ジャパンラグビートップリーグ2012-2013は2012年8月31日から2013年1月6日までレギュラーシーズンが行われた。
リーグ戦1位のサントリーサンゴリアスがプレーオフトーナメントを制し、2シーズン連続3度目の優勝を果たした。 また、これはトップリーグ史上初のリーグ戦からプレーオフ決勝まで無敗の全勝優勝である。さらに、第50回日本ラグビーフットボール選手権大会でも、優勝。シーズン全試合で勝利を達成した。
参加チーム ジャパンラグビートップリーグ2012-2013の参加チームは下表の通りである（記載は前年レギュラーシーズンの成績上位順）。
昨シーズンの結果、ホンダヒート（トップウェスト）、コカ・コーラウエストレッドスパークス（トップキュウシュウ）が各地域リーグに降格し、キヤノンイーグルス（トップイーストリーグ）、九州電力キューデンヴォルテクス（トップキュウシュウ）が各地域リーグから昇格した。 チーム名前年成績備考サントリーサンゴリアストップリーグ 1位プレーオフトーナメント 優勝東芝ブレイブルーパストップリーグ 2位パナソニックワイルドナイツトップリーグ 3位NECグリーンロケッツトップリーグ 4位近鉄ライナーズトップリーグ 5位神戸製鋼コベルコスティーラーズトップリーグ 6位リコーブラックラムズトップリーグ 7位ヤマハ発動機ジュビロトップリーグ 8位NTTコミュニケーションズシャイニングアークストップリーグ 9位トヨタ自動車ヴェルブリッツトップリーグ 10位福岡サニックスブルーストップリーグ 11位残留（トップリーグ入替戦勝利）NTTドコモレッドハリケーンズトップリーグ 12位残留（トップリーグ入替戦勝利）キヤノンイーグルストップイーストリーグ 優勝昇格（トップチャレンジ1 1位）初昇格九州電力キューデンヴォルテクストップキュウシュウ 優勝昇格（トップチャレンジ1 2位）3シーズンぶりの復帰
順位表 {| class="wikitable" style="text-align:center" |- !順位 !チーム !試合 !勝 !分 !負 !得点 !失点 !得失 !勝点 ! |- style="background-color:#ccffcc" |1 |style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス ||13||13||0||0||481||258||223||63 |rowspan="4"|プレーオフトーナメント、日本選手権へ |- style="background-color:#ccffcc" |2 |style="text-align:left"|東芝ブレイブルーパス ||13||10||0||3||478||266||212||50 |- style="background-color:#ccffcc" |3 |style="text-align:left"|パナソニックワイルドナイツ ||13||10||0||3||509||275||234||49 |- style="background-color:#ccffcc" |4 |style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ ||13||9||1||3||468||255||213||49 |- style="background-color:#cffcff" |5 |style="text-align:left"|トヨタ自動車ヴェルブリッツ ||13||9||1||3||343||291||52||43 |rowspan="6"|日本選手権出場決定トーナメントへ |- style="background-color:#cffcff" |6 |style="text-align:left"|ヤマハ発動機ジュビロ ||13||8||0||5||430||311||119||42 |- style="background-color:#cffcff" |7 |style="text-align:left"|近鉄ライナーズ ||13||6||0||7||356||308||48||33 |- style="background-color:#cffcff" |8 |style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ ||13||6||0||7||399||375||24||32 |- style="background-color:#cffcff" |9 |style="text-align:left"|NTTコミュニケーションズシャイニングアークス ||13||7||0||6||240||313||-73||31 |- style="background-color:#cffcff" |10 |style="text-align:left"|リコーブラックラムズ ||13||5||0||8||322||360||-38||28 |- |11 |style="text-align:left"|キヤノンイーグルス ||13||3||0||10||287||382||-95||19 |rowspan="2"|
|12 |style="text-align:left"|九州電力キューデンヴォルテクス ||13||2||0||11||238||593||-355||16 |- style="background-color:#ffffcc" |13 |style="text-align:left"|NTTドコモレッドハリケーンズ ||13||1||0||12||217||524||-307||8 |rowspan="2"|入替戦へ |- style="background-color:#ffffcc" |14 |style="text-align:left"|福岡サニックスブルース ||13||1||0||12||256||513||-257||7
プレーオフトーナメント
セミファイナル 1月19日 サントリーサンゴリアス 38-19 神戸製鋼コベルコスティーラーズ 1月20日 パナソニックワイルドナイツ 8-20 東芝ブレイブルーパス
ファイナル 1月27日 サントリーサンゴリアス 19-3 東芝ブレイブルーパス
入替制度 入れ替え制度の変更 順位前年まで（2011-2012シーズン）今年（2012-2013シーズン）トップリーグ11位入替戦（トップチャレンジ1 4位）トップリーグ残留トップリーグ12位入替戦（トップチャレンジ1 3位）トップリーグ残留トップリーグ13位地域リーグへ自動降格入替戦（トップチャレンジ1 4位）トップリーグ14位地域リーグへ自動降格入替戦（トップチャレンジ1 3位）トップチャレンジ1 1位トップリーグへ自動昇格トップリーグへ自動昇格トップチャレンジ1 2位トップリーグへ自動昇格トップリーグへ自動昇格トップチャレンジ1 3位入替戦（トップリーグ12位）入替戦（トップリーグ14位）トップチャレンジ1 4位入替戦（トップリーグ11位）入替戦（トップリーグ13位）
来シーズンよりチーム数が16チームになるため今シーズンはトップリーグからの自動降格チームはなし。昨年までは自動降格だった13位・14位チームが入替戦出場に、入替戦出場だった11位・12位チームはトップリーグ残留となった。 トップチャレンジは変わらず、チャレンジ1の3位・4位チームの入替戦の対象が変更されただけである。
トップリーグチャレンジシリーズ2 {| class="wikitable" style="text-align:center" |- !順位 !チーム !試合 !勝 !分 !負 !得点 !失点 !得失 !BP !勝点 ! |- style="background-color:#ffffcc" |1 |style="text-align:left"|三菱重工相模原ダイナボアーズ（トップイーストリーグ） ||2||2||0||0||99||16||83||1||9 |チャレンジ1へ |- |2 |style="text-align:left"|ホンダヒート（トップウェスト） ||2||1||0||1||42||25||17||1||5 |rowspan="2"| |- |3 |style="text-align:left"|マツダブルーズーマーズ（トップキュウシュウ） ||2||0||0||2||14||114||-100||0||0
12月9日 ホンダヒート 9-18 三菱重工相模原ダイナボアーズ（神戸総合運動公園ユニバー記念競技場） 12月16日 マツダブルーズーマーズ 7-33ホンダヒート（コカ･コーラウエスト広島スタジアム） 12月24日 三菱重工相模原ダイナボアーズ 81-7 マツダブルーズーマーズ（秩父宮ラグビー場）
以上の結果、1位三菱重工相模原ダイナボアーズのトップリーグチャレンジシリーズ1への進出が決定した。
トップリーグチャレンジシリーズ1 {| class="wikitable" style="text-align:center" |- !順位 !チーム !試合 !勝 !分 !負 !得点 !失点 !得失 !BP !勝点 ! |- style="background-color:#ccffcc" |1 |style="text-align:left"|コカ・コーラウエストレッドスパークス（トップキュウシュウ） ||3||3||0||0||136||102||34||3||15 |rowspan="2"|自動昇格 |- style="background-color:#ccffcc" |2 |style="text-align:left"|クボタスピアーズ（トップイーストリーグ） ||3||2||0||1||103||84||19||3||11 |- style="background-color:#ffffcc" |3 |style="text-align:left"|豊田自動織機シャトルズ（トップウェスト） ||3||1||0||2||105||121||-16||2||6 |rowspan="2"|入替戦へ |- style="background-color:#ffffcc" |4 |style="text-align:left"|三菱重工相模原ダイナボアーズ（トップチャレンジ2 1位） ||3||0||0||3||55||92||-37||1||1
秩父宮ラグビー場 1月5日 豊田自動織機シャトルズ 26-16三菱重工相模原ダイナボアーズ 1月5日 クボタスピアーズ 31-37コカ・コーラウエストレッドスパークス
近鉄花園ラグビー場 1月12日 コカ・コーラウエストレッドスパークス 26-22 三菱重工相模原ダイナボアーズ 1月12日 豊田自動織機シャトルズ 30-32 クボタスピアーズ
レベルファイブスタジアム 1月20日 クボタスピアーズ 40-17 豊田自動織機シャトルズ 1月20日 コカ・コーラウエストレッドスパークス 73-49 三菱重工相模原ダイナボアーズ
以上の結果、1位コカ・コーラウエストレッドスパークス、2位クボタスピアーズがトップリーグへ自動昇格、3位豊田自動織機シャトルズ、4位三菱重工相模原ダイナボアーズのトップリーグ入替戦への出場が決定した。
トップリーグ入替戦 規定により、トップリーグ13位NTTドコモレッドハリケーンズがトップチャレンジ1・4位の三菱重工相模原ダイナボアーズと、トップリーグ14位福岡サニックスブルースが、トップチャレンジ1・3位の豊田自動織機シャトルズと入替戦を行った。 2月3日13:00キックオフ (レベルファイブスタジアム) 福岡サニックスブルース（トップリーグ14位） 28-34 豊田自動織機シャトルズ（トップチャレンジ1・3位） 2月9日13:00キックオフ (近鉄花園ラグビー場)NTTドコモレッドハリケーンズ（トップリーグ13位） 24-21 三菱重工相模原ダイナボアーズ（トップチャレンジ1・4位）
入れ替え戦の結果、NTTドコモレッドハリケーンズのトップリーグ残留、豊田自動織機シャトルズのトップリーグ昇格が決定した。またトップリーグ開始後、トップチャレンジチームが入れ替え戦を勝利してトップリーグに昇格するのは今回が初である。
表彰 2012-2013シーズンの年間表彰式は、2013年1月28日に東京国際フォーラムで実施された。トップリーグ2012-2013 年間表彰式 チーム表彰 TOP LEAGUE 優勝チーム チーム名備考優勝サントリーサンゴリアス準優勝東芝ブレイブルーパス第3位パナソニック ワイルドナイツ第3位神戸製鋼コベルコスティーラーズ
フェアプレーチーム賞 チーム名備考福岡サニックスブルース（初出場）
ベストファンサービス賞 チーム名備考神戸製鋼コベルコスティーラーズ（9年連続9回目）
個人表彰
トップリーグMVP 氏名所属チーム備考ジョージ・スミスサントリーサンゴリアス（2年連続2回目）
新人賞 氏名所属チーム吉田康平トヨタ自動車ヴェルブリッツ
最多トライゲッター 氏名所属チーム備考山田章仁パナソニック ワイルドナイツ20トライ（初受賞）
得点王 氏名所属チーム備考五郎丸歩ヤマハ発動機ジュビロ160得点（1T/40G/25PG）（2年連続2回目）
ベストキッカー 氏名所属チーム備考五郎丸歩ヤマハ発動機ジュビロ155得点（40G/25PG）（2年連続2回目）
ベストホイッスル 氏名備考平林泰三（3年連続4回目）
プレーオフトーナメントMVP 氏名所属チーム備考トゥシ・ピシサントリーサンゴリアス（初受賞）
ベストフィフティーン ポジション氏名所属チーム備考PR1安江祥光神戸製鋼コベルコスティーラーズ（初受賞）HO青木佑輔サントリーサンゴリアス（4年ぶり3回目）PR3畠山健介サントリーサンゴリアス（5年連続5回目）LO大野均東芝ブレイブルーパス（7年連続8回目）LO真壁伸弥サントリーサンゴリアス（3年ぶり2回目）FLジョージ・スミスサントリーサンゴリアス（2年連続2回目）FLマイケル・リーチ東芝ブレイブルーパス（2年連続2回目）NO8菊谷崇トヨタ自動車ヴェルブリッツ（3年ぶり2回目）SH日和佐篤サントリーサンゴリアス（2年連続2回目）SO小野晃征サントリーサンゴリアス（2年連続2回目）WTB山田章仁パナソニック ワイルドナイツ（2年ぶり2回目）WTB小野澤宏時サントリーサンゴリアス（2年ぶり8回目）CTBジャック・フーリーパナソニック ワイルドナイツ（2年連続2回目）CTBマレ・サウヤマハ発動機ジュビロ（初受賞）FB五郎丸歩ヤマハ発動機ジュビロ（2年連続2回目）
参照