『手塚治虫文庫全集』（てづかおさむぶんこぜんしゅう）は、手塚治虫の文庫版漫画全集。講談社刊。全200巻。手塚治虫生誕80周年を記念して、2009年10月から2012年5月にかけて刊行された。
手塚治虫漫画全集との違い 『手塚治虫漫画全集』に対して、文庫全集では収録作品には下記のような違いがある。 エッセイ・講演原稿等（手塚治虫漫画全集別巻MT-383〜400）は未収録。 『鉄腕アトム』はサンコミックス・サンデーコミックス版収録の解説漫画が追加されている。 『ブラック・ジャック』は未収録作品が収録されている。 「ふたりの修二」「パク船長」「ドラキュラに捧ぐ」「デカの心臓」「三度目の正直」「きみのミスだ！」「金！金！金！」「失われた青春」「不死鳥」「おとずれた思い出」「信号」「キモダメシ」「落下物」 『ミッドナイト』は全集版未収録の最終回が追加収録されている。 『三つ目がとおる』は下記の未収録作品が収録されている。 「分福登場」「給食」「猪鹿中学」「長耳族」「舌をだすな！」「七蛇寺の七ふしぎ」「カオスの壺」「メダルの謎」「スキャンダル」 未収録の中・短編が収録されている（BT-194〜196、200）、「あとがきにかえて(BT-139)」、「火の鳥 漫画少年版(BT-166)」（角川文庫『火の鳥 ギリシャ・ローマ編』収録版とは終盤等で構成や文字のフォントが異なるものになっている）
作品 通し番号は本文庫全集の「BT-番号」を示す。 収録・併録作品欄は文庫タイトル以外の作品が収められている場合に記載した。なお、タイトル自体が複数併記されている場合も記載した。 2巻以上の作品で、最終巻に併録されている作品には通し番号を( )内にを記載した。 太字は『手塚治虫漫画全集』未収録作品（その巻すべてが未収録作品の場合はタイトルのみ太字とした）。
通し番号タイトル巻数収録・併録作品001-009鉄腕アトム9010ジャングル大帝(1) レオ編、ライヤ編011ジャングル大帝(2) ムーン山編、ジャングル大帝〈小学三年生版〉、レオちゃん012ピノキオ 013-014リボンの騎士2リボンの騎士、野バラの精、虹のプレリュード(014)015-016W3（ワンダースリー）2W3（ワンダースリー）、W3（ワンダースリー）（少年マガジン版）(016)017-018どろろ2019漫画大学 漫画大学、珍アラビアンナイト、化石島、罪と罰020ユニコ 021ユフラテの樹 日本発狂022ロストワールド メトロポリス ロストワールド、メトロポリス023-024海のトリトン2025-026シュマリ2027新選組 新選組、鉄の道028ライオンブックス(1) 安達が原、荒野の七ひき、はるかなる星、あかずの教室、白縫、コラープス、奇動館029ライオンブックス(2) マンションOBA、ミューズとドン、おふくろの河030ライオンブックス(3) 百物語、ブタのヘソのセレナーデ、月と狼たち、モモンガのムサ031アトムキャット アトムキャット、ユニコ 小学一年生版032アトム今昔物語 033鉄腕アトム別巻 アトム誕生、アトム二世、アトム還る、爆弾列車、偏差値王国との対決、アトムの初恋、ひょうたんなまず危機一発、わが名は百科、おまえが犯人だ!!、シルバー・タワー、アトムの最後、鉄腕アトム 小学二年生版034ジャングル魔境 ジャングル魔境、シャリ河の秘密基地、有尾人、拳銃天使035-041三つ目がとおる7042来るべき世界 ファウスト 来るべき世界、ファウスト043-044きりひと讃歌2045ザ・クレーター 鈴が鳴った、溶けた男、雪野郎、紫のベムたち、生けにえ、双頭の蛇、オクチンの奇怪な体験、大あたりの季節、オクチンの大いなる怪盗、二つのドラマ、巴の面、三人の侵略者、八角形の館、風穴、ブルンネンの謎、墜落機、クレーターの男046新宝島 新宝島、ぼくのデビュー日記、マアチャンの日記帳、珍念と京ちゃん、AチャンB子チャン探検記、あんてな一家、ぐっちゃん、電子夫人047地球の悪魔 地球の悪魔、大洪水時代、太平洋Xポイント、世界を滅ぼす男048人間ども集まれ! 049-051ミッドナイト3052やけっぱちのマリア 053ロック冒険記 ロック冒険記、摩天樓小僧、火山島少年、13の秘密、まぼろしの円盤、フォード32年型、少年探偵ロック・ホーム054双子の騎士 双子の騎士、舞踏会へきた悪魔、ミニヨン、白いくびの子がも、金のうろこ、おかあさんの足、ベニスの商人、孔雀貝、虹のとりで055バンビ バンビ、バンビ（漫画少年版）、ウォルト・ディズニー物語056-057魔神ガロン2058-069ブラック・ジャック12070-072アドルフに告ぐ3073-074フライングベン2フライングベン、グランドール(074)075地底国の怪人 魔法屋敷 地底国の怪人、魔法屋敷、森の四剣士076火星博士 一千年后の世界 火星博士、假面の冒険兒、大空魔王、流線型事件、一千年后の世界077ガラスの城の記録 ガラスの城の記録、ショート・アラベスク（刑事もどき-エムレット-、刑事もどき-鹿の角-、苦情銀行、一族参上、角、ヒョーロク記、蛸の足、現地調査、声、反射、笑う男、夜の客、ゲーム、紐、成功のあまきかおり078冒険放送局 冒険放送局、ピロンの秘密、地球大戦、ワンダーくん079ガムガムパンチ ガムガムパンチ、冒険ルビ〈小学一年生〜小学二年生版〉、冒険ルビ〈小学二年生〜小学三年生版〉080ゴッドファーザーの息子 ゴッドファーザーの息子、紙の砦、すきっ腹のブルース、がちゃぼい一代記、トキワ荘物語、という手紙がきた、動物つれづれ草、怪談雪隠館、マコとルミとチイ、うめぼし陰謀団、ぼくの少年時代、らくがき事典081ロストワールド私家版 082-083バンパイヤ2084漫画生物学 漫画生物学、漫画天文学、宇宙狂想曲、チッポくんこんにちは、ピンピン生ちゃん、とべとべるんちゃん、らびちゃん085あらしの妖精 あらしの妖精、つるの泉、母の眼ばなし、こけし探偵局、ピンクの探偵、あけぼのさん、カーテンは今夜も青い、白くじゃくの歌、ヨッコちゃんがきたよ！086ルードウィヒ・B 087勇者ダン 勇者ダン、ボンゴ〈小学五年生〜小学六年生版〉088アラバスター 089ふしぎな少年 090-092ぼくの孫悟空3ぼくの孫悟空、リンリンちゃん(092)093-094奇子2奇子、鉄の旋律、白い幻影、レボリューション(094)095フースケ フースケ、タイムマシンのみこと、品川心中、すっぽん物語、セクソダス、負け女郎、日付健忘線、アポロはなぜ酔っ拂ったか、やぶれかぶれ、ヌーディアン列島096アポロの歌 097平原太平記 ふしぎ旅行記 平原太平記、月世界紳士、奇蹟の森のものがたり、ふしぎ旅行記098-099一輝まんだら2一輝まんだら、時計仕掛けのりんご、バイパスの夜、嚢、イエロー・ダスト、悪魔の開幕、山棟蛇(099)100-101ハトよ天まで2ハトよ天まで、羽と星くず、タツマキ号航海記(101)102サボテン君 レモン・キッド サボテン君、ほろ馬車くん、レモン・キッド、黒い峡谷、火の谷、荒野の弾痕103旋風Z 旋風Z、ジェットキング104-105ビッグX2106-107ナンバー72108-114ブッダ7115タイガーブックス(1) タイガーランド、悪右衛門、原人イシの物語、低俗天使、ぬし116タイガーブックス(2) ころすけの橋、カノン、ロロの旅路、雨降り小僧、ガラスの脳、モンモン山が泣いてるよ、ヤジとボク、0次元の丘、るんは風の中、新・聊斎志異 女郎蜘蛛、新・聊斎志異 お常117タイガーブックス(3) 二人のショーグン、八丁池のゴロ、火の輪、てんてけマーチ、山太郎かえる、ゼフィルス、海の姉弟、走れ！クロノス118タイガーブックス(4) グロテスクへの招待、いないいないばあ、四谷怪談、さらばアーリイ、ハヌマンの冒険、ひとでの秘密、はなたれ浄土、こじき姫ルンペネラ、1985への出発119ケン1探偵長 ケン1探偵長、くも屋敷の鍵穴、ケン一探偵長120フィルムは生きている フィルムは生きている、アリと巨人121リボンの騎士 -少女クラブ版- リボンの騎士 -少女クラブ版-、リボンの騎士 チンクと金のたまご、うたえペニーよ、シルクハット物語、ロビンちゃん、龍が淵の乙女、赤い雪12238度線上の怪物 38度線上の怪物、火星からきた男、化石人間、化石人間の逆襲、人食岬の決戦、ジェット基地の幽霊、落盤、花とあらくれ123弁慶 弁慶、後藤又兵衛、丹下左膳、ピストルをあたまにのせた人びと、夏草物語124SFミックス 偉大なるゼオ、バチス号浮上せず、2から2を消せば2、人間牧場、最後はきみだ！、宇宙からのSOS、光線銃（レイ・ガン）ジャック、だれかが狂ってる！、バックネットの青い影、悪魔の音、ドースン一家の記録、秘密指令第3号、ビルの中の目、未来をのぞく3人、午前7時の地下室、刹那125スリル博士 スリル博士、光126エンゼルの丘 127上を下へのジレッタ 128-129ドン・ドラキュラ2ドン・ドラキュラ、おはよう！クスコ、どろんこ先生、ぐうたろう千一夜(129)130おれは猿飛だ！ おれは猿飛だ！、こだまちゃん131アバンチュール21 アバンチュール21、シャミー1000、緑の果て、7日の恐怖、月世界の人間、ジャムボ132-133グリンゴ2グリンゴ、サスピション、山の彼方の空紅く、雨のコンダクター、料理する女、お客さまは悪魔です(133)134ライオンブックス おもしろブック版 来るべき人類、緑の猫、白骨船長、宇宙空港、恐怖山脈、くろい宇宙線、狂った国境、複眼魔人135ロップくん ロップくん、ボンゴ 小学一年生版136ひょうたん駒子 ひょうたん駒子、週間探偵登場、雑巾と宝石、第三帝国の崩壊、昆虫少女の放浪記、スター・ダスト、われ泣きぬれて島と、よろめき動物記、ごめんねママ137スーパー太平記 スーパー太平記、夜明け城138-139未来人カオス2未来人カオス、あとがきにかえて、大地の顔役バギ(139)140メタモルフォーゼ ザムザ復活、べんけいと牛若、大将軍 森へ行く、すべていつわりの家、ウオビット、聖なる広場の物語、おけさのひょう六、インセクター、インセクター 蝶道は死のにおい、夜よさよなら、ダリとの再会141鬼丸大将 142ジャングルタロ ジャングルタロ、お山の三五郎、どんぐり行進曲、流星王子、おお！われら三人143空気の底 ジョーを訪ねた男、野郎と断崖、グランドメサの決闘、うろこが崎、夜の声、そこに穴があった、カメレオン、猫の血、わが谷は未知なりき、暗い窓の女、カタストロフ・イン・ザ・ダーク、電話、ロバンナよ、ふたりは空気の底に、処刑は3時におわった、おそすぎるアイツ、聖女懐妊、帰還者144-146七色いんこ3147マグマ大使 148鳥人大系 鳥人大系、炎症、うしろの正面、そこに指が、一寸の虫、24時間まえの男、ゼンソクの男、緑の果て、七日目、ガリバー旅行記、ドオベルマン、熟れた星149ボンバ! ボンバ!、魔の山、がらくたの詩、赤の他人、三つのスリル、机の中へこんにちは、ずんべら、やまなし、ふたりでリンゲル・ロックを150-151MW（ムウ）2MW（ムウ）、火の山、ペーター・キュルテンの記録、もの憂げな夜、ラインの館にて(151)152ダスト8 ダスト8、バカ一153ナスビ女王 ナスビ女王、とんから谷物語、そよ風さん、ひまわりさん154新世界ルルー 新世界ルルー、黄金都市、タイガー博士、くるったジャングル、氏神さまの火、村の踊り子、足あと温泉、カノコの応援団長、凸凹牧場、凸凹剣士155火の鳥(1) 黎明編、「火の鳥」のロマン156火の鳥(2) 未来編、「火の鳥」と私157火の鳥(3) ヤマト編、宇宙編158火の鳥(4) 鳳凰編159火の鳥(5) 復活編、羽衣編160火の鳥(6) 望郷編161火の鳥(7) 乱世編162火の鳥(8) 乱世編163火の鳥(9) 生命編、異形編164火の鳥(10) 太陽編165火の鳥(11) 太陽編166火の鳥 -少女クラブ版- 火の鳥 -少女クラブ版-、火の鳥 黎明編 漫画少年版、火の鳥 休憩167-168プライム・ローズ2169ばるぼら 170ネオ・ファウスト 171ゴブリン公爵 172どついたれ 173-1740マン2175キャプテンKen 176ブッキラによろしく！ ブッキラによろしく！、牙人177白いパイロット 178-180オズマ隊長3オズマ隊長、黄金のトランク(180)181ブルンガ1世 182-183ノーマン2ノーマン、虎人境、黄色魔境、大暴走(183)184-185ミクロイドS2ミクロイドS、サンダーマスク(185)186地球を呑む 187-192陽だまりの樹6陽だまりの樹、サロメの唇、最上殿始末、新聊斎志異 叩建異譚(192)193I.L（アイエル） I.L、ステロタイプ194手塚治虫漫画全集未収録作品集(1) 銀河少年、怪傑シラノ、豆大統領、ハリケーンZ スーパーX事件、ハリケーンZ 十三の怪神像事件195手塚治虫漫画全集未収録作品集(2) タカラジマ、バット博士とジム、怪人コロンコ博士、Qチャンの捕物帳、ハンスと金のかみのけ、ドローン城物語、ワン公月へ行く、おばけジャングル、鳥よせ少女、みす・たからずか、びいこのおもり、すずむしひめ、かりゅうどばちのおはなし、ファーブル先生の虫物語、くろちょろのぼうけん、いのちの豆じしゃく、ぼくはにんじゅつつかい、ちらかしくん、火星物語、人間のせんぞ、ピロンちゃん、奇妙な大旅行、ふたりの演奏家、太陽がさかさまだ、野ばらよいつ歌う196手塚治虫漫画全集未収録作品集(3) 幽霊男、勝利の日まで、オヤヂの宝島197冒険狂時代 冒険狂時代、ピピちゃん198ふしぎなメルモ ふしぎなメルモ、ぽっかち、カンパチ、パンサーを探せ、ワンサくん、海のトリトン たのしい幼稚園版、ちっぽくんこんにちは 絵本版、ちっぽくんこんにちは 二年の学習〜三年の学習版199人間昆虫記 200新寶島オリジナル版
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