。非常に硬質な素材で、生半可な攻撃ではかすり傷すらつけることができない。扉の上には「目」がついており、侵入しようとするものを光線で攻撃する。巨神兵のような強大な相手には、外壁を動かして開けた穴からより強力な光弾で攻撃することができる。 土鬼の歴代王朝は墓所に協力する代わりに技術提供を受ける契約を結び、墓所の周りに王都を築いてきた。墓所はそれ自体がいきものであり、多少傷つけられても自ら修復する能力がある。地下深くにある肉塊は墓所の主と呼ばれ、火の7日間で焼き尽くされる以前の高度な科学技術を保存している。墓所の主の表面には古代文字の文書が夏至と冬至の年2回1行ずつ現れ、教団と名乗る科学者達が来たるべき浄化の時の再建の光となるべく、墓所の内部に住居を築いて解析・解読を行っている。この文書が全て現れた時が世界が清浄に戻った時であり、汚染に適応した人類を元に戻す技術も現れるという。また墓所の内部には穏やかで賢い新人類となるはずの卵が多数存在する。墓所の血は王蟲の血より更に青く、ナウシカは両者が同じだと気づいた。 墓所と巨神兵の戦いでトルメキア軍が全滅したことでヴ王は墓所内部に招かれる。追ってナウシカも到着し墓所の主と対面するが、完全に清浄な世界の復活を語る主をナウシカは否定。主の本体たる肉塊をオーマに握りつぶさせ、墓所は崩壊した。
腐海 腐海（Toxic Jungle、Toxic Jungle） 巨大な菌類からなる樹海で、蟲（むし）と呼ばれる異形の生物達が棲んでいる。木々は空気中に瘴気と呼ばれる毒ガスを放出する為、瘴気マスクをつけなければ人間や一般の生物が腐海の中で生存することはできない。蟲や植物、粘菌といった種の枠すら超えた生物群集をなし、腐海ではいかなる菌類も単独では存在せず互いに共生・寄生しあって複雑な生態系を構成している。1000年前に突然出現したとされ、その範囲は拡大を続けている。 蟲、特に王蟲の大群が腐海の外へと暴走し、津波のように押し寄せる現象を大海嘯（だいかいしょう）と呼ぶ。大海嘯の後は蟲の死骸から新たな腐海が誕生する為、膨大な面積が一度に腐海と化す事になる。 ナウシカや森の人らは腐海とは世界を浄化するために生まれたものであるという仮説に辿り着いていたが、実際にはかつての生命工学によって生み出された人工の生態系であることが物語終盤に判明する。腐海は時間と共に層をなして厚みを増していくが、その過程で下部は枯死して石化し、おおよそ100年ほどで崩れて空洞ができる。この空洞は生まれて300年ほど経つと空気中の瘴気が細かい結晶になって安定化し、人間がマスクをせずとも呼吸できる空間になる。大地の毒を全て結晶化すると腐海の木々は大きく育たなくなり、層を維持できなくなって崩壊し空洞が露呈、腐海に没してからおよそ1000年で清浄な大地が復活する。作中では既に腐海が解毒を終えた地域が存在しており、毒に適応するよう改造された旧来の生物はここでは生きられないものの、新たな動植物が誕生して世界の再生が進んでいることが示されている。
腐海の植物 植物と呼ばれているが、実態は巨大化した菌類である。菌糸を体の構成単位とする糸状菌が主であるが、植物体の構造や生態は従来の真菌類とは大きく異なっている。顕微鏡サイズの微小な種から種子植物並みかそれ以上に巨大に生長する種まで、その大きさは多種多様で、大型の種は一般に、地中深く張った菌糸の根と幹、枝、葉に分化した地上部を持つ巨大な樹木となる。 「花」と呼ばれる成木がつける胞子嚢や発芽する芽から胞子を飛ばして繁殖する。胞子が大地や普通の植物、動物の死体などに付着するとその内部に菌糸を伸ばし、十分に成長すると「発芽」して植物様の「木」になる。わずかでも胞子が入り込めばたちまち繁殖して一帯は腐海に飲み込まれてしまうため、腐海の近くで暮らす人々は胞子を発見次第焼く・胞子の入り込みそうなところを蒸気で熱処理するなど注意を払っている。 腐海の植物は瘴気と呼ばれる毒性のガスを放出するため、一般の動物は腐海内で生存することができない。瘴気マスクを身につけずに腐海に入れば5分で肺が腐るとされる。瘴気は空気より重いため、ある程度以上の高度であれば腐海の上空であっても瘴気マスクをつける必要はない。 瘴気の毒素は腐海の植物が地中の有毒物質を無毒化する過程で生じた二次代謝物であり、数百年かけて無毒な結晶になっていく。清浄な水と空気のみで腐海の植物を育てると瘴気を出さず大きくもならない。
ムシゴヤシ 代表的な腐海植物。王蟲が好んで食べる事からこう呼ばれる。新しい腐海ができる時はムシゴヤシが先駆的に成長し、その後小型で多様な植物群がゆっくりと育って、多様な腐海の生態系を形成していく。成木は光合成を行い、最大樹高は50メルテ（作中の単位）に達する。1日の間に胞子を飛ばす時間が決まっているらしい。
ヒソクサリ 猛毒の腐海植物。土鬼軍が生物兵器として利用するべく、不妊化や瘴気の強化など品種改良した種苗が突然変異を起こして粘菌と化し、最終的に大海嘯の引き金となった。
粘菌 この世界における粘菌は、腐海に生息する、移動能力を持った細胞群体である。群で生活し、老化したり餌がなくなると球状に集まって休眠する。この球は時が経つと弾けて胞子を放出する。粘菌が感情を持っている描写がある。映画には登場しない。
変異体の粘菌 土鬼軍が兵器として培養・品種改良したヒソクサリの苗が突然変異を起こして生まれた粘菌で、爆発的な増殖速度と短い寿命、強い毒性の瘴気を持つ。 猛毒の瘴気を撒き散らしながら地表を食い尽くし、大海嘯の呼び水となったが、最終的には飲み込んだ王蟲の群に付着していた腐海植物の苗床となり、腐海生態系に取り込まれた。
腐海の蟲
蟲（Bug） 腐海に生息する動物の総称。作中における用字は「蟲」であり、腐海以外に生息する昆虫などは「虫」と表記され、区別されている。 王蟲のように巨大なものから微小なものまで、多種多様な大きさや形態のものが存在する。その多くは体節制をとる外骨格の体に多数の関節肢を具えた、現生の節足動物に似た形態をしているが、顎は横開きではなく脊椎動物のような縦開きである。 生息空間を基準に地蟲（じむし）と翅蟲（はむし）に大別される。翅蟲は2対以上の翅を具えた飛翔性であり、地蟲は地上棲か地中棲である。水中で活動できるものもいる。瘴気の無い所では長く生きられない。基本的に卵生である。体の成長に合わせて脱皮を繰り返すが、変態に関しては完全変態するものから不変態型まで様々なタイプがいる。食性に関しては、他の蟲を対象とした狩りをしない種、すなわち捕食性の低い種が多いが、中には高い種もいて、作中にも狩りの描写がある。蟲は強い光や高い音に敏感で、閃光弾（光弾）や蟲笛や鏑弾といった道具で、一時的に活動を停止させたり、行動をある程度誘導する事もできる。 腐海の植物と並んで蟲は腐海生態系の主要な構成要素であり、個体や種、時空さえも超えた超個体的意識（集合精神）を形成している。蟲に危害を与えると群をなして反撃される為、腐海のほとりで暮らす人々の間では蟲を殺す事はタブーとされている。一方で危害さえ加えられなければ人間が腐海に侵入しても全く意に介さない。
王蟲（：オーム、Ohmu、Giant Gorgon）