Marinejegerkommandoens historie går tilbake til andre verdenskrig. Marinen utdannet froskemenn fra 1953, og delte utdannelsen i to fra 1968: minedykkere og marinejegere. Marinejegerlaget skiftet navn til Marinejegerkommandoen (MJK) i 1992. MJK forble organisert i Sjøforsvaret frem til Forsvarets spesialstyrker ble opprettet 1. januar 2014.
Fra andre verdenskrig og frem til 1960 Personellet i Norwegian Independent Company No. 1, mest kjent som Kompani Linge, gjennomgikk trening som til en viss grad kan sammenlignes med noe av den treningen marinejegerne gjennomgikk på 1990-tallet. Egentlig var den eneste forskjellen fra 1990-tallets marinejegere at Linge-personellet ikke opererte som undervannssvømmere. Kompani Linge trente totalt 530 operatører under krigen. Av disse døde 51 i strid, 7 ble fanget og flere døde under trening, noe som indikerer høy grad av realisme i treningen. Mens Kompani Linge ble styrt av Storbritannia ble imidlertid Shetlandsgjengen implementert i den norske Marinen (Sjøforsvaret) under krigen. Hæren og Marinen la høsten 1945 ned avdelinger som hadde tilhørt utefronten, og i den forbindelse opphørte Kompani Linge, Shetlandsgjengen, kommandokompaniet og fallskjermkompaniet. Myndighetene prioriterte gjenoppbygging av det regulære forsvaret av Norge.
Marinen hadde etter 1945 et stort behov for dykkere til arbeidet med uskadeliggjøring av sjøminer og andre sprenglegemer som lå igjen fra krigen. Marinenes spesialtrente soldater i UAM-tjenesten (uskadeliggjøring av miner), opprinnelig trent i hemmelighet i Dumbarton i Skottland fra 1944, tok seg av frittflytende miner, og minesveiperne tok seg av minebeltene. Forsvarsgrenen håndterte slike farlige gjenstander på norskekysten i perioden 1945–1975. Hjelmdykkingen var den enerådende formen for dykking i Marinen frem til tidlig på 1950-tallet. Da kom dykking med selvforsynte pusteapparat.
Vinterkrisen i 1948, med kommunistkuppet i Tsjekkoslovakia og inngåelse av pakten mellom Sovjetunionen og Finland (VSB), var utslagsgivende forhold for å tydelig styrke Norges evne til å forsvare seg selv - uavhengig av hvor sterkt Forsvaret kunne bli, var det nødvendig for myndighetene å regne med det verst tenkelige, nemlig okkupasjon. Daværende forsvarsminister Hauge opprettet derfor en strengt hemmelig okkupasjonsberedskap (etterretning/sabotasje/evakuering) i 1946 og Stay Behind-organisasjonen i 1948 (underlagt Etterretningstjenesten og ledet av blant andre tidligere Linge-personell, men oppbygd i samarbeid med USA og Storbritannia). Samtidig hadde Etterretningstjenesten observert sportsdykkeren Ove Lund dykke med delvis hjemmelaget utstyr i bassenget på Bislett bad. Ove Lund ble også presentert som en av landets første fritidsdykkere i bladet Vi Menn i 1952, og han fremhevet da de militære fordelene dykking kunne hatt i en eventuell krigssituasjon. Med Etterretningstjenestens interesse ble det i løpet av vinteren 1951–1952 besluttet å opprette en froskemannsavdeling. Første kursleder og sjef for det som i 1953 ble Marinens froskemannsavdeling på Bolærne fort ble nettopp Ove Lund. Han gjennomføre høsten 1952 kurs hos US Navys spesialenhet UDT (Underwater Demolition Teams, forgjengeren til United States Navy SEALs), etter ordre om dette fra Etterretningstjenestens sjef. Etterretningstjenesten finansierte utdannelsen av de første froskemennene.
Med bruk av selvforsynte pusteapparater som ikke avga bobler, skulle froskemennene ta seg frem til fiendtlige fartøy og feste sprengladninger på dem. De skulle også utføre rekognosering før landgangsoperasjoner eller bidra til havneforsvar under vann ved å fjerne miner i havneområder og eventuelle sprenglegemer fra ankrede fartøy. Gjennomføringen av froskemannskursene foregikk etter amerikansk mønster og tjenesten var knallhard. Dette var et nødvendig opplegg for blant annet å forberede og kvalifisere froskemennene til å utføre de krevende oppdragene det var å plassere eller uskadeliggjøre sprenglegemer. Avdelingen skiftet navn til Marinens froskemannsskole i 1955 og ble lokalisert til Karljohansvern i Horten. Froskemennene begynte allerede den gang å trene på offensive anslag mot olje- og militæranlegg, kystfort og fartøyer.
Froskemennenes treningsoppdrag innebar også strand-rekognoseringer, inspirert av US Navy UDT. De øvde da på vurdering av strømningsforhold og geografi, trente på avdekking av hindringer som sjøminer, og kartla kommunikasjonsveier ut fra strendene og steder som for eksempel lokale bensinstasjoner. Denne typen treningsoppdrag var særlig viktig på 1950-tallet, men også viktig gjennom hele den kalde krigen med bakgrunn i sovjetisk trussel om landgangsoperasjoner, og USAs fremskutte maritime strategi fra 1980-tallet. Froskemennene begynte et samarbeid med Luftforsvarets helikoptertjeneste i redningsaksjoner til sjøs etter en jetfly-styrt utenfor Sola i 1953, og deltok vel ti år senere i utviklingen av redningsflåter som kunne droppes fra Albatross-flyene.
Fra 1950 oppholdt britiske spesialstyrker seg årlig i Norge, både som støtte til Stay Behind og for regulære norske styrker som del av invasjonsforsvaret. NATO etablerte i 1951 Nordkommandoen på Kolsås ved Oslo. Hovedkvarteret utarbeidet et operativt planverk som også inkluderte såkalt ukonvensjonelle militære operasjoner (UMO). Styrkene tilknyttet UMO skulle trenge seg inn og virke bak fiendens linjer og i okkupert område som en del av regulær strid. UMO-stridsplanen ble av sikkerhetsgrunner oppbevart som et separat vedlegg til hovedforsvarsplanen fra 1950-tallet. Hovedforsvarsplanen er senere blitt tilgjengelig, men det har ikke lyktes å identifisere UMO-vedlegget. Imidlertid er planleggingsdirektivet for Nord-Norge fra 1955 funnet, som beskriver froskemennenes oppgave som landgangsoperasjoner ulike steder i Nord-Norge med sabotasje mot fiendens sambandslinjer, kontroll- og varslingssystemer og flyplasser.
Fra 1960 til 1972 Etableringen og utbyggingen av Sjøforsvarets nye hovedbase på Haakonsvern ble ferdig i 1962 og innebar en 20 meter høy oppstigningstank. Marinens froskemannsskole ble dette året sammenslått med Marinens dykkerskole som utdannet hjelmdykkerne, ble lokalisert til Haakonsvern og fikk navnet Sjøforsvarets dykker- og froskemannsskole (DFS). Skolen var på denne tiden en av de mest moderne militære dykkerskolene i Europa.
I 1960 forsøkte froskemenn med dykkerutstyr å holde seg fast i U-klasse ubåten KNM Utsira i bevegelse under vann utenfor Ramsund, men ved fem knops hastighet ble vannmotstanden i utstyret for stor. Da skolen flyttet til Haakonsvern i 1962 ble forsøkene gjenopptatt. Froskemennene hadde på de nyere K-klasse (Kobben-klasse) ubåtene plass til å sitte i tårnet på ubåten, skjermet for vannmotstanden under transport og en kunne øke transporthastigheten under vann. Nedkjøling av froskemennene ble likevel betydelig ved lengre transportetapper, og etter nøye planlegging og gjennomgang i en ubåt som lå i dokk, foretok froskemennene den første utslusingen gjennom torpedorør fra en ubåt som lå ved kai (blant andre var froskemannen/marinejegeren og tidligere leder av både minedykkerne og Marinejegerlaget, Bjørn Bjørnø, som omkom i en fallskjermulykke i 2018, med på de første utslusingene). Utslusingen var vellykket, og etter hvert ble det foretatt både inn- og utslusinger med alle typer selvforsynt dykkerutstyr som var i bruk den gang. Slusemetoden ble en svært effektiv, taktisk innsettingsmetode som fortsatt benyttes.
Noen få froskemenn/marinejegere skal ha deltatt på oppdrag i internasjonale operasjoner under den kalde krigen. I første del av 1960-tallet kjøpte USA 14 norskbygde fartøyer av Tjeld-klassen (konstruert av Jan Herman Linge, sønn av Martin Linge) for bruk i sabotasjeaksjoner mot Nord-Vietnam (i tillegg ble 6 fartøyer bygget på lisens i USA i årene 1967–1968). CIA rekrutterte i denne sammenheng tidligere norske sjømenn som båtførere og båtfører-instruktører (gjennom Alf Martens Meyer i den norske Etterretningstjenesten), men rekrutterte også tidligere norske froskemenn med bakgrunn i flere år med fellesøvelser mellom de norske froskemennene og de amerikanske minedykkerne (US Navys UDT-soldater). Sabotasjeoppdragene med de norske fartøyene og mannskapene var avgjørende i å fremprovosere Tonkin-episoden (se: Nordmenn i Vietnamkrigen).
Stadig økte froskemannsmiljøet sine ambisjoner, og interessen for fallskjerm kom da froskemennene observerte fallskjermhoppere fra det nyopprettede US Navy SEALs som hoppet over Grimsfjorden i 1962, omtrent samtidig med Hærens opprettelse av fallskjermjegerskolen (HFJS). DFS og HFJS delte oppfatningen av at froskemenn som kunne innsettes med fallskjerm og samtidig var utstyrt med dykkerutstyr, hadde betydelig større mulighet til å utføre vellykkede sabotasjeoppdrag. Totalt 18 fallskjermhoppere, bestående av elever fra HFJS og froskemenn, hoppet sammen over Kalandsvannet utenfor Bergen i 1964. Med fallskjerm-utdannelsen skulle froskemennene angripe sjøgående fartøyer og kystmål fra luften. Froskemennene skulle også kunne rekognosere og angripe mål på land, og krav om innsetting med fallskjerm ble en realitet på midten av 1960-tallet. Samarbeid med landsatte fallskjermhoppere skulle gi en vellykket tilbaketrekning. I 1965 hadde 15 froskemenn fått utdanning i automathopp på Trandum, og fra samme år brukte som regel froskemennene/marinejegerne innleide sivile fly for vedlikeholdshopping. Det ble samtidig vurdert å verve flere av de vernepliktige, hovedsakelig for å holde et forsvarlig sikkerhetsnivå med det utvidede spekteret av oppgaver.
Over tid ble froskemannstjenesten så allsidig at de aktive innen froskemannsmiljøet reelt ble slik som de senere marinejegerne. På midten av 1960-tallet skulle det være to froskemannstropper i Nord-Norge, med 15 froskemenn i hver tropp, en i Tromsø og en i Ramsund, men det var ikke nok operatører. Det var store krav til oppgaver som skulle mestres av froskemennene og frafallet på froskemannskursene var høyt. I 1965 gjensto kun 5 av 32 kurskandidater bare etter sjette treningsuke. Begrepet marinejeger ble benyttet allerede i 1962, men først i 1967 bestemte Sjøforsvaret å opprette en operativ marinejegerorganisasjon, bestående av et stående marinejeger-beredskapslag på Haakonsvern og et marinejeger-mobiliseringslag i Nord-Norge. Froskemennene ble delt i en offensiv og defensiv del påfølgende år - den offensive delen fikk navnet Marinejegerlag Sør-Norge, mens den defensive delen utviklet seg videre til det som i dag er Minedykkerkommandoen. Marinejegerne var nå underlagt Sjøforsvarets operative kommando ved Stavanger, og besto av et stående beredskapslag på Haakonsvern, Marinejegerlag Sør-Norge, og et marinejeger mobiliseringslag i Nord-Norge. Som andre stående avdelinger i Forsvaret hadde marinejegerne 50 % beredskap, som ville si at laget skulle være stridsklart med halve styrken innen 30 minutter året rundt. Kjente hovedoppgaver var på denne tiden patrulje/jeger-oppdrag, over- og undervanns-rekognosering, fjerne og ødelegge undervanns-hindre før ilandstignings-operasjoner, å plassere og fjerne sprenglegemer under vann, assistere i mine-mottiltak og utføre arbeid under vann. Noen av marinejegerne fikk tilleggsopplæring i avansert førstehjelp på Lahaugmoen, andre på Swimmer Canoesit Course hos Royal Marines i Storbritannia. Noen fikk sambandskurs på Jørstadmoen, noe som økte mulighetene på sambandssiden, og noen fikk skarpskytterkurs på Skyte- og vinterskolen på Elverum.