Kosovokrigen begynte som borgerkrig og utviklet seg til en internasjonal storkonflikt der NATO i 1999 gikk inn med flyangrep. Flyangrepene i Operation Allied Force var rettet mot mål i Serbia og serbiske styrker i Kosovo og Metohija. Konflikten endte med at føderale jugoslaviske styrker ble trukket og Kosovo ble satt under FNs administrasjon. Kosovo og Metohija var en provins sør i Serbia som var en del av Jugoslavia.
Etter økende misnøye med Serbias styre av Kosovo og stadig mer tilspisset forhold mellom etniske serbere og kosovoalbanere innledet kosovoalbanske separatister i 1996 geriljakrigføring mot serbiske myndigheter i Kosovo. Dette ble omtalt som frigjøringskrig av kosovoalbanerne og terrorisme av serberne. I 1999 gikk NATO, som frem til 1997 hadde klassifisert UÇK som terrororganisasjon,SCOTT, Peter Dale (2003): Drugs, Oil and War. Rowman & Littlefield. Lanham, USA. side 29.USAs president Bill Clintons spesialutsending til Balkan, Robert Gelbard, uttalte at UÇK var en terroristorganisasjon. Moran, M. (ed.) (2006): Terrorist Groups and Political Legitimacy . Rapport publisert av det amerikanske Council on Foreign Relations. til militær intervensjon mot Jugoslavia med den offisielle begrunnelse å stanse overgrep begått av serbiske styrker mot albanske sivile og å «hindre en humanitær katastrofe». En omfattende bombekrig fra NATOs side fulgte, samtidig som Kosovos frigjøringshær (UÇK) fortsatte kampen på bakken. Flere hundre tusen ble jaget på flukt internt i Kosovo og over grensen til nabolandene. Fordrivelsen av sivilbefolkningen tiltok sterkt under NATOs bombekrig.Hayden, R. M. (2007). Ethnic cleansing’and ‘genocide. European journal of public health, 17(6), 546-547.
Krigen resulterte i at den jugoslaviske militære tilstedeværelsen i Kosovo opphørte, og at Kosovo ble stilt under internasjonal administrasjon og med fredsbevarende styrker til stede. Republikken Kosovo erklærte seg selvstendig i 2008 og er delvis anerkjent som en selvstendig stat.
NATOs angrep på Serbia var den mest omfattende militære operasjon i Europa siden andre verdenskrig og den lengste amerikanske operasjon siden Vietnamkrigen. Det var NATOs første militæraksjon mot en suveren stat. Det var første gang den vinnende part i en krig ikke hadde et eneste tap. Det var første gang i historien at flyvåpen ble brukt alene for å få motparten til å gi opp. For første gang etter andre verdenskrig deltok Tyskland i angrep på en suveren stat. NATOs intervensjon utløste en omfattende debatt om folkeretten, og om det moralske grunnlaget og om faktagrunnlaget for intervensjonen. I ettertid har det vært et tema, blant annet for Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia, om noen av hendelsene i Kosovoe kan regnes som folkemord.Mennecke, M. (2004). Genocide in Kosovo?. In Century of Genocide (pp. 473-478). Routledge. https://doi.org/10.4324/9780203495698
Bakgrunn Kosovo hadde et begrenset indre selvstyre ved grunnloven fra 1946. Da grunnloven ble utformet i 1943 skilte man mellom nasjoner (med «hjemland» innenfor Jugoslavia) og nasjonaliteter (med hjemland hovedsakelig utenfor Jugoslavia). Innenfor det Jugoslavia skapt etter andre verdenskrig skulle bare nasjoner og ikke nasjonaliteter ha rett til sin egen delrepublikk innenfor føderasjonen. Kosovoalbanerne ble regnet som en nasjonalitet fordi Albania ble oppfattet som deres hjemland.
De fleste kosovoalbanere aksepterte etter andre verdenskrig den staten Tito skapte, mens et mindretall drømte om et Kosovo forent med Albania. Kosovo var Jugoslavias fattigste provins. Etter 1974-reformen mente mange at Kosovo måtte få status som republikk som i prinsippet hadde rett til å bryte ut av den jugoslaviske føderasjonen, men tanken om væpnet opprør var fjern for de aller fleste. På 1980-tallet forberedte en håndfull kosovoalbanere seg på væpnet kamp, tre av disse ble i januar 1982 drept i Tyskland. Tito utvidet Kosovos selvstyre i 1974 - etniske serbere mente Titos reform gikk for langt, etniske albanere mente Tito ikke gikk langt nok. De to etniske gruppene ble grunnlaget for to motstridende nasjonalistiske prosjekter. På 1980-tallet ble det spådd at åpen konflikt i Jugoslavia ville bli utløst av Kosovo-spørsmålet. Slobodan Milošević utnyttet spenningene i Kosovo for å styrke sin stilling og stimulerte den serbiske nasjonalismen med bakgrunn i Kosovo-spørsmål. Et høydepunkt for Milošević var 600-årsjubileet for slaget ved Kosovosletta i juni 1989. Den serbiske nasjonalismen på 1980-1990-tallet handlet i stor grad om Kosovo. Nasjonalistiske akademikere som Dusan Batakovic fikk romslige offentlige midler til å publisere sine verk.Ancsombe, F. F. (2006). The Ottoman empire in recent international politics-II: the case of Kosovo. The International History Review, 28(4), 758-793. Serbiske nasjonalister betrakter Kosovo som serbisk kjerneområde blant annet fordi de eldste og viktigste religiøse minnesmerkene som klosteret i Peć ligger der og på grunn av Slaget ved Kosovosletta. thumb|left|Slobodan Milošević (til venstre) i samtale med president Clinton (til høyre), diplomatene Richard Holbrooke og Christopher R. Hill og USAs utenriksminister Warren Christopher (Paris, 14. desember 1995 ved signering av Daytonavtalen). Milošević, Holbrooke og Clinton samt general Wesley Clark var sentral personer både i Dayton og i Kosovo-krigen
Oppløsningen av Jugoslavia etter Tito Kosovos status var et tilbakevendende tema under Jugoslavias oppløsning på 1990-tallet. Serbia opphevet i 1989 Kosovos status som autonom provins og serbiske myndigheter tok full kontroll over politi- og justissektoren i provinsen. Fra Serbias side ble dette fremstilt som forsvarstiltak for å hindre fordrivelse av etniske serbere fra provinsen. Beograd gjennomførte mange tiltak for å styrke eller beskytte kosovoserbernes stilling, blant annet med å bruke serbisk som språk og pensum i skolen med vekt på serbisk perspektiv på historien. Kosovoalbanere fikk vansker på arbeidsmarkedet og eiendomsmarkedet. Opphevelsen av Kosovos autonomi bidro til at spenningene, som hadde eksistert i regionen siden 1913, økte. Internasjonale organisasjoner engasjerte seg fra tidlig på 1990-tallet for å bidra til å holde spenningene ned og unngå opptrapping av konflikten.
I 1990 mistet Kosovo vetoretten i Serbias parlament. Etter at Kosovos selstyreforsamling vedtok en erklæring om selvstendighet ble direkte styre fra Beograd innført på alle områder. Kosovoalbanerne svarte med å ignorere det serbiske styret og opprettet et parallelt styre finansiert av klanledere og kosovoalbanere i utlandet. Den uoffisielle skatten var på 3 % av inntekten. Ibrahim Rugova ble uoffisielt valgt til president for Kosovo i 1992 og 1998. Bujar Bukoshi var statsminister i den uoffisielle regjeringen som til dels opererte fra eksil. Mange fra den militante undergrunnsbevegelsen på 1980-tallet sluttet seg til Rugovas linje. Rugova argumenterte i 1992 for at væpnet opprør mot Beograd ville være fåfengt, og han mente at Beograd ville bruke et væpnet opprør som påskudd til å utslette den kosovoalbanske befolkningen. Rugovas linje bidro til å holde ro i Kosovo og Milošević aksepterte stilltiende Rugovas ikke-voldelige linje fordi det skapte ro blant kosovoalbanerne.
OSSE (ved forløperen KSSE) var den første organisasjonen som responderte på situasjonen i Kosovo. I juli 1991 kritiserte OSSEs komite for minoriteter Serbias håndtering av situasjonen i Kosovo og i mai 1992 anbefalte OSSE utplassering av observatører i regionen. OSSE etablerte kontor i Priština i september 1992 og i februar 1993 kontorer i Pec og i Prizren, med sikte på å bidra til megling og dialog mellom partene Kosovo.
EF utnevnte i august 1991 en kommisjon som skulle gi juridisk råd i forbindelse med forhandlinger mellom delrepublikkene (Arbitration Commission of the Peace Conference on Yugoslavia). Kommisjonen ble ledet av den franske juristen Robert Badinter.Pellet, A. (1992). The opinions of the Badinter Arbitration Committee a second breath for the self-determination of peoples. European Journal of International Law, 3, 178.Radan, P. (1997). The Badinter arbitration commission and the partition of Yugoslavia. Nationalities Papers, 25(3), 537-557. Forhandlingene om Jugoslavia ble ført i Haag og ledet av Peter Carington, kommisjonen ga uttalelser blant annet på spørsmål fra Lord Carington. Kommisjonens uttalelser (opinions) var ikke bindende. Kommisjonen konstaterte at Jugoslavia var i ferd med å bli oppløst og uttalte at alle delrepublikkene var likeverdige etterfølgere av den føderale republikken. Delrepublikker som brøt ut av føderasjonen var dermed ikke å anse som opprørere ifølge kommisjonen, og delrepublikker som brøt ut var å anse som nye, suverene stater. Kosovo var en provins og ikke en delrepublikk, og dermed ikke omfattet av kommisjonens uttalelse. EF-landene hadde dermed et grunnlag for å skille mellom utbrytere som var legitime nye stater som burde anerkjennes og de som ikke var det, noe som ifølge Caplan var en folkerettslig nyvinning. I desember 1991 avviste EF på dette grunnlaget en forespørsel fra Kosovo om å bli vurdert som selvstendig stat. Under forhandlingene i Haag hadde Lord Caringtons første utkast en betingelse om anerkjennelse av Kosovos autonome status, dette punktet ble strøket trolig for å få aksept fra Milošević og til stor skuffelse for kosovoalbanerne. Frem til Kosovokrigen ble uavhengighet for Kosovo helt avvist. «Rugova burde nå vite at uavhengighet for Kosovo ikke er aktuelt» uttalte Bill Clintons talsmann i mars 1998, et syn som ble delt av europeiske ledere.Caplan, R. (1998). International diplomacy and the crisis in Kosovo. International Affairs, 74(4), 745-761.
Etniske albanere utgjorde majoriteten i Kosovo og drev fra 1989 en ikke-voldelig motstandskamp mot de serbiske makthaverne, ledet av Ibrahim Rugova. I løpet av 1990-tallet var det tautrekking mellom ulike fraksjoner i Kosovo om uavhengighet skulle søkes gjennom voldelige eller ikke-voldelige metoder. Rugovas arbeid ledet ikke til noen innrømmelser fra sentralregjeringen i Beograd og heller ikke internasjonal støtte for Kosovos uavhengighet. Etter de blodige krigene i Bosnia og Kroatia sluttet de fleste kosovoalbanere opp om Rugovas linje, mens noen grupper, blant annet i eksilmiljøene i Tyskland og Sverige, avfeide Rugova som serbisk agent. En liten gruppe menn øvde geriljakrig i en leir i Labinot i Albania. Eksilmiljøene samarbeidet også med yngre radikale inne i Kosovo, blant annet Hashim Thaci.
Dayton-avtalen
Kosovo var ikke et tema under Dayton-forhandlingene i 1995 noe som var et stort politisk nederlag for Rugova. Fraværet av voldelig konflikt i Kosovo i 1995 gjorde at situasjonen der ikke ble ansett som akutt. Dayton bidro til radikalisering av kosovoalbanerne. Resten av verden var ikke særlig oppmerksom på at Dayton var et stort sjokk for kosovoalbanere: Fordi Kosovo bare var en provins i Jugoslavia og ikke en republikk, skulle Kosovo fortsatt være en del av Serbia eller rest-Jugoslavia. EU anerkjente Den føderale republikken Jugoslavia bestående av Serbia, inkludert Kosovo, og Montenegro. I Kosovo begynte en del kosovoalbanske politikere argumentere for at Rugova burde øke presset mot Beograd for eksempel ved å arrangere demonstrasjoner, og til manges skuffelse gjorde Rugova ingenting. Mange kosovoalbanere mistet etter hvert troen på Rugovas tålmodige, ikke-voldelige linje. UÇK begynte som den militære grenen av det venstreradikale partiet LPK og fungerte lenge som en paraplyorganisasjon på grunn av sterk fraksjonering. Dayton-forhandlingen var i regi av USA ved diplomaten Richard Holbrooke. General Wesley Clark var også en nøkkelperson på amerikanske side i Dayton.