2. divisjon fotball for menn 2006 var den sjette sesongen 2. divisjon ble spilt med fire avdelinger. Klubbene fra Trøndelag og Nord-Norge ble skilt denne gangen, for å variere reisebelastningen.
Opp- og nedrykk Vinneren i hver avdeling rykket opp til 1. divisjon, mens tre lag fra hver avdeling rykket ned til 3. divisjon.
Opprykk: , , og
Avdeling 1
Avdeling 2
Avdeling 3
Avdeling 4
Toppscorere, uavhengig av avdeling 27 mål: Kenneth Kvalheim, Notodden
23 mål: Andreas Moen, Lørenskog Peter Samuelsson, Nybergsund Christian Torbjørnsen, Groruddalen
22 mål: Øystein Rogstad, Skeid
20 mål: Jarle Wee, Vard Haugesund
Eksterne lenker NFFs oppsett