コイ科（コイか、）は、コイ亜目の科の一つ。主にユーラシア大陸南部からアフリカの淡水域に分布する。およそ1300種を含む。かつてはコイ亜目がコイ科、コイ科がコイ亜科であった。
分類 11族に分けられる。種数はFishBaseによる。 Probarbini thumb| Lei et al., 2015 - 東南アジア産。 - 3種 - 1種 パーカーホ ラベオ族 thumb| thumb|ドクターフィッシュ thumb| - 約34属400種を含む。アフリカ・アジアの熱帯域に分布する。多くの種は渓流域に生息し、口の形態が特殊化しているものが多い。 Bleeker, 1859
ツノゴイ属 - 24種 - 4種 ラベオ属 - 103種 - 1種 カトラ（ラベオ属に含まれる） ケンヒー属 - 11種 ケンヒー Bleeker, 1863 アゴヒラ属 - 112種 ドクターフィッシュ - 1種 - 3種 - 1種 - 2種 (syn. - 1種) - 1種 - 主に東南アジア エパルゼオリンコス属 - レッドテールブラックシャーク - 16種 - 4種 - 23種 - 1種 - 4種 - 9種 カタクチ属 - 35種 - 主に中国
- 5種 - 3種 - 1種 - 16種（ 2種を含む） - 2種 イシツキウオ属 - 2種 - 1種 - 1種
- 5種 - 3種 フサモロコ属 - 3種 - 6種 - 2種 - 1種 - 6種 Incertae sedis - 1種 - 4種 - 1種 - 6種 - 1種 - 4種 - 1種 - 2種 - 2種 Torini thumb| Torini Karaman, 1971 - アジア、アフリカ産の大型種を含む。アジア産種（ 属など）の方が基底的だと考えられる。 - 1種 - 10種 - 2種 - 23種 - 1種 - 20種 - 5種 - 1種 - 37種 アフリカ - 1種 から分割 - 43種 - 1種 - 1種 Smiliogastrini thumb|ロージーバルブ Smiliogastrini Bleeker, 1863 - アジア・アフリカに産する小型種のグループ。 - 3種 - 3種 - 10種 - 2種 - 9種 - 1種 - 1種 - 39種 - 7種 - 5種 - 7種 - 1種 プンティウス属 - 67種 - 4種 - 34種 - 13種 - 2種 - 7種 - 7種 - 2種
Poropuntiini thumb|シルバーシャーク Poropuntiini - 主に東南アジアに分布する。 - 4種
バランティオケイロス属 - 2種 シルバーシャーク - 4種 - 2種 - 4種 - 1種 - 10種 - 5種 - 3種 - 1種 レッドフィンレッドノーズ - 40種 - 10種 - 4種 - 8種 コイ族 thumb|ヨーロッパブナ Cyprinini Rafinesque, 1815 - ユーラシアに産するグループ。 - 2種 - 2種 コイ属 - 23種 コイ（野生型・飼育型） ヒゲブナ属 - 3種 フナ属 - 4種 ゲンゴロウブナ・フナ類（キンブナ・ギンブナ・ニゴロブナ・オオキンブナ・ナガブナ）・（キンギョ）・ヨーロッパブナ (syn. ) - 57種 雲貴高原のカルスト台地に分布、洞窟性種を含む。 - 1種 - 1種 - 1種 サムネイル|タイワンハナマガリ Acrossocheilus paradoxus
ハナマガリ族 Acrossocheilini Lei et al., 2015 - 東南アジアから中国。 クチマガリ属 - 21種 ハナマガリ属 - 24種 キツネニゴイ属 - 1種 サムネイル|セイバンゴイ属の一種 Spinibarbus sinensis
セイバンゴイ族 Spinibarbini Lei et al., 2015 - 東アジアに分布する1属のみを含む。 セイバンゴイ属 - 10種
Schizothoracini thumb|インド産の 属。 Schizothoracini McClelland, 1842 - アジアの高原地帯で見られる。 シセンアブラハヤ属 - 65種 - 2種 - 3種 - 1種 - 1種 Schizopygopsini Schizopygopsini Mirza, 1991 - アジアの高原地帯で見られる。 - 2種 - 3種 - 4種 - 1種 - 1種 ハダカゴイ属 - 10種 - 8種 - 1種 - 1種 Barbini thumb| Barbini Bleeker, 1859 - ユーラシア大陸とアフリカ北西部。 - 3種 - 10種 - 3種 - 1種 - アンゴラ・バーブ - 22種 - 24種
Incertae sedis - 3種 - 1種 - 1種 - 2種 - 1種 - 1種 - 1種 - 1種 - 1種 - 1種 - 1種 - 1種
系統 次のような系統樹が得られている。
脚注