伝説のポケモン （でんせつのポケモン）では、漫画『ポケットモンスターSPECIAL』に登場する伝説のポケモン を紹介する。便宜上、幻のポケモン（まぼろしのポケモン）、ウルトラビーストについても記載する。
概要 各地方において、伝説や神話上で語られる伝説のポケモンと、僅かな文献でしか語られず、存在さえも不確かとされている幻のポケモンは、作中の登場人物や悪の組織・勢力との戦いにおいて重要な立場に置かれている。デオキシス、ゲノセクト、コスモッグを除いて世界に1匹しか存在せず、ゲームでは作品をまたいで別個体で登場する伝説のポケモンも多いが、本作品では反映されない。
伝説のポケモンの力はいずれも強力であり、悪の組織の戦力にされたり、フロンティアブレーンのリラ・ジンダイ・クロツグといった実力派、またはレッド・ブルー・クリスタル・ルビー・エメラルド・ダイヤモンド・ブラック・ラクツ・ワイ・サン・ムーン等、若くも図鑑所有者に選ばれる程の才能溢れる者でなければ、扱うのは極めて困難である。一方でスイクン・ラティオス・ラティアス等の様に高い知性を持ち自分の意思を人間に伝える事ができる者も多く、自ら人間に協力する例外もある。
幻のポケモンは上記とは別格であり、例として自分からトレーナーといる事を決めたり、特別な機械で制御するなどの僅かな場合を除きいずれのポケモンも並大抵の者には従わず、また制御する事もできない。
伝説のポケモン カントー地方 フリーザー タイプ：こおり / ひこう 特性：プレッシャー 技："かぜおこし"・"ゴッドバード"・"ふぶき"・"れいとうビーム" 第1章・第3章で登場。 ふたご島に生息する伝説の鳥ポケモン。ビルの一部屋を瞬時に凍りつかせる程の氷の力を持ち、敵だけを狙い分けて凍らせることもできる。戦闘を好まず、敵の存在を感じた時には、自らを氷の中に封じ込めるポケットモンスターSPECIAL 第2巻 第25話 『VS フリーザー』。 ロケット団に狙われて氷の中に閉じ籠っていた。同じく自身を探していたレッドと遭遇、ギャラの体当たりで氷が砕けて逃走しようとするが、ロケット団のベトベトンに襲われたレッドを救ったことで体力を消耗し、ロケット団に捕獲された。 シルフカンパニー戦ではピンクバッジの力で制御され、キョウの命令でレッド・グリーンを圧倒。"ふぶき"でビルの壁を壊すなど、その力を見せ付けた。フロアごと氷漬けにする作戦でレッド達を苦しめるが、キョウの隙を突いたグリーンの「ビルごとリザードンに焼かせる」奇策によって敗れたポケットモンスターSPECIAL 第3巻 第31話 『VS フリーザー』。その後ジムバッジの力によってサンダー・ファイヤーと合体し「サ・ファイ・ザー」となり、ナツメの指揮の下でレッド達を圧倒したが、フシギバナに進化したレッドのフッシーを始めリザードンとカメックスの一斉攻撃に敗れ、3匹共解放されてどこかへ飛び去ったポケットモンスターSPECIAL 第3巻 第33話 『VS 伝説の鳥ポケモン』。 第3章ではサンダー・ファイヤーとブルーに捕獲された状態で登場。レッドの指示の下、ウバメの森でホウオウ・ルギアと空中戦を繰り広げた。 サンダー タイプ：でんき / ひこう 特性：プレッシャー 技："かぜおこし"・"かみなり"・"ゴッドバード"・"でんきショック" 第1章・第3章で登場。 無尽蔵の電気エネルギーを持った伝説の鳥ポケモン。無人発電所に生息していたが、ロケット団に捕獲されたポケットモンスターSPECIAL 第2巻 第26話 『VS ファイヤー』。シルフカンパニー戦では、マチスのでんきポケモンに電力を供給したポケットモンスターSPECIAL 第3巻 第29話 『VS ゴルバット』。その無尽蔵のエネルギーによってマチスは戦いを有利に進めるが、レッドのフッシー（フシギソウ）の"はっぱカッター"で絶縁スーツと供給ケーブルが裂け、漏電した電撃を浴びて倒れたポケットモンスターSPECIAL 第3巻 第30話 『VS サンダー』。 第3章ではグリーンの指示の下、ウバメの森でホウオウ・ルギアと空中戦を繰り広げた。 ファイヤー タイプ：ほのお / ひこう 特性：プレッシャー 技："かぜおこし"・"ゴッドバード"・"ほのおのうず" 第1章・第3章で登場。 セキエイ高原に生息する伝説の鳥ポケモン。空を飛びながら立体的な炎の攻撃を行い、一度狙った相手は全て燃やし尽くすまで攻撃を止めない。 ロケット団に捕獲され、グレン島にてロケット団から追われるカツラと、偶然その場に出くわしたレッドの前に現れ、二人に圧倒的な力を見せ付けたが「ひみつのコハク」から復元されたプテラとの空中戦で翼を負傷し退却する。シルフカンパニーではナツメに捕獲されて登場。 第3章ではブルーの指示を受け、ウバメの森でホウオウ・ルギアと空中戦を繰り広げた。なお、第5章ではブルーが「ファイヤーを捕獲するためにナナシマを訪れた」と言う場面があり、少なくとも第3章の時点ではセキエイ高原からナナシマに生息地を変えていた事が窺える。 ミュウツー←→メガミュウツーX/メガミュウツーY タイプ：エスパー（ミュウツー/メガミュウツーY）←→エスパー/かくとう（メガミュウツーX） 特性：プレッシャー←→ふくつのこころ（メガミュウツーX）/ふゆう（メガミュウツーY） 技："サイコウェーブ"・"サイコキネシス"・"サイコブレイク"・"じこさいせい" 第1章・第2章・第3章・第5章・第12章で登場。 ロケット団の科学者（カツラも当時加わっていた）が、採取に成功したミュウのまつ毛の細胞を基盤に創り出したポケモン。ただしミュウの細胞から完全な生命体を創る事はできなかったため、カツラの細胞も移植されているポケットモンスターSPECIAL 第3巻 第34話 『VS ミュウツー（前編）』。 戦闘スタイルは、1対1で戦う時は念力を収束させて"スプーン"状の武器を生み出し、大勢を相手に戦う時は"サイコウェーブ"で竜巻を発生させて敵を薙ぎ払う戦法を取るポケットモンスターSPECIAL 第3巻 第35話 『VS ミュウツー（後編）』。この竜巻は中心部はとりこんだ者を万力でねじ切り、周辺部は打ち出された攻撃をビリヤードのように跳ね返す防壁となった、攻防一体の陣である。"スプーン"の方も伸縮自在で形状もフォーク型にするなど自由に変更が可能、威力もビルを両断できる程に強力。 暴走して研究所を破壊し脱走し、その後ハナダシティの外れの洞窟にてカツラとレッドと交戦。命懸けでとどめを刺そうとしたカツラに重症を負わせ、レッドの手持ちも蹴散らすが、竜巻の中心部に飛び込んだピカにより「マスターボール」で捕獲される。その後はカツラのポケモンとなり、第2章では対ワタル戦で活躍しイエローとも一時的に共闘した。 カツラ・ミュウツー双方の体に双方の細胞がある事で、マスターボールやその内部と同様の性質を持つ溶液内にいなければ、一定以上の距離・時間（約3分）を超えるとそれぞれの細胞がそれぞれの体を侵食し負担をかけてしまう、戦闘におけるタイムリミットが設けられていた。しかし年々カツラへの侵食が進行して体調不良が悪化し、第3章でエンテイの炎によって、カツラの中のミュウツー細胞が消滅したため、その呪縛から解き放たれ野生に戻り、以後リミットを気にせず戦うことができるようになった。これによりカツラとの強制的な呪縛を失ったが、忠義は変わっていない。また第12章で習得したメガシンカはカツラとの特殊な関係性のため、「戦闘中に持ち物を交換することでメガシンカの姿も変更できる」という普通のメガシンカではありえない能力を発現している。ただし通常のポケモンよりトレーナーとのシンクロが強いため、カツラがダメージを受けるとメガシンカが解けてしまうという弱点がある。 第5章で再登場し、この時には、テレパシーで人間と会話する能力を身に付けていた。しかし、基本的に人間を信用していないため、その能力を行使するのは主人のカツラ・己を捕獲したレッド・共に戦ったイエローの3人のみである。例外として、敵であるサカキとトレーナータワーの中では作戦のリーダーであるグリーンに対して使用した。性別は科学的には不明とされているが、テレパシーによれば一人称は「オレ」であり、男性的な口調で話す。 第5章ではナナシマに現れ、連戦で手持ちが消耗していたレッドに共闘を持ちかけ、ロケット団やデオキシスと交戦した。終盤でダークライと衝突し、唯一石化を免れたサキを追撃するも、振り切られる。 その後の経緯はしばらく不明だったが、第12章で再登場。詳細は不明だがカロス地方に渡りポケモンの村に身を寄せており、カツラと共に村のポケモンを守りながら暮らしていた。しかしカツラが少し村を離れているうちに現れたフレア団によってポケモン達が最終兵器のエネルギー源にされそうになった事に激怒し、暴走して敵を壊滅させフラダリをも苦戦させた。メガシンカを使い分けてジガルデと戦ったがカツラが意識を失い戦闘続行不能となった。 2011年に行われた公式人投票のポケモン部門では伝説・幻のポケモンでは最高の3位にランクインした。
ジョウト地方 ホウオウ タイプ：ほのお / ひこう 特性：プレッシャー 技："せいなるほのお" 第1章（シルエットのみ）・第3章に登場。 約150年前、エンジュシティで起きた大火事で命を落とした3匹のポケモンを蘇らせた。この3匹がスイクン・エンテイ・ライコウである。 口から火炎弾を放つほか、炎の輪で敵の動きを封じる事ができる。「仮面の男」の元ではルギアの空気弾とほぼ同時に火炎弾を発射する事で威力を増幅させ、桁外れの瞬間的爆発力を生み出した。 オーキド博士の回想でシルエットとして登場した鳥ポケモンの正体で、第3章で正式に登場。9年前、ルギアと共に「仮面の男」に捕獲され、ブルーやシルバーを始めとしたトレーナーとしての能力が高い子供達（通称「マスクド・チルドレン」）を連れ去る事件を起こした。 スイクン・エンテイ・ライコウの力で一旦は解放されるが、ポケモンリーグ当日、エンジュシティに帰還した際に再び「仮面の男」に捕獲され、セキエイ高原で同じく捕獲されたルギア共々ゴールド達に襲い掛かった。ウバメの森の攻防ではカリンの指示の下でレッド達を追い詰めたが、全国各地から送られて来たトレーナーのポケモンの温かい思いに触れて再び悪しき呪縛から解放された。 ルギア タイプ：エスパー / ひこう 特性：プレッシャー 技："エアロブラスト" 第2章（シルエットのみ）・第3章に登場。 口から吐く空気弾"エアロブラスト"がメインの攻撃手段で、ただの息吹きでありながら一発で小型船を半壊させる破壊力を持つ。だがあくまでも「空気」なので大気が供給されない水中では使用不能となり、口の開閉を封じられると発射できない欠点がある。また、巨大客船を風船のように軽々と浮かばせる強大な念力も使う。 第2章の終盤ではシルエットのみ登場し、「ポケモンの楽園」の建設を目論むワタルが切り札として、カントーのジムバッジの力で呼び覚ます。能力はワタルの話では高い破壊の力を持っているらしい。計画では増幅器からエネルギーを吸収し、翼の一振りで四天王軍をバッジの影響下に置いて人間からポケモンを解放する予定だったが、図鑑所有者の「気」を受けてピカが放った"100まんボルト"でエネルギーを吹き飛ばされた。この時、「破壊の力」はイエローの不思議な力で「与える力」へ変化し、カントー本土まで降り注いで荒れ果てていた大地を緑化させた。 ワタルの敗北後は、レッドの話によれば西へと飛び去って行ったらしい。 第3章で判明するがその正体こそがルギアでありこの章で姿も判明した。 セレビィ捕獲を目論む「仮面の男」に目をつけられており、棲み処のうずまき列島で襲撃を受ける。我を忘れて暴れまわり、3人の図鑑所有者によって動きを止められクリスタルに捕獲されたかに思われたが、一瞬早く「仮面の男」に捕獲される。その後はホウオウと共にセキエイ高原で暴れ、ウバメの森でもイツキの指示でシルバーを苦しめるが、最終的には全国から転送されて来たトレーナーのポケモンの温かい思いに触れて呪縛から解放された。 スイクン タイプ：みず 特性：プレッシャー 技："あまごい"・"オーロラビーム"・"かぜおこし"・"しろいきり"・"ハイドロポンプ"・"バブルこうせん"・"みきり"・"ミラーコート" 第3章・第9章に登場。 生き返らせてくれたホウオウに忠誠を誓ういわば「ホウオウ親衛隊」の1匹。ミナキが長年追い続けていて、第9章でも彼に追い求められている。 汚れた水を清める能力を持ち、また水晶壁という最強の結界を張る能力を有し、完成するとスイクン自身と「とうめいなスズ」を持つ者以外は中に入る事も出る事もできなくなる。スイクン達3匹の共通点として全力を出すと高密度のエネルギーフィールドが発生してトレーナーは呼吸もできなくなるため、「仮面の男」の決戦時は3匹に指示を出す3人はカツラが作った小型の酸素ボンベでカバーし、更にみず技の威力を上げる「しんぴのしずく」を渡される。 みずだけでなくこおりやひこうタイプの技も得意とし、ジムリーダー達との対決の中で様々な能力を発揮している。霧と氷の鏡を作り出して相手を惑わし、水蒸気を刃物のように凍結させて"かぜおこし"で撃ち出す事で相手を切り裂き、角を輝かせて放つ"オーロラビーム"は破壊不可能とされたツクシのキャプチャーネットを破る程の威力で、"バブルこうせん"は「スーパーボール」や人間、ポケモンの動きを止める。 かつて、主であるホウオウを呪縛から解放するため戦いを挑み、解放には成功したが自分達はやけた塔の「時間のはざま」に封印された。9年後、「にじいろの羽」と「ぎんいろの羽」を所持していたイエローによって偶然封印が解かれると、共闘するトレーナーを求めてジョウト各地を巡る。最初にバトルタワー建設中のアサギシティでクリスタルの前に現れ、事故で流出した工事の廃液と汚れた海を清めた後ポケットモンスターSPECIAL 第10巻 第122話 『VS ハリーセン』、フスベシティのりゅうのあなでイブキと戦いポケットモンスターSPECIAL 第10巻 第123話 『VS ハクリュー』、ハヤテとシジマポケットモンスターSPECIAL 第10巻 第124話 『VS エアームド』・マツバポケットモンスターSPECIAL 第10巻 第125話 『VS ムウマ』・ツクシポケットモンスターSPECIAL 第11巻 第134話 『VS ヘラクレス』・アンズポケットモンスターSPECIAL 第11巻 第136話 『VS クロバット』・ハヤトポケットモンスターSPECIAL 第11巻 第137話 『VS ライコウ&エンテイ [前編]』の前に次々と現れ戦う。その後、トージョウの滝でカスミと戦い、みずのエキスパートである事と滝に呑まれていたクラブを助けた事からスタちゃん（スターミー）の「星しるべ」でこれから起きつつある悪事を知らせ、立ち向かうためカスミをパートナーとして共闘する。しかし「仮面の男」の戦いでゴースの"のろい"を受けて消耗し、更にカスミの負傷によりクリスタルをパートナーに最終決戦の地・ウバメの森へ向かいホウオウが解放されると再び去って行った。 ライコウ タイプ：でんき 特性：プレッシャー 技："かみなり"・"スパーク"・"でんきショック" 第3章・第6章・第13章に登場。 「ホウオウ親衛隊」の1匹。リニアを逆走させたり、ポケモン転送システムを復旧させる程の強力な電力を宿し、背から発生させた雨雲から強力なでんき技を繰り出す事ができる。 「仮面の男」からホウオウを解放するため、でんきタイプのエキスパートであり、リベンジを目指していたマチスと共闘。でんき技の威力を上げる「じしゃく」を渡される。最終決戦ではゴールドをパートナーに選び、ピチュ（ピチュー）に電気の力を託した。 第6章以降はリラの手持ちポケモンとして登場する。第3章を見る限りかなりの知性を持っているはずだが、なぜか明らかに甲冑の男（ガイル）に操られていると解るリラの命令に従いエメラルド達に襲い掛かる等、トレーナーに従順な一面も見せた。終盤ではゴールドやその能力を受け継いだピチュ達と再会している。 第13章でもリラの主力として新生マグマ団・アクア団を蹴散らしている。 エンテイ タイプ：ほのお 特性：プレッシャー 技："だいもんじ"・"ふみつけ" 第3章に登場。 「ホウオウ親衛隊」の1匹。生命エネルギーを与える「命の炎」の持ち主で、これによって悪しき細胞だけを焼き切る事もでき、カツラはミュウツーの細胞の侵食から解放された。また普通のほのおポケモンの火炎では溶けても自動的に再生するヤナギの永久氷壁すら溶かしきる特別な炎も操る。 「仮面の男」に敗れていかりの湖に沈んだゴールドとシルバーを助け出し、うずまき列島へと連れていき目を覚ますまで見守っていた。「仮面の男」からホウオウを解放するため、ほのおタイプのエキスパートであるカツラに力を貸していた。決戦時にはほのお技の威力を上げる「もくたん」を渡される。最終決戦ではシルバーをパートナーに選んだ。
ホウエン地方 レジロック・レジアイス・レジスチル タイプ：いわ（レジロック） / こおり（レジアイス） / はがね（レジスチル） 特性：クリアボディ 技："ばかぢから" 第4章・第6章・第13章に登場。 暴走するグラードン・カイオーガの破壊活動を食い止めるため、ホウエン地方の四天王とダイゴが目覚めさせた。しかし破壊活動が終わった後、ダイゴの死亡により、ミクリ達を置いて飛び去っていった。 第6章では力を使い果たして彷徨っていたが、エニシダが修復した石版を持ったジンダイに捕獲された。ホウエン四天王とミクリ・ダイゴのダブルチャンピオン6人で操れた3匹をジンダイが自在に命令できているのは石版の力と先の騒動で力を使い果たして弱体化しているためだと思われる。個々の技はジンダイの項を参照。 第9章ではクロツグがレジギガスを目覚めさせるためにジンダイから一時的に借りていたことが明かされる。 ゲーム本編では3体の高さの平均が1.8mにも拘らず、本作では巨大怪獣並みの大きさで描かれている。 グラードン←→ゲンシグラード タイプ：じめん←→じめん / ほのお 特性：ひでり←→おわりのだいち 技："かみなり"･"がんせきふうじ"・"だんがいのつるぎ" 第4章・第13章に登場。 ホウエン地方に伝説として語り継がれてきた「超古代ポケモン」の1匹。海底洞窟で眠りに就いていたが、大地の拡大を企むマグマ団によって目覚めさせられ、ヒワマキシティ地中より出現。「ひでり」による災害を起こしながら、かつてカイオーガと戦ったルネシティを目指し驀進した。 「紅色の宝珠」を介してグラードンを操ることはできるが、それには相当の精神力が必要になる。 最終決戦の後はえんとつ山の地下で再び眠りに就き、フエンの温泉を復活させた。 第13章にてフーパのリングから再び出現、マツブサが持つ宝珠に秘められた自然エネルギーを吸収してゲンシカイキを果たす。全身から発する高熱に加え、カイオーガの能力との相乗効果で膨大な水蒸気が発生し、莫大なエネルギーを周囲にまき散らすため、伝説のポケモンであるラティアス・ラティオスですら容易には近寄れない。圧倒的な力で図鑑所有者達を一蹴したのち、マツブサと共に専用技の"だんがいのつるぎ"を習得するため流星の里で修行し、フーパのリングを勝手に通り抜けて120番道路で先遣の大型隕石を迎撃、破壊に成功するも無数の破片に打ちのめされマツブサの消滅に伴い活動を停止した。 なお、ゲーム本編では高さは3.5mと設定されているが、本作ではより強大さをイメージさせるためか、巨大怪獣並みの大きさで描かれている。 カイオーガ←→ゲンシカイオーガ タイプ：みず 特性：あめふらし←→はじまりのうみ 技："こんげんのはどう"・"めいそう" 第4章・第13章に登場。 「超古代ポケモン」の1匹。海底洞窟で眠りに就いていたが、海の拡大を企むアクア団によって目覚めさせられ、ホウエン地方ポイントH68地点洋上（すてられ船近辺）より出現。「あめふらし」による豪雨と洪水などの災害を起こしながら、かつてグラードンと戦ったルネシティを目指して邁進した。 「藍色の宝珠」を介してカイオーガを操ることはできるが、それには相当の精神力が必要になる。 最終決戦の後は海底洞窟に帰り、再び眠りに就いた。 また第6章ではガイルの願いによって、「海の魔物」というカイオーガに酷似した巨大生物がジラーチの能力で生み出され、バトルフロンティアを海に沈めかけた。 第13章にてフーパのリングから再び出現、アオギリが持つ宝珠に秘められた自然エネルギーを吸収してゲンシカイキを果たす。呼び寄せる豪雨に加え、グラードンの能力との相乗効果で膨大な水蒸気が発生し、莫大なエネルギーを周囲にまき散らすため伝説のポケモンであるラティアス・ラティオスですら容易には近寄れない。圧倒的な力で図鑑所有者達を一蹴したのち、アオギリと共に専用技の"こんげんのはどう"を習得するため流星の里で修行し、フーパのリングを勝手に通り抜けて120番道路で先遣の大型隕石を迎撃、破壊に成功するも無数の破片に打ちのめされアオギリの消滅に伴い活動を停止した。 なお、ゲーム本編では高さは4.5mと設定されているが、本作ではより強大さをイメージさせるためか、巨大怪獣並みの大きさで描かれている。 レックウザ←→メガレックウザ タイプ：ドラゴン / ひこう 特性：エアロック←→デルタストリーム 技："ガリョウテンセイ"・"でんげきは" 第4章・第13章に登場。 「超古代ポケモン」の1匹。普段はオゾン層の中を飛び続けており、身体は常にオゾンに包まれている。隕石を主食とし、体内には隕石をメガストーンと同じ力にする器官を持つ。時折地に下りて休息するときはホウエン地方の空の柱やジョウト地方のうずもれの塔を使う。流星の民からは「竜神様」と呼ばれて信仰の対象となっている。 レックウザにはグラードン・カイオーガの争いを鎮める「粛正の咆哮」の力がある。 かつてポケモン協会がレックウザを制御する「翠色の宝珠」を人工的に製造するため、捕獲され研究が行われていたが、その研究の最中に起こった事故により逃げてしまう。その事件は幼いルビーが偶発させたものであるとされていたが、実は元々レックウザの解放自体が目的だったことが黒幕であったヒガナの口から明かされている。捕獲された際に絆を結んでいたシガナを失ったことから激しい怒りを抱いている。 空の柱の最上部で眠りについていたところ、センリ・ミツルによって2匹の戦いを止めるために目覚めさせられた。センリに導かれてルネシティで戦いを終わらせた後は、再び空へと飛び去っていった。 第13章ではジョウト地方に向かって飛んでいったというおばば様の目撃情報をもとにポケモン協会の研究施設跡地に向かったルビー達の前に姿を現す。フーパのリングを通ってホウエン地方に帰還し怒りにまかせてルビーを害そうとするが、説得されて落ち着きを取り戻し新たに絆を結ぶ。120番道路に落下してきた小隕石を破壊してからはしばらく姿を消していたが、グランメテオΔの接近を感じ取り、ルネシティに現れる。しかし、自身がルビーを選んだ事に納得がいかず、流星の民の手で成し遂げる事に固執したヒガナが襲撃。ルビーを攻撃して吹き飛ばし傅いて来る彼女から自身と絆を結ぶ事を要求されるも、聞き入れるはずも無く、ルビーを攻撃された事への怒りに任せて彼女を攻撃して追い払う。 その後、生きていたルビー・サファイアを連れて宇宙に向かい、12個のキーストーンの力を借りてメガシンカを果たす。習得した"ガリョウテンセイ"でグランメテオΔを砕き、その中で隕石を操っていたデオキシスも倒してルビー・サファイアと共に宇宙から帰還・「ゆうかん」な性格と見抜いたルビーからお礼の激辛ポロックを受け取って去っていた。 ゲーム本編では高さは7.0mと設定されているが、頭上に乗ったセンリなどとの比較から、やはりグラードン・カイオーガ同様に巨大怪獣並みの大きさで描かれている。 ラティアス♀ タイプ：ドラゴン / エスパー 特性：ふゆう 技："ミストボール"・"れいとうビーム" 第6章・第13章に登場。 エメラルドの友達で、「兄」であるラティオスとホウエン地方のバトルフロンティアへ連れて来た。テレパシーで会話し、エメラルドの移動要員としても手伝う。エメラルドのことを「ラルド」と呼ぶ。社交的な性格で、エメラルドの友人に対しても同等の仲間意識を持って接する。 "ミストボール"を使って姿を眩ましたり、ガラスの様な羽毛で周りの光の反射をかえて人間の姿であるように見せる事も可能（メイド・新聞記者・看護婦・チアガールなど）。 第6章のバトルフロンティアでの事件後は、エメラルドには心を許し合える友達ができ、もう役目は終わったとラティオスと「南の孤島」へ帰って行った。 第13章で再登場、星の危機を知り南の孤島を訪れたルビーに協力する事を決め、エメラルドの近くで情報収集を行っている。 2011年に行われた公式人投票のポケモン部門では伝説・幻のポケモンでは2番目の11位にランクインした。 ラティオス♂←→メガラティオス タイプ：ドラゴン / エスパー 特性：ふゆう 技："ラスターパージ" 第6章・第13章に登場。 ラティアス同様登場初期からエメラルドの友達。テレパシーで会話し、エメラルドの移動要員としても手伝う。エメラルドのことを「ラルド」と呼ぶ。ラティアスに比べて用心深い性格。 一方が見ている光景をもう片方と、その周囲の人間に見せることができる「思念（ゆめうつし）」の能力を持ち、ウコンが甲冑の男ではないかと疑ったルビー達にラティアスが見ているウコンの様子を見せた。 第13章で再登場、ルビーに協力する事を決めて絆を結びメガシンカを成し遂げる。単独行動するルビーの話し相手にもなっており、マイペースな言動やメガシンカ時の口上などに律儀にツッコミを入れている。 ゲーム本編同様戦闘以外でもメガシンカでき、この状態でのみホウエン地方全体を見渡せる程の高度を飛行する「おおぞらをとぶ」能力を発揮できる。
シンオウ地方 ユクシー タイプ：エスパー 特性：ふゆう 第7章・第8章に登場。 『知識の神』と伝えられている。幼い頃にエイチ湖に訪れていたプラチナが、ベルリッツ氏とはぐれた際にユクシーの魂を見ている。 ギンガ爆弾の爆発に乗じてエイチ湖より出現しジュピターに捕獲されるも、プラチナのポケモン図鑑を差し出す代わりに解放される。その後、「やぶれた世界」でプラチナに上級SHITAPPAから渡された図鑑を返し、ギラティナ・ダークライとの戦闘を経てエイチ湖へ帰っていった。 エムリット タイプ：エスパー 特性：ふゆう 第7章・第8章に登場。 『感情の神』と伝えられている。ダイヤは保育園児の頃、シンジ湖でパールとはぐれた際にエムリットの魂を見ている。 ギンガ爆弾の爆発に乗じてシンジ湖より出現しマーズに捕獲されるも、ダイヤのポケモン図鑑の代わりに解放される。その後やぶれた世界でダイヤに上級SHITAPPAから渡された図鑑を返し、ギラティナ・ダークライとの戦闘を経てシンジ湖へ帰っていった。 アグノム タイプ：エスパー 特性：ふゆう 第7章・第8章に登場。 『意志の神』と伝えられている。ダイヤとプラチナがはぐれ研究員との戦闘の際に、アグノムの光によって逆転勝利する。 ギンガ爆弾を落とされたリッシ湖より出現しサターンに捕獲されるも、パールのポケモン図鑑の代わりに解放される。その後やぶれた世界でパールに上級SHITAPPAから渡された図鑑を返し、ギラティナ・ダークライとの戦闘を経てリッシ湖へ帰っていった。 ディアルガ タイプ：はがね / ドラゴン 特性：プレッシャー 技："ときのほうこう" 第7章・第8章・第9章に登場。 『時間（宙）』を司るポケモン。大技である"ときのほうこう"は、一定の時間がループする、過去の時間が離れた未来の時間に繋がるなど、時間の流れに多大な影響を及ぼす。