San Juan County er et fylke i den amerikanske delstaten New Mexico. Det ligger i det nordvestlige hjørnet av staten og det grenser mot Rio Arriba County i øst, Sandoval County i sørøst og mot McKinley County i sør. Det har også grense mot delstatene Arizona i vest, Utah i nordvest og mot Colorado i nord.
San Juan Countys totale areal er 14 344 km² hvorav 63 km² er vann. I 2000 hadde fylket 113 801 innbyggere og administrasjonssenteret ligger i byen Aztec. Fylket har fått sitt navn etter elven San Juan River.
I tilknytning til vassdraget ligger to meget store kullkraftverk i San Juan fylke – San Juan kullkraftverk og Four Corners kraftverk, med samlede utslipp av CO2 på ca. 30 millioner tonn i 2006, nesten like mye som utslippene fra hele Fastlands-Norge. Eksterne lenker
Kategori:Fylker i New Mexico