thumb|Bilde av SARS-CoV-2 tatt med elektronmikroskop. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), også kjent som koronavirus, midlertidig også navngitt som 2019-novel-coronavirus eller bare 2019-nCoV, er et svært smittsomt virus av arten SARS-CoV. SARS-CoV-2 kan forårsake sykdommen covid-19, en akutt luftveisinfeksjon som kan oppstå hos mennesker og være dødelig. De første kjente utbruddene av SARS-CoV-2 skjedde mot slutten av 2019 i Wuhan, i provinsen Hubei i Kina.
Inndeling Inndelingen følger Catalogue of Life Checklist versjon 2022-06-23 og International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV).
Virus (urangert takson) Riboviria (overrike) Orthornavirae (rike) Pisuviricota (rekke) Pisoniviricetes (klasse) Nidovirales (orden) Cornidovirineae (underorden) Coronaviridae (familie) Orthocoronavirinae (underfamilie) Betacoronavirus (slekt) Sarbecovirus (underslekt) Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARS-CoV) (art) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 1 (SARS-CoV-1) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Bat SARS-like coronavirus WIV1 Bat coronavirus RaTG13
Navnet 11. februar 2020 ga ICTV viruset det offisielle navnet «severe acute respiratory syndrome coronavirus 2» (SARS-CoV-2), basert på retningslinjer for navngiving av nye virus. Sykdommen fikk navnet «covid-19», satt sammen av ordene «coronavirus» og «disease», da virusutbruddet ble kjent mot slutten av 2019.
Virusets opprinnelse
22. januar 2020 utga Journal of Medical Virology en rapport med en genom-analyse, som vurderer at slanger i Wuhan-området er «the most probable wildlife animal reservoir» for viruset, men mer forskning kreves. En homolog rekombinasjonshendelse kan ha blandet en «clade A» (flaggermus SARS-lignende virus CoVZC45 og CoVZXC21) virus med RNA-binding domain av et tidligere ukjent Beta-CoV.
Prøver av virus (RaTG13) fra flaggermusen "Rhinolophus sinicus" samsvarer 96% med SARS-CoV-2, og virus fra skjelldyr samsvarer 92%. Viruset fra flaggermus mangler en type binding (RBD) som gjør at smitte til menneske er usannsynlig, mens skjelldyr-viruset har denne bindingen. Katter og ildere kan også smittes av virus med denne bindingen. Det ble derfor antatt at SARS-CoV-2 enten er en kombinasjon av disse to virusene, eller at skjelldyrviruset er det som har smittet videre til mennesket via en annen kilde. I februar 2021 viste en studie at flaggermus og skjelldyr i Thailand også hadde varianter av nesten samme virus (RacCS203), noe som gjør det sannsynlig at flaggermus andre steder kan ha andre varianter, og at flaggermus fra hvor som helst i regionen kan være opphav til viruset som har smittet mennesker. I mars 2021 uttalte medlem i WHOs etterforskningsgruppe, Peter Daszak, at gårder sør i Kina som driver oppdrett av ville dyr sannsynligvis er opphavet til viruset.
10. oktober 2022 publiserte et internasjonalt ekspertpanel, der bl.a. Carlos das Neves fra det norske Veterinærinstituttet var med, en rapport som viser at det er svært sannsynlig at viruset kom fra et dyr og ikke fra et laboratorium. Ekspertene mener at viruset har gått fra flaggermus til andre dyr og at handel med ville dyr gjorde at viruset kom til Huanan-markedet i Wuhan i 2019. I mars 2023 ble det klart at nye analyser av data fra 2020 viste at det fantes DNA fra mårhund i prøver man tidligere mente kom bare fra mennesker. Dette betyr ikke at viruset kom fra mårhund, men viser at dyr som kan være smittebærere ble solgt på markedet i Wuhan.
Virus fra laboratorium thumb|SARS-CoV-2s antatte genomisk organisasjon. (GenBank-nummer MN908947)
Donald Trump hevdet på en pressekonferanse 30. april 2020 at viruset kom fra et laboratorium i Wuhan. Mike Pompeo hevdet like etter at de hadde "enorme bevis" for at det var tilfelle, uten å klargjøre hva slags bevis. Medisinske eksperter, bl.a. Anthony Fauci mente da at viruset ikke er genetisk modifisert. Virologen Li-Meng Yan, som forsket i Hong-Kong, har uttalt til Stephen Bannon, at viruset kommer fra et militært laboratorium. Det er en påstand som ikke er dokumentert. WHO gjorde undersøkelser i Wuhan i begynnelsen av 2021 og lederen for undersøkelsene, Peter Ben Embarek, uttalte at laboratoriehypotesen var ekstremt usannsynlig. WHO fant ut at det eksisterte 13 mutasjoner allerede i desember 2019, noe som antyder at viruset var mer utbredt enn tidligere antatt. Etter dette har flere eksperter uttalt at laboratorium-teorien er politisk motivert, ikke vitenskapelig, mens enkelte amerikanske politikere, basert på offentliggjorte etteretningsrapporter, hevder at viruset kan ha kommet instituttet for virologi i Wuhan. Ekspertrapporten publisert i Science i oktober 2022 anser lab-teorien som usannsynlig. Leder for FBI Christopher Wray sa 28. februar 2023 til Fox News Channel at FBI antok an ulykke på et laboratorium som den mest sannsynlige opprinnelsen til viruset.
I 2024 var det en høring i den amerikanske kongressen om opphavet til SARS-Cov-2. Anthony Fauci uttalte at lekkasje-teorien ikke i utgangspunktet er en konspirasjonsteori, men at forstyrrelser av emnet er det. Fauchi sa han ikke visste hvor viruset kom fra. Peter Daszak og EcoHealth Alliance ønsket på et tidspunkt å forske på mutasjoner av koronavirus svært lik SARS-Cov-2 i Wuhan, men søknaden ble avvist. Det ble klart i kongresshøringene at organisasjonen holdt tilbake informasjon om sitt arbeid, og Biden-administrasjonen kuttet all fremtidig støtte til organisasjonen. De politiske konsekvensene av at en amerikansk organisasjon har vært involvert i en lekkasje har påvirket beslutningene til politikere og forskere og gjort det utfordrende å finne opphavet til viruset. Sigrid Bratlie sa til NrK i juni 2024 at hun da anså lekkasje-teorien som den mest sannsynlige.
Biologisk sammensetting Isolaten Wuhan-Hu-1 (GenBank-nummer MN908947) av SARS-CoV-2 viser store fylogenetiske likheter med to koronavirus-isolater fra den kinesiske flaggermusen, som ble kartlagt i 2015 og 2017. Isolatens virusgenom omfatter bp med 281 bp henholdsvis 325 bp lange uoversatte områder ved 5'enden og henholdsvis 3'enden. De antatte kodingsregionene er delt inn i 10 proteiner: en 7096 lang aminosyre (AS) ORF1ab-polyproteinet, en 1282 AS lang overflate-glykoprotein (S), et 75 AS konvoluttprotein (E), 222 AS membranglykoproteinet (M), en 419 AS nukleokapsid-fosfoprotein og ytterligere 5 proteiner (ORF3a, ORF6, ORF7a, ORF8 og ORF10). Disse utgjør ettervirkningen i SARS-viruset og alle coronavirus.
Mutasjoner SARS-CoV-2 ser ut til å mutere hyppig. En studie fra Island fant 40 forskjellige varianter av viruset, der de fleste mutasjonene var uten noen effekt. En person hadde både et virus fra Italia/Østerrike og en egen islandsk mutasjon, og bare den islandske mutasjonen smittet videre til andre. Tidlig viste en kinesisk studie at det fantes minst to varianter av SARS-CoV-2. Den mest smittsomme av de to kom til Europa, men selv om viruset endrer seg hver 14. dag, så er det små mutasjoner som ikke gjør at virusets egenskaper endrer seg. Det var sommeren 2020 oppdaget egne mutasjoner av SARS-CoV-2 i Italia, Østerrike, Danmark, Storbritannia, USA og Island og i USA var minst 14 mutasjoner oppdaget. En artikkel fra 21. februar 2020 viste at viruset hadde mutert 93 forskjellige steder på genomet. 4. mai 2020 var det klart at mutasjoner har skjedd på minst 198 plasser i genomet. Per oktober 2020 var to muterte varianter av viruset funnet i Norge. En variant (S477N) smittet flere på busstur og en variant fra Trondheim (N439K) antas å smitte mer og gi symptomer raskere. Metoden helgenomsekvensering brukes for å avdekke hvilken variant av viruset prøvene er fra.FHI styrker kapasiteten for analyse av prøver . Folkehelseinstituttet. Besøkt 27. januar 2021. I Danmark ble en variant som smittet mellom mink og mellom mink og mennesker (Y453F) funnet i november 2020.
Allerede 5. mars 2020 ble det offentliggjort at viruset hadde mutert, og eksisterer i to utgaver, en S-versjon som gir milde symptomer, og en L-versjon som spres fortere og gjør folk mer syke. Etter et år var flere mutasjoner oppdaget og fem varianter ble fulgt ekstra nøye, B.1.1.7 fra Storbritannia , B.1.351 fra Sør-Afrika, B.1.427 og B.1.429 fra California, og P.1 fra Japan/Brasil. I desember 2020 ble en mutasjon senere kalt B.1.617 identifisert i India. Denne mutasjonen er sannsynlig årsak til en kraftig smitteøkning i India i april 2021. I slutten av mai 2021 innførte WHO et navnesystem for mutasjoner basert på greske bokstaver, for slik å unngå de uheldige effektene av at landet som først oppdager viruset får det navngitt etter seg.
Koronavirusmutasjon Alfa, også kalt Lineage B.1.1.7 eller 20I/501Y.V1 og VOC-202012/01, ble oppdaget i Storbritannia i oktober 2020 fra en sekvensert virusprøve fra september, og begynte å spre seg bredt i midten av desember. Varianten syntes også å korrelere med den betydelige økningen av bekreftede sykdomstilfeller i England. Denne økningen antas delvis å skyldes at mutasjonen av N501Y inne i virusmembranens proteiners reseptorbindende domene som trenges for å bindes til ACE2 hos menneskets celler. Den 21. januar 2021 ble varianten påvist i Nordre Follo kommune.Engelsk virusvariant påvist i utbrudd i Nordre Follo FHI. Besøkt 25. januar 2021. Varianten spres mer enn 50% fortere og kan gi et mer alvorlig forløp av covid-19. I slutten av april 2021 var B.1.1.7-varianten dominerende i alle Norges fylker.
Variant Beta, en mutasjon også kalt Variant 501.V2, ble oppdaget i Sør-Afrika av landets folkehelsemyndighet den 18. desember 2020. Varianten forekommer først og fremst hos yngre mennesker uten underliggende sykdommer og fører til et mer alvorlig sykdomsforløp. Den sørafrikanske folkehelsemyndigheten indikerte også at denne varianten spres mye mer aggressivt enn tidligere varianter. Varianten inneholder flere mutasjoner som gjør at den lettere fester seg på menneskets celler, dette på grunn av tre mutasjoner inne i virusmembranens proteiners reseptorbindende domene som trenges for å bindas til ACE2 i menneskets celler. Den 3. februar 2021 ble denne varianten påvist i Bergen.Mutert virus påvist av Helse Bergen. NRK. Besøkt 4. februar 2021. Vaksinen til Johnson & Johnson viste seg å være mindre effektiv i Sør-Afrika enn andre steder, noe som antas å være fordi vaksine mot denne virusmutasjonen er mindre effektivt. I april 2021 var viruset spredt lokalt i Viken, Nordland og Rogaland.
Variant Gamma, Lineage P.1 ble oppdaget av Det nasjonale institutt for smittsomme sykdommer (NIID) i Japan den 6. januar 2021 i fire personer som var ankommet til Tokyo etter å ha besøkt delstaten Amazonas i Brasil fire dager tidligere. Denne versjonen er vanskeligere å behandle og vaksinene er ikke like effektive. I april 2021 var viruset identifisert i Viken og Vestland. Variant Delta, "dobbeltmutanten" B.1.617, som spredte seg raskt i India i første del av 2021, inneholder flere mutasjoner, blant annet P681R, E484Q og L452R. E484Q ligner E484K-mutasjonen som har gjort den britiske mutasjonen mer smittsom, mens L452R har gjort at viruset i California lettere kommer inn i cellene. Kombinasjonen ser ut til å gi en variant som er lettere å spre, som utvikler seg raskere og unngår antistoffer. Antistoffet bamlanivimab virker ikke mot B.1.617, ifølge en forhåndspublisering av en studie fra mai 2021. Deltavarianten anslås å være dobbelt så smittsom som det opprinnelige SARS-CoV-2, og hver smittet kan smitte opp til 10 personer, og er like smittsomt som vannkopper. De fire første mutasjonene ble i mai 2021 klassifisert som bekymringsfulle, mens de neste fortløpende ble ansett som "interessante". Variant Epsilon, mutasjonene B.1.427 og B.1.429 (20C/S:452R og 20C/S:452R), som ble oppdaget i California, både spres litt fortere (20%) og vaksinene er litt mindre effektive. Variant Zeta ble oppdaget i Brasil i april 2020 og klassifisert i mars 2021.